PDB-5w4t: Crystal Structure of Fish Cadherin-23 EC1-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w4t

タイトル

Crystal Structure of Fish Cadherin-23 EC1-3

要素

Cadherin 23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN.

機能・相同性

機能・相同性情報

neuromast hair cell morphogenesis / equilibrioception / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / inner ear receptor cell stereocilium organization / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / hair cell differentiation / auditory receptor cell development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / catenin complex / cell projection organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

De-la-Torre, P. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	R01 DC015271	米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	R00 DC012534	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Zooming in on Cadherin-23: Structural Diversity and Potential Mechanisms of Inherited Deafness.
著者: Jaiganesh, A. / De-la-Torre, P. / Patel, A.A. / Termine, D.J. / Velez-Cortes, F. / Chen, C. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2017年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w4t.cif.gz	518.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w4t.ent.gz	425 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5w4t_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w4t_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	5w4t_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	5w4t_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/5w4t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5i8dC 5tfkC 5tflC 5tfmC 5uluC 5un2C 5uz8C 5vh2C 5vt8C 5vvmC 5wj8C 5wjmC 2whvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uz8-d 5tfm-d 6bxu-2 5ulu-d 5tfk-d 5irb-2 5irb-1 5i8d-d 5wme-d 5un2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8)

登録構造単位

C: Cadherin 23

A: Cadherin 23

B: Cadherin 23

D: Cadherin 23

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Cadherin 23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Cadherin 23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Cadherin 23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Cadherin 23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	178.055, 115.548, 67.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cadherin 23 分子量: 36199.109 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 32-349 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: cdh23 / プラスミド: pET21a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIPL / 参照: UniProt: Q6QQE1, UniProt: F1R7G8*PLUS
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 0.1 M Tris HCl pH 8.6 6% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→178.05 Å / Num. obs: 80843 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4096 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WHV

2whv

解像度: 2.65→178.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 15.231 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22652	3972	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1919	-	-	-
obs	0.19361	76387	98.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.468 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.62 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	-3.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→178.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9776	0	44	646	10466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	10129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.464	1.959	13852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.905	3	21307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.95	5	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.076	24.979	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.806	15	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.454	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.376	1.283	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.375	1.282	5079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.691	1.922	6351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.691	1.923	6352
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.358	1.359	5049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.358	1.359	5050
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.639	2.013	7486
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.456	15.042	10735
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.456	15.047	10736
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.628→2.696 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	260	-
R_work	0.318	4585	-
obs	-	-	80.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1969	2.0497	0.0056	4.2703	0.3495	1.2956	0.0514	0.0087	-0.0642	0.3031	-0.057	0.2089	0.0284	-0.0289	0.0055	0.036	0.0064	0.0306	0.1236	-0.0057	0.0346	77.8656	29.9806	2.9882
2	6.4727	4.4791	0.1867	3.3811	0.2107	0.042	-0.1257	0.2551	-0.2455	-0.1865	0.1434	-0.2734	-0.0215	0.03	-0.0177	0.0839	-0.0221	0.0248	0.222	0.0021	0.3162	45.8696	-5.004	-0.8441
3	2.3427	2.4725	-0.4203	6.3944	-0.7262	1.5315	-0.1297	-0.0221	-0.4565	-0.0086	0.1168	-0.6018	0.2822	0.13	0.0129	0.0624	0.0235	0.0115	0.1853	-0.0002	0.2169	14.6943	-44.015	4.9109
4	1.2744	0.4715	0.3297	4.4407	-0.7409	1.5727	-0.0915	0.0851	-0.0516	-0.6275	0.1619	0.0527	-0.1065	0.1241	-0.0704	0.1835	-0.0121	0.0316	0.1441	0.0005	0.0212	83.1389	38.6942	-16.6409
5	0.7323	-0.7942	0.0758	6.9175	1.189	0.8472	-0.0137	-0.0596	0.0001	0.0598	-0.0105	0.1276	0.0482	-0.0198	0.0242	0.0533	-0.0116	0.0207	0.1324	0.0042	0.0116	84.9708	-9.0354	-17.7838
6	1.1965	-0.0503	-0.1741	5.9022	1.2847	2.8259	0.0498	0.0882	0.0024	-0.0583	-0.0701	0.4512	0.0136	-0.2934	0.0202	0.1185	0.0229	0.0028	0.1562	0.0256	0.0411	82.5428	-56.5511	-33.4326
7	2.1968	2.6077	0.0055	5.5046	-0.2145	1.0317	0.0574	-0.0281	0.0536	0.3166	-0.0963	-0.1769	-0.0326	0.0316	0.0388	0.0338	-0.0051	-0.027	0.1258	0.0069	0.0275	11.1749	-11.9759	3.0018
8	6.3901	4.3403	-0.0863	3.4602	-0.0537	0.0068	-0.0744	0.2398	0.2568	-0.2026	0.068	0.3201	0.0026	-0.0326	0.0064	0.0708	-0.0178	-0.0241	0.2275	-0.0062	0.3103	43.1455	23.0126	-0.8536
9	2.4185	2.2822	0.3283	6.2298	0.4829	1.5617	-0.1321	-0.0309	0.4381	-0.055	0.1227	0.5123	-0.2465	-0.1561	0.0094	0.061	0.0237	-0.003	0.179	0.01	0.2158	74.3272	61.9943	4.9197
10	0.8969	0.2897	-0.0868	5.8066	0.6542	1.354	-0.035	0.0367	0.0314	-0.5523	0.0775	0.0447	0.0946	-0.1212	-0.0425	0.1533	-0.0056	-0.0325	0.155	0.0032	0.0091	5.8159	-20.6723	-16.6322
11	0.8869	-0.9856	0.0767	6.3446	-0.9577	0.8009	-0.0078	-0.0634	-0.0231	0.075	-0.0277	-0.111	-0.0605	0.0118	0.0354	0.0445	-0.0144	-0.0033	0.1236	-0.0084	0.006	4.0082	27.0225	-17.7732
12	1.1782	-0.3663	0.4713	5.6365	-1.4514	3.1007	0.0524	0.0996	0.0171	-0.061	-0.0856	-0.5436	-0.0526	0.2846	0.0332	0.1125	0.015	0.0126	0.1579	-0.0261	0.0616	6.427	74.5287	-33.4288

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	0 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	1	C	401 - 403
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	101 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	2	C	404 - 405
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	205 - 316
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	407
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	405 - 406
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	407
10	X-RAY DIFFRACTION	5	D	101 - 204
11	X-RAY DIFFRACTION	5	D	403 - 404
12	X-RAY DIFFRACTION	5	D	401
13	X-RAY DIFFRACTION	6	D	205 - 316
14	X-RAY DIFFRACTION	6	D	402
15	X-RAY DIFFRACTION	7	A	0 - 100
16	X-RAY DIFFRACTION	7	A	401 - 403
17	X-RAY DIFFRACTION	8	A	101 - 204
18	X-RAY DIFFRACTION	8	A	404 - 406
19	X-RAY DIFFRACTION	9	A	205 - 316
20	X-RAY DIFFRACTION	9	A	407
21	X-RAY DIFFRACTION	10	B	0 - 100
22	X-RAY DIFFRACTION	10	B	405 - 406
23	X-RAY DIFFRACTION	10	B	407
24	X-RAY DIFFRACTION	11	B	101 - 204
25	X-RAY DIFFRACTION	11	B	401
26	X-RAY DIFFRACTION	11	B	403 - 404
27	X-RAY DIFFRACTION	12	B	205 - 316
28	X-RAY DIFFRACTION	12	B	402

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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