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万見
- EMDB-6270: Atomic structures of a bactericidal contractile nanotube in its p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6270
タイトルAtomic structures of a bactericidal contractile nanotube in its pre- and post-contraction states
マップデータHelical reconstruction of pyocin trunk
試料
  • 試料: Pyocin (pre-contraction)
  • タンパク質・ペプチド: pyocin tail sheath
  • タンパク質・ペプチド: pyocin tube
キーワードpyocin / bacteriocin / sheath / tube
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tail tube protein / Phage tail tube protein FII / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FIIR2 protein / Similar to FI genes of P2, phiCTX, and PS17: tail sheath
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ge P / Scholl D / Leiman PG / Yu X / Miller JF / Zhou ZH
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Atomic structures of a bactericidal contractile nanotube in its pre- and postcontraction states.
著者: Peng Ge / Dean Scholl / Petr G Leiman / Xuekui Yu / Jeff F Miller / Z Hong Zhou /
要旨: R-type pyocins are representatives of contractile ejection systems, a class of biological nanomachines that includes, among others, the bacterial type VI secretion system (T6SS) and contractile ...R-type pyocins are representatives of contractile ejection systems, a class of biological nanomachines that includes, among others, the bacterial type VI secretion system (T6SS) and contractile bacteriophage tails. We report atomic models of the Pseudomonas aeruginosa precontraction pyocin sheath and tube, and the postcontraction sheath, obtained by cryo-EM at 3.5-Å and 3.9-Å resolutions, respectively. The central channel of the tube is negatively charged, in contrast to the neutral and positive counterparts in T6SSs and phage tails. The sheath is interwoven by long N- and C-terminal extension arms emanating from each subunit, which create an extensive two-dimensional mesh that has the same connectivity in the extended and contracted state of the sheath. We propose that the contraction process draws energy from electrostatic and shape complementarities to insert the inner tube through bacterial cell membranes to eventually kill the bacteria.
履歴
登録2015年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月18日-
マップ公開2015年4月1日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9q
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j9q
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5w5e
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j9q
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5w5e
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6270.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 276 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of pyocin trunk
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 420 pix.
= 463.68 Å		1.1 Å/pix.
x 420 pix.
= 463.68 Å		1.1 Å/pix.
x 420 pix.
= 463.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.104 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.18317372 - 0.29529479
平均 (標準偏差)0.00056538 (±0.0103999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 463.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1041.1041.104
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z463.680463.680463.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-210-210-210
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.1830.2950.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyocin (pre-contraction)

全体名称: Pyocin (pre-contraction)
要素
  • 試料: Pyocin (pre-contraction)
  • タンパク質・ペプチド: pyocin tail sheath
  • タンパク質・ペプチド: pyocin tube

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超分子 #1000: Pyocin (pre-contraction)

超分子名称: Pyocin (pre-contraction) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical / Number unique components: 2

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分子 #1: pyocin tail sheath

分子名称: pyocin tail sheath / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: sheath / 集合状態: helix of hexameric rings / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO
配列UniProtKB: Similar to FI genes of P2, phiCTX, and PS17: tail sheath

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分子 #2: pyocin tube

分子名称: pyocin tube / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 集合状態: helix of hexameric rings / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO
配列UniProtKB: FIIR2 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS
グリッド詳細: baked 1.2/1.3 Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot time 4 seconds, blot force 1

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 80 K
詳細Scanned with 9200 ED
日付2009年10月7日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 307 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Relion-based IHRSR
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 38.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 18.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion, IHRSR
CTF補正詳細: Each particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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