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- PDB-4f3t: Human Argonaute-2 - miR-20a complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3t
タイトルHuman Argonaute-2 - miR-20a complex
要素
  • Protein argonaute-2
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*G*CP*AP*GP*G)-3')
キーワードHydrolase/RNA / HYDROLASE/GENE REGULATION / RNAi / Slicer / RNA / Hydrolase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / positive regulation of trophoblast cell migration / Transcriptional Regulation by MECP2 / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / siRNA processing / regulation of synapse maturation / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / P-body assembly / miRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / RNA endonuclease activity / post-embryonic development / positive regulation of translation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / MAPK6/MAPK4 signaling / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / postsynapse / translation / dendrite / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain ...Protein argonaute-2 / paz domain / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / paz domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENOL / : / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Elkayam, E. / Kuhn, C.-D. / Tocilj, A. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: The Structure of Human Argonaute-2 in Complex with miR-20a.
著者: Elkayam, E. / Kuhn, C.D. / Tocilj, A. / Haase, A.D. / Greene, E.M. / Hannon, G.J. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute-2
R: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*G*CP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1154
ポリマ－103,9272
非ポリマー1882
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area38330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.427, 107.651, 68.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE POLYMERIC CHAIN HAS A BIOLOGICAL UNIT REPRESENTED AS A MONOMER IN SOLUTION

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute-2 / Argonaute2 / hAgo2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / eIF-2C 2 / eIF2C 2 / PAZ Piwi ...Argonaute2 / hAgo2 / Eukaryotic translation initiation factor 2C 2 / eIF-2C 2 / eIF2C 2 / PAZ Piwi domain protein / PPD / Protein slicer


分子量: 97478.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleavable Two-Strepsumo tag (TSS) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AGO2, Argonaute2, eIF-2C 2, eIF2C 2, EIF2C2, Eukaryotic translation initiation factor 2C 2, hAgo2, Human Argonaute-2, PAZ Piwi domain protein
プラスミド: pFL, MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UKV8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*UP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*G*CP*AP*GP*G)-3')


分子量: 6448.871 Da / 分子数: 1 / Fragment: GB bases 8-27 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: miR-20a / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 406982
#3: 化合物 ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: microseeding in 100 mM Tris pH=9.0, 10% PEG 3350 (w/v), 8% 2-propanol (v/v), 0.12 M phenol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 27.39 / 数: 200364 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.77 / D res high: 2.62 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 51823 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.115099.310.032.1113.8
5.647.1110010.0382.5143.8
4.935.6410010.0412.863.8
4.484.9310010.0382.4213.9
4.164.4810010.0351.9763.9
3.914.1610010.0371.8433.9
3.723.9110010.041.8213.9
3.563.7299.910.0461.7513.9
3.423.5610010.0551.7443.9
3.33.4210010.0651.7463.9
3.23.399.910.0771.6493.9
3.113.210010.0921.6163.9
3.023.1110010.1081.5263.9
2.953.0210010.1331.5043.9
2.882.9510010.161.4573.9
2.822.8810010.1741.4513.9
2.772.8210010.2071.3783.9
2.712.7710010.261.3923.9
2.672.7110010.2961.3563.9
2.622.6710010.3491.3433.8
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 42106 / Num. obs: 41096 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.426 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.292.50.35919450.815192.6
2.29-2.332.70.30820360.826197
2.33-2.382.70.2620600.826198
2.38-2.422.70.2520620.926198.8
2.42-2.482.70.20220770.862199.1
2.48-2.532.70.16420770.911199.2
2.53-2.62.70.14820560.943199.3
2.6-2.672.70.12621040.924199.2
2.67-2.752.70.10520791.005198.9
2.75-2.832.70.08720761.134199.1
2.83-2.942.70.07420731.165198.8
2.94-3.052.70.06120721.141198.4
3.05-3.192.80.05320751.299198.5
3.19-3.362.70.04520831.516198.4
3.36-3.572.70.04120481.655197.8
3.57-3.852.70.0420392.121197.4
3.85-4.232.70.03920702.542197.4
4.23-4.852.70.03920382.98196.3
4.85-6.12.60.03520202.562195.1
6.1-502.80.0320062.314192.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.6341.730025262810
ANO_12.6341.731.3980252500
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_111.32-41.730025338
ISO_18.16-11.320050345
ISO_16.7-8.160065443
ISO_15.82-6.70078842
ISO_15.22-5.820088340
ISO_14.77-5.2200100342
ISO_14.42-4.7700109140
ISO_14.14-4.4200116137
ISO_13.9-4.1400120935
ISO_13.71-3.900130936
ISO_13.53-3.7100138635
ISO_13.38-3.5300145039
ISO_13.25-3.3800151334
ISO_13.14-3.2500154536
ISO_13.03-3.1400163237
ISO_12.93-3.0300170650
ISO_12.85-2.9300172346
ISO_12.77-2.8500178744
ISO_12.69-2.7700185449
ISO_12.63-2.6900181242
ANO_111.32-41.733.17902530
ANO_18.16-11.323.33705030
ANO_16.7-8.163.84706540
ANO_15.82-6.73.53507880
ANO_15.22-5.823.00908830
ANO_14.77-5.222.598010030
ANO_14.42-4.772.401010900
ANO_14.14-4.422.185011610
ANO_13.9-4.141.924012090
ANO_13.71-3.91.684013080
ANO_13.53-3.711.471013840
ANO_13.38-3.531.236014490
ANO_13.25-3.380.991015130
ANO_13.14-3.250.833015440
ANO_13.03-3.140.689016310
ANO_12.93-3.030.606017040
ANO_12.85-2.930.514017220
ANO_12.77-2.850.449017870
ANO_12.69-2.770.391018530
ANO_12.63-2.690.336018110
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
143.62327.21441.975SE40.540.6
267.55741.18753.071SE54.740.65
338.58413.33339.132SE52.050.65
470.4327.71357.882SE53.780.64
575.55344.7256.894SE80.020.73
641.3299.73441.938SE63.650.63
785.69655.79455.515SE78.550.6
879.45355.93262.561SE85.690.72
945.71418.74643.864SE71.640.57
1038.204-9.78951.703SE83.660.59
1137.16720.4736.221SE66.820.51
1248.1611.05632.738SE56.380.41
1332.99313.06636.541SE82.340.54
1439.00625.79964.221SE97.810.59
1570.39647.39575.657SE135.010.59
1656.489-5.23650.43SE90.010.34
1743.9881.35253.627SE110.270.45
1877.0149.44982.718SE153.970.56

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→47.438 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1295 3.15 %Random
Rwork0.207 ---
obs0.208 41069 97.44 %-
all-41069 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.545 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 177.91 Å2 / Biso mean: 57.952 Å2 / Biso min: 20.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0 Å21.883 Å2
2---2.289 Å2-0 Å2
3---3.049 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6436 298 14 136 6884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6749442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421059
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7622654
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.247-2.3360.3541240.2924233435794
2.336-2.4430.3421360.2714476461299
2.443-2.5720.3081420.2434469461199
2.572-2.7330.2951520.2374495464799
2.733-2.9440.3181670.2264430459799
2.944-3.240.2751340.2244486462099
3.24-3.7080.241440.2044442458698
3.708-4.6720.2131500.1754401455197
4.672-47.4490.2311460.194342448894
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.983-0.320.42013.5008-1.38891.68650.03420.3272-0.7607-0.2341-0.0844-0.24710.41440.0224-0.02020.1757-0.05140.06390.2536-0.05870.211235.94874.736745.2862
21.1371-0.2465-0.45521.5847-0.96163.49290.06810.1199-0.3111-0.0050.17960.1131-0.1547-0.0418-0.09530.1089-0.0459-0.00350.2671-0.00620.275536.973310.042558.2023
30.53860.449-0.77051.5806-2.51014.0419-0.1210.0962-0.07070.21010.0585-0.019-0.158-0.19360.03180.2994-0.01860.04230.3014-0.03780.258637.15129.879579.0977
42.5234-0.42590.07151.57850.28261.0327-0.2113-0.49270.8040.20640.12290.0405-0.1619-0.1770.19220.17990.0172-0.08620.3464-0.04660.417920.38244.093161.2143
54.4272-0.0161-0.17021.60620.16731.5141-0.03680.3456-0.1679-0.0680.02970.18880.0692-0.09970.01840.1295-0.0438-0.03130.22040.07730.191618.558529.94945.0498
64.41520.2589-0.87992.1015-0.17124.0756-0.1632-0.51410.23880.3319-0.10760.21650.0467-0.5025-0.02430.1711-0.0103-0.00180.3491-0.03970.342715.617736.705159.0157
70.1587-0.0175-0.19370.181-0.23281.3931-0.1101-0.1916-0.07110.06310.08160.12370.5471-0.00770.09570.38380.0809-0.06030.0624-0.1110.536331.707522.596567.7372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 23:102 )A23 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 103:269 )A103 - 269
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 270:386 )A270 - 386
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 387:641 )A387 - 641
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 642:775 )A642 - 775
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 776:859 )A776 - 859
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN R AND RESID 1:20 )R1 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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