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- PDB-5w7k: Crystal structure of OxaG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w7k
タイトルCrystal structure of OxaG
要素OxaG
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / penicillium oxalicum / oxaline / indole alkaloid
機能・相同性Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / OxaG
機能・相同性情報
生物種Penicillium oxalicum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.994 Å
データ登録者Newmister, S.A. / Romminger, S. / Schmidt, J.J. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Berlinck, R.G.S. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, ブラジル, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA070375 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 1220121 米国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/50026-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/50228-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/05670-7 ブラジル
CAPESBEX 4498/14-3 ブラジル
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Unveiling sequential late-stage methyltransferase reactions in the meleagrin/oxaline biosynthetic pathway.
著者: Newmister, S.A. / Romminger, S. / Schmidt, J.J. / Williams, R.M. / Smith, J.L. / Berlinck, R.G.S. / Sherman, D.H.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OxaG
B: OxaG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6005
ポリマ－69,7952
非ポリマー8043
水2,126118
1
A: OxaG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2822
ポリマ－34,8981
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OxaG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3183
ポリマ－34,8981
非ポリマー4202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.628, 36.208, 126.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-466-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 OxaG


分子量: 34897.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium oxalicum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2TT18
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: PEG 3350, MPD, magnesium chloride, bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→49.315 Å / Num. obs: 36979 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 35.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 9.84

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
XDSdata processing
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.994→49.315 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 1828 4.94 %
Rwork0.2204 --
obs0.2223 36977 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.92 Å2 / Biso mean: 45.7124 Å2 / Biso min: 17.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.994→49.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4209 0 53 118 4380
Biso mean--41.57 44.87 -
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9685949
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6192583
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.994-2.04790.33681340.32022478261292
2.0479-2.10820.31351550.27942677283299
2.1082-2.17620.31391280.26452681280999
2.1762-2.2540.28741120.267727432855100
2.254-2.34420.32051490.272926662815100
2.3442-2.45090.32711330.269926952828100
2.4509-2.58010.31541440.274927032847100
2.5801-2.74180.2921340.263327082842100
2.7418-2.95340.28491280.232727292857100
2.9534-3.25060.24941370.22527332870100
3.2506-3.72080.24141580.196327452903100
3.7208-4.68730.2261560.181727362892100
4.6873-49.32970.22571600.187928553015100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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