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万見
- PDB-5w5e: Re-refinement of the pyocin tube structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5e
タイトルRe-refinement of the pyocin tube structure
要素FIIR2 protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / pyocin / bacteriocin
機能・相同性Tail tube protein / Phage tail tube protein FII / FIIR2 protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang, F. / Zheng, W. / Taylor, N.M. / Guerrero-Ferreira, R.C. / Leiman, P.G. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, スイス, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
Swiss National Science Foundation310030_144243 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Atomic structures of a bactericidal contractile nanotube in its pre- and postcontraction states.
著者: Peng Ge / Dean Scholl / Petr G Leiman / Xuekui Yu / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: R-type pyocins are representatives of contractile ejection systems, a class of biological nanomachines that includes, among others, the bacterial type VI secretion system (T6SS) and contractile ...R-type pyocins are representatives of contractile ejection systems, a class of biological nanomachines that includes, among others, the bacterial type VI secretion system (T6SS) and contractile bacteriophage tails. We report atomic models of the Pseudomonas aeruginosa precontraction pyocin sheath and tube, and the postcontraction sheath, obtained by cryo-EM at 3.5-Å and 3.9-Å resolutions, respectively. The central channel of the tube is negatively charged, in contrast to the neutral and positive counterparts in T6SSs and phage tails. The sheath is interwoven by long N- and C-terminal extension arms emanating from each subunit, which create an extensive two-dimensional mesh that has the same connectivity in the extended and contracted state of the sheath. We propose that the contraction process draws energy from electrostatic and shape complementarities to insert the inner tube through bacterial cell membranes to eventually kill the bacteria.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 0THIS ENTRY 5W5E REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN EMD-6270, DETERMINED BY P. ...THIS ENTRY 5W5E REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN EMD-6270, DETERMINED BY P.GE, D.SCHOLL, P.G.LEIMAN, X.YU, J.F.MILLER, Z.H.ZHOU

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6270
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6270
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIIR2 protein
B: FIIR2 protein
C: FIIR2 protein
D: FIIR2 protein
E: FIIR2 protein
F: FIIR2 protein
G: FIIR2 protein
H: FIIR2 protein
I: FIIR2 protein
J: FIIR2 protein
K: FIIR2 protein
L: FIIR2 protein
M: FIIR2 protein
N: FIIR2 protein
O: FIIR2 protein
P: FIIR2 protein
Q: FIIR2 protein
R: FIIR2 protein
S: FIIR2 protein
T: FIIR2 protein
U: FIIR2 protein
V: FIIR2 protein
W: FIIR2 protein
X: FIIR2 protein
Y: FIIR2 protein
Z: FIIR2 protein
a: FIIR2 protein
b: FIIR2 protein
c: FIIR2 protein
d: FIIR2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,65630
ポリマ－542,65630
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area172410 Å2
ΔGint-927 kcal/mol
Surface area146120 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 6 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 30 / Rise per n subunits: 38.4 Å / Rotation per n subunits: 18.3 °)
詳細A helical assembly can be generated by applying the helical parameters to a single subunit, e.g., chain A.

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要素

#1: タンパク質 ...
FIIR2 protein / pyocin tube


分子量: 18088.547 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: FIIR2 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q9S573

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: pyocin tube of Pseudomonas aeruginosa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
7RosettaCMモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 18.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 38.4 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50000 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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