PDB-5w8q: Crystal structure of biphenyl synthase from Malus domestica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w8q

タイトル

Crystal structure of biphenyl synthase from Malus domestica

要素

BIS3 biphenyl synthase

キーワード

TRANSFERASE / thiolase fold / benzoyl-CoA / polyketide synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

3,5-dihydroxybiphenyl synthase / biphenyl synthase activity / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Malus domestica (リンゴ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.173 Å

データ登録者

Stewart Jr, C.E. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Molecular architectures of benzoic acid-specific type III polyketide synthases.
著者: Stewart, C. / Woods, K. / Macias, G. / Allan, A.C. / Hellens, R.P. / Noel, J.P.

履歴

登録	2017年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w8q.cif.gz	479.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w8q.ent.gz	412.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w8q_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w8q_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	5w8q_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	5w8q_validation.cif.gz	64.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uc5C 5ucoC 5wc4C 1bi5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l8n-d 3af6-d 3eut-1 5uco-d 3a5s-d 5ypt-1 6cqb-d 6gw3-2 1d6h-1 4i8d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BIS3 biphenyl synthase

B: BIS3 biphenyl synthase

ヘテロ分子

86.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.270, 113.020, 62.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.150, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BIS3 biphenyl synthase 分子量: 43253.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malus domestica (リンゴ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9MST3, 3,5-dihydroxybiphenyl synthase
#2: 化合物	ChemComp-BU4 / (3R)-butane-1,3-diol / (R)-1,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14% PEG 8000, 0.3M Ammonium acetate, 0.1M sodium-HEPES pH7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9998 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.173→62.675 Å / Num. obs: 251517 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 7.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/av σ(I): 5.3 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.173-1.24	2.5	0.297	1.4	0.231	0.378	0.297	94.2
1.24-1.31	4.4	0.317	1.6	0.168	0.36	0.317	97.4
1.31-1.4	4.7	0.217	3	0.109	0.243	0.217	98.4
1.4-1.51	4.7	0.147	4.5	0.074	0.165	0.147	99.1
1.51-1.66	4.7	0.105	6.3	0.053	0.118	0.105	99.5
1.66-1.85	4.8	0.087	7.4	0.043	0.098	0.087	99.9
1.85-2.14	4.9	0.081	7.6	0.039	0.09	0.081	99.9
2.14-2.62	5.1	0.075	8.3	0.036	0.084	0.075	99.9
2.62-3.71	5.4	0.063	9.4	0.029	0.07	0.063	100
3.71-27.917	5.5	0.057	10.6	0.026	0.062	0.057	98

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BI5

1bi5

解像度: 1.173→27.917 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 9.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1216	12622	5.02 %
R_work	0.0981	-	-
obs	0.0992	251383	98.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.42 Å² / B_iso mean: 12.9143 Å² / B_iso min: 3.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.173→27.917 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5919	0	32	1171	7122
B_iso mean	-	-	17.24	27.23	-
残基数	-	-	-	-	757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	6193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.421	8405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	944
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1095
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.424	2331

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.173-1.1863	0.1895	400	0.1772	7292	7692	91
1.1863-1.2003	0.1973	400	0.1612	7616	8016	94
1.2003-1.2149	0.184	416	0.1479	7587	8003	94
1.2149-1.2303	0.1676	398	0.1415	7783	8181	95
1.2303-1.2465	0.1737	409	0.1378	7745	8154	96
1.2465-1.2636	0.1502	393	0.1179	7846	8239	97
1.2636-1.2816	0.1297	426	0.1038	7865	8291	97
1.2816-1.3007	0.1187	383	0.0965	7945	8328	98
1.3007-1.3211	0.1204	389	0.0962	7938	8327	98
1.3211-1.3427	0.1329	446	0.1023	7909	8355	98
1.3427-1.3659	0.131	413	0.1006	7957	8370	98
1.3659-1.3907	0.1235	417	0.0905	7982	8399	99
1.3907-1.4175	0.1104	407	0.0793	7974	8381	99
1.4175-1.4464	0.1053	436	0.0786	7988	8424	99
1.4464-1.4779	0.1056	401	0.0726	8041	8442	99
1.4779-1.5122	0.1026	447	0.0729	8018	8465	99
1.5122-1.55	0.1043	454	0.069	7988	8442	99
1.55-1.5919	0.0929	416	0.0692	8121	8537	100
1.5919-1.6388	0.0974	432	0.0685	8030	8462	100
1.6388-1.6917	0.094	432	0.0693	8058	8490	100
1.6917-1.7521	0.1101	418	0.0761	8110	8528	100
1.7521-1.8223	0.1023	429	0.0786	8086	8515	100
1.8223-1.9052	0.1106	443	0.0848	8144	8587	100
1.9052-2.0056	0.1082	421	0.0862	8028	8449	100
2.0056-2.1312	0.1095	419	0.0892	8151	8570	100
2.1312-2.2957	0.0984	447	0.0869	8074	8521	100
2.2957-2.5266	0.1114	457	0.0962	8110	8567	100
2.5266-2.8919	0.1185	419	0.1057	8144	8563	100
2.8919-3.6422	0.1379	431	0.1143	8141	8572	100
3.6422-27.9251	0.1463	423	0.1221	8090	8513	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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