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- PDB-5w9a: The structure of the Trim5alpha Bbox- coiled coil in complex LC3B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w9a
タイトルThe structure of the Trim5alpha Bbox- coiled coil in complex LC3B
要素
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
  • Tripartite motif-containing protein 5
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Autophagy Trim5alpha LC3B Antiviral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of viral entry into host cell / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / suppression of viral release by host / SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative regulation of viral transcription / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs ...regulation of viral entry into host cell / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / suppression of viral release by host / SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative regulation of viral transcription / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of viral genome replication / Receptor Mediated Mitophagy / pattern recognition receptor activity / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / protein K63-linked ubiquitination / autophagosome maturation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Pexophagy / mitophagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / endomembrane system / activation of innate immune response / autophagosome / cellular response to starvation / macroautophagy / P-body / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / mitochondrial membrane / RING-type E3 ubiquitin transferase / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / regulation of protein localization / regulation of gene expression / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / defense response to virus / microtubule / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / : / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. ...Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / : / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripartite motif-containing protein 5 / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Keown, J.R. / Goldstone, D.C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A helical LC3-interacting region mediates the interaction between the retroviral restriction factor Trim5 alpha and mammalian autophagy-related ATG8 proteins.
著者: Keown, J.R. / Black, M.M. / Ferron, A. / Yap, M. / Barnett, M.J. / Pearce, F.G. / Stoye, J.P. / Goldstone, D.C.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 5
C: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
D: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
B: Tripartite motif-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3958
ポリマ－73,1344
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALLS shows that the Trim5alpha is an antiparallel coiled coil dimer, light scattering, LC3B is monomeric as shown by SEC-MALLS, Sedimentation velocity analytical ...根拠: light scattering, SEC-MALLS shows that the Trim5alpha is an antiparallel coiled coil dimer, light scattering, LC3B is monomeric as shown by SEC-MALLS, Sedimentation velocity analytical ultracentrifugation experiments have shown a 1:1 binding scheme
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.014, 115.319, 174.164
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 95 through 112 or (resid 113...
21(chain B and (resid 95 through 109 or (resid 110...
12(chain C and (resid 4 through 42 or (resid 43...
22(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPSERSER(chain A and (resid 95 through 112 or (resid 113...AA95 - 1121 - 18
121LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 95 through 112 or (resid 113...AA11319
131ASPASPLEULEU(chain A and (resid 95 through 112 or (resid 113...AA95 - 2871 - 193
141ASPASPLEULEU(chain A and (resid 95 through 112 or (resid 113...AA95 - 2871 - 193
151ASPASPLEULEU(chain A and (resid 95 through 112 or (resid 113...AA95 - 2871 - 193
161ASPASPLEULEU(chain A and (resid 95 through 112 or (resid 113...AA95 - 2871 - 193
211ASPASPGLNGLN(chain B and (resid 95 through 109 or (resid 110...BD95 - 1091 - 15
221GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 95 through 109 or (resid 110...BD11016
231ASPASPLEULEU(chain B and (resid 95 through 109 or (resid 110...BD95 - 2871 - 193
241ASPASPLEULEU(chain B and (resid 95 through 109 or (resid 110...BD95 - 2871 - 193
251ASPASPLEULEU(chain B and (resid 95 through 109 or (resid 110...BD95 - 2871 - 193
261ASPASPLEULEU(chain B and (resid 95 through 109 or (resid 110...BD95 - 2871 - 193
112GLUGLULYSLYS(chain C and (resid 4 through 42 or (resid 43...CB4 - 421 - 39
122GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 4 through 42 or (resid 43...CB4340
132GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 4 through 42 or (resid 43...CB4 - 1171 - 114
142GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 4 through 42 or (resid 43...CB4 - 1171 - 114
152GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 4 through 42 or (resid 43...CB4 - 1171 - 114
162GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 4 through 42 or (resid 43...CB4 - 1171 - 114
212GLUGLULYSLYS(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DC4 - 51 - 2
222GLUGLUGLNGLN(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DC4 - 1161 - 113
232GLUGLUGLNGLN(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DC4 - 1161 - 113
242GLUGLUGLNGLN(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DC4 - 1161 - 113
252GLUGLUGLNGLN(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DC4 - 1161 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 5 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM5 / TRIM5alpha


分子量: 23037.248 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residue 88-296 / 変異: E120K, R121D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: TRIM5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0PF16, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 13529.565 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NH4Cl, 0.1 M Tris pH8, 20% PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.25 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→40.91 Å / Num. obs: 24308 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 298683
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.74-2.96913.21.821604112150.3670.5141.8921.561.7
8.961-40.9110.30.0461252812140.9980.0140.04840.198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.08 Å
Translation3 Å48.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PHASER2.5.7位相決定
XDS3.22データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TN3, 3WAO

4tn3

3wao


解像度: 2.74→40.91 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2743 1214 5 %RANDOM
Rwork0.2595 23051 --
obs0.2602 24265 62.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.96 Å2 / Biso mean: 86.3081 Å2 / Biso min: 28.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→40.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4845 0 4 0 4849
Biso mean--95.6 --
残基数----611
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1776X-RAY DIFFRACTION7.59TORSIONAL
12B1776X-RAY DIFFRACTION7.59TORSIONAL
21C1091X-RAY DIFFRACTION7.59TORSIONAL
22D1091X-RAY DIFFRACTION7.59TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7396-2.84920.3321170.41973263438
2.8492-2.97890.4141480.421392397123
2.9789-3.13590.3607760.37441431150735
3.1359-3.33230.32911050.3581983208849
3.3323-3.58940.35821450.34972762290768
3.5894-3.95040.27731740.2973309348381
3.9504-4.52140.30442040.26143861406594
4.5214-5.6940.25122170.238341354352100
5.694-40.9150.23962280.22024321454999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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