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万見
- PDB-5wah: SOLUTION NMR STRUCTURE OF SIGLEC-5 BINDING DOMAIN FROM STREPTOCOC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wah
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF SIGLEC-5 BINDING DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL BETA PROTEIN
要素IgA FC receptor
キーワードPROTEIN BINDING / IGA-FC RECEPTOR / THREE-HELIX BUNDLE / BETA ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Surface antigen, GAG-binding domain / Surface antigen, GAG-binding domain superfamily / GAG-binding domain on surface antigen / RICH domain / RICH domain superfamily / RICH domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Surface antigen, GAG-binding domain / Surface antigen, GAG-binding domain superfamily / GAG-binding domain on surface antigen / RICH domain / RICH domain superfamily / RICH domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者ELETSKY, A. / CHEN, C. / FONG, J.J. / NIZET, V. / VARKI, A. / PRESTEGARD, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1021RR549545 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SOLUTION NMR STRUCTURE OF SIGLEC-5 BINDING DOMAIN FROM STREPTOCOCCAL BETA PROTEIN
著者: ELETSKY, A. / CHEN, C. / FONG, J.J. / NIZET, V. / VARKI, A. / PRESTEGARD, J.H.
履歴
登録2017年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgA FC receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5141
ポリマ－11,5141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Monomeric state confirmed by measuring average 15N T1 and T2 relaxation times in 1D NMR relaxation experiments
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 IgA FC receptor / Beta antigen / B antigen


分子量: 11513.662 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 92-189 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: bag / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27951

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic32D 1H-13C CT-HSQC aliphatic
131isotropic32D 1H-13C CT-HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic23D CBCA(CO)NH
171isotropic13D HN(CA)CB
1121isotropic13D (H)CA(CO)NH
1111isotropic23D HBHA(CO)NH
1101isotropic43D (H)CCH-COSY aliphatic
191isotropic43D (H)CCH-COSY aromatic
181isotropic33D (H)CCH-TOCSY aliphatic
161isotropic43D 1H-15N NOESY
1131isotropic43D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.45 mM [U-13C; U-15N] IgA-Fc Receptor, 20 mM sodium phosphate, 4 uM DSS, 0.01 % sodium azide, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
詳細: 90 ul in a 3 mm shigemi tube / Label: NC / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.45 mMIgA-Fc Receptor[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
4 uMDSSnatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
試料状態イオン強度: 130 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Agilent DD2AgilentDD260013MM CRYOGENIC PROBE
Varian VNMRSVarianVNMRS60025MM CRYOGENIC PROBE
Agilent DD2AgilentDD290035MM CRYOGENIC PROBE
Agilent DD2AgilentDD280045MM CRYOGENIC PROBE

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichpeak picking
VnmrJ4.2AVariancollection
NMRPipe8.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed by running CYANA and AS-DP in parallel using NOE-based distance constraints and PHI, PSI and CHI1 dihedral angle constraints from TALOS-N. Consensus peak ...詳細: Structure determination was performed by running CYANA and AS-DP in parallel using NOE-based distance constraints and PHI, PSI and CHI1 dihedral angle constraints from TALOS-N. Consensus peak assignments were selected and used in iterative refinement with CYANA. 20 conformers with the lowest target function out of 100 were further refined by simulated annealing in explicit water bath using the program CNS with PARAM19 force field and upper limit distance constraints relaxed by 5%
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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