PDB-5w6f: Crystal structure of Bacteriophage CBA120 tailspike protein 3 (TS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w6f

タイトル

Crystal structure of Bacteriophage CBA120 tailspike protein 3 (TSP3, orf212)

要素

tailspike protein 3

キーワード

viral protein / hydrolase / CBA120 / Tailspike

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage Cba120 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Plattner, M. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure and Function of the Branched Receptor-Binding Complex of Bacteriophage CBA120.
著者: Plattner, M. / Shneider, M.M. / Arbatsky, N.P. / Shashkov, A.S. / Chizhov, A.O. / Nazarov, S. / Prokhorov, N.S. / Taylor, N.M.I. / Buth, S.A. / Gambino, M. / Gencay, Y.E. / Brondsted, L. / ...

履歴

登録	2017年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月24日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w6f.cif.gz	725.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w6f.ent.gz	596.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/5w6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5w6hC 5w6pC 5w6sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nw9-d 2nvw-2 4plk-1 6zfo-d 4plj-d 4plk-2 3eoa-d 3pj0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tailspike protein 3

B: tailspike protein 3

C: tailspike protein 3

ヘテロ分子

207 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.580, 66.781, 161.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	tailspike protein 3 分子量: 68973.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage Cba120 (ファージ) 遺伝子: orf212 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): 384 / 参照: UniProt: G3M191
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 16% PEG 10000 100mM Tris HCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 205291 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 6.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.18→49.478 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	5233	4.96 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.1815	105520	97.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→49.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14100	0	1	1229	15330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87	19636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.389	5064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	2189
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.2047	0.4394	58	0.3875	1447	X-RAY DIFFRACTION	42
2.2047-2.2307	0.3203	170	0.2599	3433	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2307-2.2579	0.2655	168	0.2183	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2579-2.2865	0.2792	194	0.2183	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2865-2.3165	0.2779	165	0.2132	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3165-2.3483	0.2412	172	0.2086	3367	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3483-2.3818	0.2593	178	0.1983	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3818-2.4174	0.2638	178	0.1852	3361	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4174-2.4551	0.2314	182	0.1897	3405	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4551-2.4954	0.2659	175	0.187	3355	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4954-2.5384	0.2424	162	0.1979	3408	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5384-2.5846	0.2536	193	0.1968	3392	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5846-2.6343	0.2593	173	0.1895	3351	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6343-2.6881	0.2352	180	0.1918	3426	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6881-2.7465	0.2104	177	0.183	3359	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7465-2.8104	0.232	178	0.1875	3371	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8104-2.8807	0.2322	179	0.1944	3376	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8807-2.9585	0.2648	178	0.1965	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9585-3.0456	0.2471	182	0.2032	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0456-3.1439	0.2442	179	0.1971	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1439-3.2562	0.2412	180	0.1951	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2562-3.3866	0.2271	180	0.1943	3426	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3866-3.5406	0.2128	181	0.1824	3427	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5406-3.7273	0.19	179	0.1811	3398	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7273-3.9607	0.1982	177	0.1638	3391	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9607-4.2663	0.1915	179	0.1559	3382	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2663-4.6954	0.1843	183	0.136	3430	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6954-5.3741	0.1674	182	0.1445	3455	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3741-6.7681	0.1934	185	0.1657	3517	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7681-49.4904	0.1788	186	0.1517	3533	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4115	-0.6789	2.3035	5.3326	2.5806	3.3701	-0.291	-0.617	-0.0608	0.5034	0.4802	-0.1207	0.6022	0.7624	-0.1845	0.5282	0.0998	0.0593	0.9189	0.0142	0.324	-28.2021	-4.2301	32.7129
2	0.458	-0.4033	-1.1892	0.5484	0.3471	5.5913	0.0338	-0.078	0.0788	0.0718	0.0041	0.0412	-0.6538	-0.0104	-0.0272	0.441	-0.0216	0.0074	0.5626	-0.0208	0.3402	-34.1422	4.1642	8.6031
3	0.3729	0.0378	-0.0735	0.1716	-0.1275	0.9851	0.0109	-0.0015	0.0846	0.0288	-0.0153	0.027	-0.0984	-0.0005	-0.0051	0.2204	0.0057	-0.0064	0.1861	-0.0137	0.2862	-17.9815	14.5227	-65.0886
4	1.9661	-0.0016	0.4564	3.1107	-1.2237	1.692	-0.1982	-0.3181	-0.3682	0.6251	0.0747	0.1889	1.5962	0.2256	0.1408	1.4037	0.0655	0.227	0.727	0.1188	0.5541	-37.4593	-28.8542	24.0257
5	1.5956	-0.0184	0.291	0.9637	0.4056	2.8179	-0.1042	-0.635	-0.1174	0.2565	0.0725	-0.0512	0.702	1.1527	0.0547	0.5371	0.1579	0.081	0.9325	-0.0084	0.3899	-21.4072	-14.6618	8.3247
6	0.6601	0.3417	-0.5813	0.4527	-0.2246	1.6942	-0.0057	-0.2008	0.049	0.0056	-0.0702	0.0214	-0.0721	0.317	0.088	0.2971	-0.0123	-0.012	0.4703	0.0048	0.3052	-1.9484	7.1396	-36.776
7	0.6086	-0.1295	-0.3053	0.1782	0.0577	1.6956	0.0253	0.0483	0.0333	0.0087	-0.0287	-0.0417	-0.1332	0.4448	-0.0091	0.2487	-0.0677	-0.0034	0.3914	0.0288	0.3132	10.7929	18.0998	-76.9835
8	4.6147	-0.2736	-0.4678	2.5253	0.0817	0.8979	-0.2133	-0.1712	-0.1444	0.3619	-0.1084	0.4154	0.1455	-0.7504	0.3057	0.5412	-0.0974	0.1906	0.9267	-0.1334	0.4644	-53.9921	-7.1193	23.7096
9	3.8242	-0.0723	-3.1071	1.3628	0.8644	3.8767	-0.1649	0.1942	-0.3408	0.0824	-0.4062	0.0437	0.7563	-0.724	0.553	0.5276	-0.1522	0.0945	0.7978	-0.0956	0.3956	-46.4757	-16.2443	7.886
10	0.2235	0.0103	-0.3404	0.1025	0.1626	1.7313	0.0401	-0.1541	-0.0215	0.0728	-0.049	0.0412	0.1055	-0.0221	0.019	0.2964	-0.0302	0.0013	0.3367	0.0057	0.3185	-21.8493	-12.4385	-37.0481
11	1.538	-1.1834	1.4316	1.4793	-2.0931	4.4321	0.2699	-0.0536	-0.2588	-0.0846	0.0044	0.0064	0.6308	0.1419	-0.3193	0.2657	0.0238	-0.0028	0.2384	-0.0102	0.3104	-10.1264	-11.8138	-69.0355
12	0.497	0.1234	-0.0987	0.501	-0.4764	1.3743	0.0098	0.1638	-0.0327	-0.1267	-0.0072	-0.0207	0.2051	0.337	0.0137	0.2766	0.0394	0.0013	0.4032	-0.0118	0.3084	4.5419	-0.4292	-85.2025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 179 through 627 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 12 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 83 through 178 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 179 through 397 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 398 through 627 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 12 through 81 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 82 through 125 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 126 through 372 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 373 through 416 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 417 through 627 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)