PDB-5wa4: Pyridine synthase, TbtD, from thiomuracin biosynthesis bound to a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wa4

タイトル

Pyridine synthase, TbtD, from thiomuracin biosynthesis bound to an N-terminal leader peptide fragment

要素

Pyridine synthase TbtD
TbtA 16-mer peptide

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / pyridine synthase / Diels-Alder / thiopeptide / thiomuracin

機能・相同性

Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain / Lantibiotic biosynthesis dehydratase C-term / Uncharacterized protein / Thiopeptide-type bacteriocin biosynthesis domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermobispora bispora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.646 Å

データ登録者

Cogan, D.P. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into enzymatic [4+2] aza-cycloaddition in thiopeptide antibiotic biosynthesis.
著者: Cogan, D.P. / Hudson, G.A. / Zhang, Z. / Pogorelov, T.V. / van der Donk, W.A. / Mitchell, D.A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2017年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wa4.cif.gz	379 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wa4.ent.gz	310.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wa4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/5wa4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w98SC 5w99C 5wa3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wa3-3 3pw3-d 6w4n-d 5wdk-d 6euf-d 2zm3-5 1p4e-d 6lmw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyridine synthase TbtD

B: Pyridine synthase TbtD

C: Pyridine synthase TbtD

D: Pyridine synthase TbtD

E: Pyridine synthase TbtD

F: Pyridine synthase TbtD

M: TbtA 16-mer peptide

N: TbtA 16-mer peptide

O: TbtA 16-mer peptide

P: TbtA 16-mer peptide

Q: TbtA 16-mer peptide

R: TbtA 16-mer peptide

253 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.383, 105.998, 234.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pyridine synthase TbtD 分子量: 40320.555 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobispora bispora (strain ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51) (バクテリア) 株: ATCC 19993 / DSM 43833 / CBS 139.67 / JCM 10125 / NBRC 14880 / R51 遺伝子: Tbis_0552 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D6Y504
#2: タンパク質・ペプチド	TbtA 16-mer peptide 分子量: 1825.023 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobispora bispora (バクテリア) / 参照: UniProt: D6Y501
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	TbtD matches to NCBI Reference Sequence: WP_050760415.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M magnesium formate and 17.5% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07809 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.646→23.127 Å / Num. obs: 76366 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.3 % / Net I/σ(I): 15.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W98

5w98

解像度: 2.646→48.048 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2873	3728	4.89 %
R_work	0.2199	-	-
obs	0.2232	76189	98.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.646→48.048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15151	0	0	73	15224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.43	21202
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.337	5674
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	2315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2783

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6462-2.6797	0.3838	100	0.34	1994	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6797-2.715	0.4243	136	0.3364	2474	X-RAY DIFFRACTION	95
2.715-2.7522	0.4041	108	0.3328	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7522-2.7915	0.394	125	0.3011	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7915-2.8332	0.4035	144	0.2802	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8332-2.8774	0.3352	154	0.2786	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8774-2.9246	0.3237	163	0.2828	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9246-2.975	0.3839	165	0.283	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.975-3.0291	0.3373	131	0.273	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0291-3.0874	0.3576	123	0.2769	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0874-3.1504	0.3277	126	0.2642	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1504-3.2188	0.3713	125	0.2619	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2188-3.2937	0.3267	154	0.2514	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2937-3.3761	0.29	133	0.2517	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3761-3.4673	0.3184	132	0.249	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4673-3.5693	0.3586	142	0.2393	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5693-3.6845	0.2492	111	0.2304	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6845-3.8161	0.3276	144	0.2298	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8161-3.9688	0.2865	126	0.222	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9688-4.1494	0.3101	167	0.2125	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1494-4.368	0.2531	179	0.1967	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.368-4.6415	0.2801	111	0.1888	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6415-4.9995	0.2737	117	0.186	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9995-5.5019	0.2587	158	0.188	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5019-6.2966	0.2715	161	0.2073	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2966-7.9273	0.2459	133	0.191	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9273-48.0562	0.1974	160	0.1588	2840	X-RAY DIFFRACTION	97

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)