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- PDB-5w06: HUMAN TISSUE FACTOR IN COMPLEX WITH ANTIBODY M1587 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w06
タイトルHUMAN TISSUE FACTOR IN COMPLEX WITH ANTIBODY M1587
要素
  • M1587 FAB HEAVY CHAIN
  • M1587 FAB LIGHT CHAIN
  • Tissue factor
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation ...activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production / protein processing / phospholipid binding / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2018
タイトル: Structural insights into humanization of anti-tissue factor antibody 10H10.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Raghunathan, G. / Martinez, C. / Fransson, J. / Edwards, W. / Connor, J. / Husovsky, M. / Beck, H. / Chi, E. / Fenton, S. / Zhou, H. / Almagro, J.C. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2017年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Tissue factor
L: M1587 FAB LIGHT CHAIN
H: M1587 FAB HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3974
ポリマ－73,3053
非ポリマー921
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.100, 175.560, 63.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Tissue factor / TF / Coagulation factor III / Thromboplastin


分子量: 24560.229 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (UNP residues 37-245) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13726
#2: 抗体 M1587 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 24189.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 M1587 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 24554.551 Da / 分子数: 1 / 断片: FD / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 18% PEG 3K, 0.2 M AMMONIUM ACETATE
PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日 / 詳細: SI(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 23936 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1678 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uj3, 4m7k

1uj3

4m7k


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 10.034 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.652 / ESU R Free: 0.291
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23495 954 4 %RANDOM
Rwork0.18625 ---
obs0.18822 22930 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å2-0 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4900 0 6 107 5013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1421.9516851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1095.04632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.35424.752202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57315813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6941516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4465.5322529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.55612.4063153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9555.7922504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.8926934
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 65 -
Rwork0.269 1575 -
obs--94.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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