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- PDB-5w8x: Lipid A Disaccharide Synthase (LpxB)-7 solubilizing mutations-Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w8x
タイトルLipid A Disaccharide Synthase (LpxB)-7 solubilizing mutations-Bound to UDP
要素Lipid-A-disaccharide synthase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase B / Rossmann-like / C-terminal swap / dimer / lipid A disaccharide synthase / Raetz pathway / lipid A synthesis pathway / lipiopolysaccharide synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / lipid A biosynthetic process / phospholipid binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 19 / Lipid-A-disaccharide synthetase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Lipid-A-disaccharide synthase / Lipid-A-disaccharide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Bohl, T.E. / Aihara, H. / Shi, K. / Lee, J.K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41-GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of lipid A disaccharide synthase LpxB from Escherichia coli.
著者: Bohl, T.E. / Shi, K. / Lee, J.K. / Aihara, H.
履歴
登録2017年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid-A-disaccharide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6862
ポリマ－42,2821
非ポリマー4041
水2,198122
1
A: Lipid-A-disaccharide synthase
ヘテロ分子

A: Lipid-A-disaccharide synthase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, assay for oligomerization, Enzymatic activity assays showed that C-terminal swapped dimer forms and can produce an LpxB mutant heterodimer wherein residues mutated ...根拠: equilibrium centrifugation, assay for oligomerization, Enzymatic activity assays showed that C-terminal swapped dimer forms and can produce an LpxB mutant heterodimer wherein residues mutated in one subunit are provided in trans by the second subunit to form an intact active site thereby increasing activity. In other words, combining different mutants of LpxB could produce more activity than either mutant alone, which supported the formation of a C-terminally swapped, intact active site.
  • 85.4 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3724
ポリマ－84,5642
非ポリマー8082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area13700 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.806, 67.806, 153.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-592-

HOH

詳細Enzymatic activity assays showed that C-terminal swapped dimer forms and can produce an LpxB mutant heterodimer wherein residues mutated in one subunit are provided in trans by the second subunit to form an intact active site thereby increasing activity. In other words, combining different mutants of LpxB could produce more activity than either mutant alone, which supported the formation of a C-terminally swapped, intact active site.

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要素

#1: タンパク質 Lipid-A-disaccharide synthase


分子量: 42281.875 Da / 分子数: 1 / 変異: V66S, V68S, L69S, L72S, L75S, L76S, M207S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: lpxB, ECBD_3437 / プラスミド: pE-SUMO / 詳細 (発現宿主): cleavable His-tagged N-terminal SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A140NAT1, UniProt: P10441*PLUS, lipid-A-disaccharide synthase
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 % / 解説: bipyramidal
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 39% PEG 4000, 0.6 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.6 combined 1:1 with 8 g/L protein in 0.3 M NaCl, 5% glycerol, 20 mM Tris-HCl pH 7.4, 5 mM DTT with 100 mM trimethylammonium chloride used as an ...詳細: 39% PEG 4000, 0.6 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.6 combined 1:1 with 8 g/L protein in 0.3 M NaCl, 5% glycerol, 20 mM Tris-HCl pH 7.4, 5 mM DTT with 100 mM trimethylammonium chloride used as an additive at 10 mM or 10% of drop volume

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→153.88 Å / Num. obs: 29131 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 35.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.272 / Num. unique obs: 1983 / CC1/2: 0.45 / Rpim(I) all: 0.753 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.12_2829精密化
XDSNovember 3, 2014データ削減
Cootv0.8.2モデル構築
PHENIXv1.10_2155位相決定
Aimless0.1.27データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.98→54.86 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1373 5 %
Rwork0.199 --
obs0.2006 26651 90.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→54.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2817 0 25 122 2964
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3278 102 -
Rwork0.3512 2051 -
obs--75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50642.1981-0.59723.5726-0.78912.6961-0.28310.4756-0.2797-0.51160.1176-0.24370.53170.32990.20910.3930.0926-0.00260.34620.00530.281-16.147414.2475-47.3201
23.08910.6019-0.39183.3160.11974.52060.02360.01870.1582-0.2666-0.0373-0.2925-0.32590.7033-0.04470.289-0.00140.0470.43450.01510.278413.07337.0764-23.5764
33.1397-0.6815-2.49561.69440.2374.0889-0.2872-0.2529-0.0591-0.05760.1225-0.21930.8460.62670.23430.3650.066-0.01560.35590.00450.29514.951125.394-9.1701
43.58371.08170.5583.7594-0.34234.9019-0.02770.09530.3811-0.1124-0.07710.2611-0.3482-0.3080.11620.2676-0.0040.00210.2806-0.060.329-19.308934.0318-3.585
5-0.4158-0.12691.8172-0.39791.88355.801-0.14410.1810.1336-0.1603-0.06460.06370.25510.34450.12450.563-0.0860.0160.4669-0.02110.3551-11.471420.0427-21.7904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 320 through 381 )A320 - 381
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 5 through 139 )A5 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 185 )A140 - 185
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 275 )A186 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 276 through 319 )A276 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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