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- PDB-5w7r: Crystal structure of OxaC in complex with SAH and oxaline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7r
タイトルCrystal structure of OxaC in complex with SAH and oxaline
要素OxaC
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / penicillium oxalicum / oxaline / indole alkaloid
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / O-methyltransferase activity / secondary metabolite biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9Z7 / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / OxaC
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium oxalicum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Newmister, S.A. / Romminger, S. / Schmidt, J.J. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Berlinck, R.G.S. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, ブラジル, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA070375 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1220121 米国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/50026-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/50228-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/05670-7 ブラジル
CAPESBEX 4498/14-3 ブラジル
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Unveiling sequential late-stage methyltransferase reactions in the meleagrin/oxaline biosynthetic pathway.
著者: Newmister, S.A. / Romminger, S. / Schmidt, J.J. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Berlinck, R.G.S. / Sherman, D.H.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OxaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1173
ポリマ－47,2851
非ポリマー8322
水18010
1
A: OxaC
ヘテロ分子

A: OxaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2336
ポリマ－94,5692
非ポリマー1,6644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area9270 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area30200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.878, 162.878, 90.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 OxaC


分子量: 47284.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium oxalicum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2TT09
#2: 化合物 ChemComp-9Z7 / (3E,7aR,12aS)-3-[(1H-imidazol-4-yl)methylidene]-6,12-dimethoxy-7a-(2-methylbut-3-en-2-yl)-7a,12-dihydro-1H,5H-imidazo[1 ',2':1,2]pyrido[2,3-b]indole-2,5(3H)-dione / oxaline / オキサリン


分子量: 447.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗がん剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.494 Å / Num. obs: 23938 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 16.4 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 19.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ収集
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W7P

5w7p


解像度: 2.497→46.494 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 1007 4.73 %
Rwork0.2187 --
obs0.2202 21296 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 150.19 Å2 / Biso mean: 70.4814 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.497→46.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3027 0 59 10 3096
Biso mean--72.77 54.9 -
残基数----396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3894281
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1091877
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4971-2.62880.36791340.325828512985
2.6288-2.79340.33931420.303528412983
2.7934-3.00910.34121350.280528903025
3.0091-3.31180.37051520.266928472999
3.3118-3.79090.27241490.229128933042
3.7909-4.77540.21061560.18429073063
4.7754-46.50230.18911390.184130603199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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