PDB-5w6h: Crystal structure of Bacteriophage CBA120 tailspike protein 4 enz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w6h

タイトル

Crystal structure of Bacteriophage CBA120 tailspike protein 4 enzymatically active domain (TSP4dN, orf213)

要素

tailspike protein 4

キーワード

viral protein / hydrolase / Tailspike / CBA120

機能・相同性

Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / ACETATE ION / : / Tailspike protein

機能・相同性情報

生物種

Escherichia virus CBA120 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.289 Å

データ登録者

Plattner, M. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure and Function of the Branched Receptor-Binding Complex of Bacteriophage CBA120.
著者: Plattner, M. / Shneider, M.M. / Arbatsky, N.P. / Shashkov, A.S. / Chizhov, A.O. / Nazarov, S. / Prokhorov, N.S. / Taylor, N.M.I. / Buth, S.A. / Gambino, M. / Gencay, Y.E. / Brondsted, L. / ...

履歴

登録	2017年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w6h.cif.gz	772.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w6h.ent.gz	638.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w6h_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w6h_full_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示
XML形式データ	5w6h_validation.xml.gz	90.5 KB	表示
CIF形式データ	5w6h_validation.cif.gz	137.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w6fC 5w6pC 5w6sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zci-d 6nw9-d 6994 5tqh-d 6993 6owv-1 3pb2-d 3fvc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tailspike protein 4

B: tailspike protein 4

C: tailspike protein 4

ヘテロ分子

222 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.079, 170.079, 246.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1574- HOH
2	1	B-1828- HOH
3	1	C-1637- HOH
4	1	C-1872- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	tailspike protein 4 分子量: 73488.062 Da / 分子数: 3 / 変異: K1012R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia virus CBA120 (ウイルス) 遺伝子: orf213 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): 384 / 参照: UniProt: G3M192

-
非ポリマー , 7種, 2152分子

#2: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8 / 詳細: 700mM Ammonium sulfate 100mM Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.289→50 Å / Num. obs: 310463 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 18.16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.289→49.291 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1698	15532	5 %
R_work	0.1397	-	-
obs	0.1412	310372	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.289→49.291 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15528	0	113	2121	17762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16018
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.506	21832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.509	9243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2839

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.289-2.315	0.24	490	0.2036	9274	X-RAY DIFFRACTION	94
2.315-2.3422	0.2366	519	0.1832	9938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3422-2.3708	0.2105	519	0.1808	9782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3708-2.4008	0.2038	512	0.1704	9900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4008-2.4324	0.2226	526	0.1754	9874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4324-2.4657	0.2159	514	0.1729	9821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4657-2.5009	0.2168	524	0.1772	9903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5009-2.5382	0.2219	521	0.1704	9858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5382-2.5779	0.2045	519	0.1656	9787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5779-2.6202	0.2247	513	0.1687	9882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6202-2.6653	0.2132	509	0.1661	9785	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6653-2.7138	0.2067	518	0.1638	9806	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7138-2.766	0.2077	513	0.1623	9849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.766-2.8225	0.1959	517	0.1538	9844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8225-2.8838	0.1913	521	0.1532	9886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8838-2.9509	0.2073	525	0.157	9822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9509-3.0247	0.1931	518	0.1559	9880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0247-3.1064	0.1901	517	0.1517	9823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1064-3.1978	0.1954	518	0.144	9877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1978-3.301	0.1655	512	0.1399	9786	X-RAY DIFFRACTION	99
3.301-3.419	0.178	520	0.1435	9860	X-RAY DIFFRACTION	100
3.419-3.5558	0.1663	524	0.1409	9863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5558-3.7176	0.1568	524	0.132	9832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7176-3.9135	0.1343	517	0.1173	9885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9135-4.1586	0.1398	524	0.1099	9867	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1586-4.4795	0.1212	514	0.1047	9790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4795-4.9299	0.1189	521	0.0986	9841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9299-5.6424	0.1503	524	0.1197	9846	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6424-7.1055	0.1472	516	0.136	9851	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1055-49.3023	0.1599	523	0.1496	9828	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1227	-0.6465	3.5726	0.0345	-0.4887	3.9246	0.0547	-0.0353	-0.4263	-0.0761	0.0002	0.0124	0.436	-0.1297	-0.076	0.5546	-0.0273	-0.0382	0.3098	0.0125	0.3572	12.7798	250.9207	225.3519
2	0.1324	-0.2418	0.2172	0.9047	-0.7104	1.0055	0.0205	0.084	0.0298	-0.1028	-0.0788	-0.1054	0.0567	0.0703	0.0646	0.2693	0.0251	-0.0026	0.2389	0.0288	0.2758	45.6172	229.6042	270.0223
3	0.8379	-0.0555	0.1474	0.8727	-0.0815	0.5994	-0.0184	-0.024	-0.0769	0.0364	-0.0355	-0.0728	0.0966	-0.0145	0.055	0.3384	0.0139	-0.0206	0.2309	0.0128	0.2913	48.2284	198.2034	308.8715
4	0.1322	0.0776	0.5502	0.4915	-1.2588	4.7122	0.0693	0.0584	-0.1833	0.0806	0.0862	-0.1235	0.2427	0.3586	-0.1615	0.2928	0.0589	-0.0337	0.4359	-0.0216	0.4598	26.8201	266.1849	234.5616
5	0.7519	-0.3266	0.6174	0.4882	-0.7215	1.2866	-0.0776	-0.0029	0.1257	0.1157	-0.0134	-0.0938	-0.2154	-0.0764	0.1042	0.36	0.0327	-0.065	0.2454	0.0095	0.3371	36.1294	251.1154	283.6978
6	0.8073	-0.3809	0.6235	0.2489	-0.2185	1.0947	-0.1198	0.0075	0.146	0.0499	-0.0058	-0.1092	-0.1611	0.087	0.136	0.3281	-0.0163	-0.1013	0.2703	0.0226	0.3852	65.6098	228.2092	314.4007
7	0.0672	-1.1384	0.766	1.9339	-1.8475	0.8487	0.076	-0.0352	0.0379	-0.0339	0.0267	0.0289	0.0793	-0.0194	-0.1034	0.4027	-0.0158	-0.0591	0.4324	0.0418	0.3572	12.2096	252.5335	246.9991
8	0.4642	-0.1637	0.3346	0.629	-0.3347	1.5128	-0.0214	-0.0441	-0.0421	-0.0467	0.0715	0.0897	0.0685	-0.2096	-0.0424	0.2307	-0.0017	-0.0448	0.2473	0.02	0.2643	22.1334	227.1015	285.1724
9	0.4844	-0.4473	0.3503	0.5243	-0.2454	1.7253	-0.1468	-0.1571	0.0646	0.1649	0.1146	0.0168	-0.1439	-0.256	0.0289	0.3265	0.0707	-0.0307	0.322	-0.008	0.2845	33.1801	224.3662	324.8509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 433 through 508 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 509 through 847 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 848 through 1036 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 433 through 530 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 531 through 811 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 812 through 1036 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 433 through 599 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 600 through 811 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 812 through 1036 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

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非ポリマー , 7種, 2152分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)