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- PDB-5w16: Crystal structure of glutamate racemase from Thermus thermophilus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w16
タイトルCrystal structure of glutamate racemase from Thermus thermophilus in complex with D-glutamate
要素Glutamate racemase
キーワードISOMERASE / Thermophile / Racemase / Cofactor-independent / D-glutamate
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-GLUTAMIC ACID / NITRATE ION / Glutamate racemase / Glutamate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.909 Å
データ登録者Cooling, G.T. / Vance, N.R. / Spies, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM097373 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of glutamate racemase from Thermus Thermophilus in complex with D-glutamate
著者: Cooling, G.T. / Vance, N.R. / Spies, M.A.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate racemase
B: Glutamate racemase
C: Glutamate racemase
D: Glutamate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,69832
ポリマ－119,8344
非ポリマー1,86428
水17,042946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10390 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area36090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.677, 96.728, 179.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glutamate racemase


分子量: 29958.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: murI, TTHA1643 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SHT7, UniProt: A0A1J1ER74*PLUS, glutamate racemase
#2: 化合物
ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 2.5 M ammonium nitrate / PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年5月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→62.41 Å / Num. obs: 112287 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 16206 / CC1/2: 0.741 / Rpim(I) all: 0.891 / Rrim(I) all: 1.664 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDS2016-01-11データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5HJ7

5hj7


解像度: 1.909→58.929 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 5488 5.07 %
Rwork0.1853 --
obs0.1872 108287 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.909→58.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7600 0 112 950 8662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24910751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8514659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091418
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9092-1.93090.53891450.52783341X-RAY DIFFRACTION96
1.9309-1.95360.37941100.35982046X-RAY DIFFRACTION59
1.9536-1.97740.35361960.32013441X-RAY DIFFRACTION99
1.9774-2.00240.32351900.2733396X-RAY DIFFRACTION99
2.0024-2.02880.29321830.25143475X-RAY DIFFRACTION100
2.0288-2.05660.26241840.24893479X-RAY DIFFRACTION100
2.0566-2.0860.28691850.2413446X-RAY DIFFRACTION100
2.086-2.11710.29241910.22383442X-RAY DIFFRACTION100
2.1171-2.15020.2541940.20683511X-RAY DIFFRACTION100
2.1502-2.18540.22161690.21443472X-RAY DIFFRACTION100
2.1854-2.22310.32221810.26333413X-RAY DIFFRACTION100
2.2231-2.26360.42821780.3863224X-RAY DIFFRACTION92
2.2636-2.30710.34551860.29823279X-RAY DIFFRACTION95
2.3071-2.35420.24781890.1993458X-RAY DIFFRACTION100
2.3542-2.40540.21222030.18083440X-RAY DIFFRACTION100
2.4054-2.46130.24091860.17313481X-RAY DIFFRACTION100
2.4613-2.52290.23411830.17853493X-RAY DIFFRACTION100
2.5229-2.59110.22561870.16993471X-RAY DIFFRACTION100
2.5911-2.66730.21452040.17353463X-RAY DIFFRACTION100
2.6673-2.75340.21892060.17693480X-RAY DIFFRACTION100
2.7534-2.85190.22561750.18163520X-RAY DIFFRACTION100
2.8519-2.9660.24441830.17893505X-RAY DIFFRACTION100
2.966-3.1010.21581890.17283517X-RAY DIFFRACTION100
3.101-3.26450.20331820.17423521X-RAY DIFFRACTION100
3.2645-3.4690.20021760.16813522X-RAY DIFFRACTION100
3.469-3.73680.21371930.15173520X-RAY DIFFRACTION99
3.7368-4.11280.17831680.1413561X-RAY DIFFRACTION100
4.1128-4.70770.1531940.12093555X-RAY DIFFRACTION100
4.7077-5.93030.19531990.14753609X-RAY DIFFRACTION100
5.9303-58.95710.19191790.18433718X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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