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- PDB-5w6p: Crystal structure of Bacteriophage CBA120 tailspike protein 2 enz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w6p
タイトルCrystal structure of Bacteriophage CBA120 tailspike protein 2 enzymatically active domain (TSP2dN, orf211)
要素tailspike protein 2
キーワードviral protein / hydrolase / CBA120 / tailspikes
機能・相同性metal ion binding / : / Putative tail fiber
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage Cba120 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.335 Å
データ登録者Plattner, M. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
EPFL0577-1 スイス
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure and Function of the Branched Receptor-Binding Complex of Bacteriophage CBA120.
著者: Plattner, M. / Shneider, M.M. / Arbatsky, N.P. / Shashkov, A.S. / Chizhov, A.O. / Nazarov, S. / Prokhorov, N.S. / Taylor, N.M.I. / Buth, S.A. / Gambino, M. / Gencay, Y.E. / Brondsted, L. / ...著者: Plattner, M. / Shneider, M.M. / Arbatsky, N.P. / Shashkov, A.S. / Chizhov, A.O. / Nazarov, S. / Prokhorov, N.S. / Taylor, N.M.I. / Buth, S.A. / Gambino, M. / Gencay, Y.E. / Brondsted, L. / Kutter, E.M. / Knirel, Y.A. / Leiman, P.G.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年12月2日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tailspike protein 2
B: tailspike protein 2
C: tailspike protein 2
D: tailspike protein 2
E: tailspike protein 2
F: tailspike protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,92654
ポリマ－432,8596
非ポリマー3,06748
水35,6881981
1
A: tailspike protein 2
B: tailspike protein 2
C: tailspike protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,89726
ポリマ－216,4293
非ポリマー1,46823
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21660 Å2
ΔGint-497 kcal/mol
Surface area56540 Å2
手法PISA
2
D: tailspike protein 2
E: tailspike protein 2
F: tailspike protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,02828
ポリマ－216,4293
非ポリマー1,59925
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21730 Å2
ΔGint-547 kcal/mol
Surface area56720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.519, 303.227, 113.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1001-

ZN

21D-1004-

ZN

31B-1141-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
tailspike protein 2


分子量: 72143.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Cba120 (ファージ)
遺伝子: orf211 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): 834 / 参照: UniProt: G3M190
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16% PEG 8000, 100mM Zinc Acetate, 100mM Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 385363 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 10.48

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2666: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.335→46.683 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 20.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 19276 5 %
Rwork0.154 --
obs0.1558 385228 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.335→46.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30340 0 66 1981 32387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00430954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71942111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.83317967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0534811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3348-2.36130.33175900.276111217X-RAY DIFFRACTION90
2.3613-2.38910.27786440.24612245X-RAY DIFFRACTION99
2.3891-2.41820.26596490.222512344X-RAY DIFFRACTION99
2.4182-2.44880.26676480.219112289X-RAY DIFFRACTION99
2.4488-2.4810.26716440.207312253X-RAY DIFFRACTION99
2.481-2.5150.23866500.192312329X-RAY DIFFRACTION99
2.515-2.55090.2326420.18912201X-RAY DIFFRACTION99
2.5509-2.5890.25426480.198112316X-RAY DIFFRACTION99
2.589-2.62950.23656520.186112307X-RAY DIFFRACTION99
2.6295-2.67260.24956430.186912180X-RAY DIFFRACTION99
2.6726-2.71870.23986430.187612225X-RAY DIFFRACTION99
2.7187-2.76810.23386420.181512157X-RAY DIFFRACTION98
2.7681-2.82130.20596200.171911884X-RAY DIFFRACTION96
2.8213-2.87890.20446460.172712265X-RAY DIFFRACTION99
2.8789-2.94150.22066460.174312283X-RAY DIFFRACTION99
2.9415-3.00990.22586460.174112319X-RAY DIFFRACTION99
3.0099-3.08520.21646490.170412323X-RAY DIFFRACTION99
3.0852-3.16860.20916450.169512202X-RAY DIFFRACTION99
3.1686-3.26180.20546530.170712399X-RAY DIFFRACTION99
3.2618-3.3670.21346410.169712161X-RAY DIFFRACTION99
3.367-3.48730.18976480.163412331X-RAY DIFFRACTION99
3.4873-3.62690.18556350.148112118X-RAY DIFFRACTION98
3.6269-3.79190.18316420.141812122X-RAY DIFFRACTION97
3.7919-3.99170.16916470.136512224X-RAY DIFFRACTION99
3.9917-4.24170.15336480.121112288X-RAY DIFFRACTION99
4.2417-4.56890.12866480.101812310X-RAY DIFFRACTION99
4.5689-5.02820.11966490.102512228X-RAY DIFFRACTION98
5.0282-5.75470.16096300.127412036X-RAY DIFFRACTION97
5.7547-7.24590.16296440.135112255X-RAY DIFFRACTION99
7.2459-46.69270.15776440.142712141X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93910.10070.42072.3041-1.65433.5159-0.2360.08430.3836-0.40670.23120.1165-0.7735-0.11720.0510.8135-0.0552-0.0220.3511-0.1080.512306.263476.9965157.4249
21.439-1.0713-0.62151.7389-0.14492.32790.136-0.00050.08280.0203-0.05570.0307-0.45130.2978-0.05130.5532-0.04510.03960.3131-0.10030.3902309.788361.634164.3313
30.2598-0.0997-0.07431.18810.43060.6998-0.0325-0.10330.00160.03020.0966-0.16690.05240.0855-0.07660.2559-0.0119-0.01620.3492-0.03720.3043317.479815.4084146.7531
40.797-0.23430.01281.192-0.37191.416-0.00230.0408-0.0534-0.22740.0647-0.16770.08690.1597-0.07130.467-0.03810.01470.3072-0.05970.3636316.634-10.3591123.7173
53.86482.72810.0444.4855-0.20231.2501-0.1039-0.03930.58920.18490.14360.559-0.4612-0.0411-0.03960.63790.0896-0.01980.3092-0.03830.3758291.492369.7205155.7548
60.2993-0.271-0.07331.2407-0.13560.5024-0.0684-0.1409-0.06510.17650.07230.03230.1328-0.0397-0.00670.33-0.0067-0.00020.37770.02370.2608298.02885.8336163.1504
71.8662-0.03240.18965.19591.96591.8043-0.28310.02360.3225-0.56810.3733-0.0511-0.7850.2789-0.1880.7706-0.07590.00490.3741-0.06580.4392304.396371.0504144.1121
80.31030.159-0.03550.87430.14080.51530.0193-0.0277-0.0499-0.1111-0.02820.12910.0533-0.13340.00290.2673-0.0391-0.04750.3321-0.00330.2727287.81959.1786135.3363
92.94622.15060.26114.63550.03721.072-0.08940.1244-0.42670.02290.0809-0.74460.25950.03910.0260.63190.01280.15810.3317-0.01770.5337331.267813.5131213.3633
100.7544-0.46880.18321.62880.74721.2236-0.0382-0.0637-0.07150.03740.0224-0.13270.15180.00220.03240.40670.02440.08220.32950.04120.3858334.577741.7952219.3043
112.5464-0.1859-1.77932.81680.76284.14870.06930.0275-0.0103-0.1257-0.0305-0.2486-0.01320.0294-0.03610.34180.02460.06050.28080.03910.3652336.587751.6212210.1731
120.2861-0.2490.00491.20720.00490.5033-0.0299-0.06690.09070.105-0.0108-0.0285-0.1778-0.09720.04720.39290.06760.01650.322-0.02980.3022318.526189.204221.7227
131.8782-0.1246-1.59782.0421.99685.0482-0.14860.1971-0.1671-0.21740.20210.02270.45610.064-0.01660.6533-0.07690.10510.37370.03950.5138316.54945.9411214.5067
141.1233-1.13730.23651.2503-0.52953.10460.1059-0.02270.0133-0.03080.05430.06180.154-0.2206-0.13020.5577-0.05970.09330.28780.02650.4285312.55321.2029221.1003
150.51610.02920.38920.6912-0.16751.0207-0.081-0.0725-0.0928-0.05070.07340.10490.1708-0.19550.01160.4227-0.02120.07790.42080.04610.3579306.064944.3791214.5732
162.66061.05821.76542.47910.0651.9569-0.06310.0764-0.1057-0.17530.1140.1850.0459-0.0455-0.07570.35140.00680.06950.35840.0340.2796302.407260.8445206.485
171.89250.44511.76951.4856-0.34792.1101-0.06640.00510.0375-0.04120.03330.0713-0.0666-0.20580.02610.31080.030.04190.35320.00560.2519304.757972.1806203.5025
180.44020.043-0.21981.4904-0.68160.913-0.07780.11370.1273-0.23810.11620.1029-0.0573-0.29-0.03820.45620.05-0.00430.39080.04010.3404303.896893.4195184.0159
191.5176-0.018-0.1951.2862-0.2111.579-0.03730.08620.0569-0.15920.07080.0468-0.1199-0.3267-0.03340.51450.0470.03180.33960.03680.3345306.021493.5138183.5329
200.8651-0.62310.65515.2254-2.90092.9007-0.07060.1514-0.1184-0.97540.2227-0.06960.6554-0.1654-0.12590.8107-0.13690.12340.40850.0040.4774318.970511.8514201.1875
210.28290.1508-0.04640.8881-0.10040.4738-0.00650.02190.0471-0.1915-0.0251-0.2076-0.0125-0.00260.02790.43390.02780.10830.3420.01420.4014334.468374.085192.9262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 246 through 287 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 288 through 335 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 336 through 762 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 763 through 921 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 246 through 335 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 336 through 921 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 246 through 335 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 336 through 921 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 246 through 335 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 336 through 444 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 445 through 493 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 494 through 921 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 246 through 287 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 288 through 335 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 336 through 493 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 494 through 553 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 554 through 622 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 623 through 803 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 804 through 921 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 246 through 335 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 336 through 921 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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