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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vz4 | ||||||
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タイトル | Receptor-growth factor crystal structure at 2.20 Angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / Receptor / growth factor (成長因子) / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / response to metformin / reduction of food intake in response to dietary excess / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / negative regulation of appetite / SMAD protein signal transduction / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of multicellular organism growth ...GDF15-GFRAL signaling pathway / negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / response to metformin / reduction of food intake in response to dietary excess / glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / negative regulation of appetite / SMAD protein signal transduction / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of multicellular organism growth / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / receptor tyrosine kinase binding / マイクロフィラメント / cell-cell signaling / signaling receptor activity / nervous system development / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / external side of plasma membrane / focal adhesion / ゴルジ体 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Suto, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Non-homeostatic body weight regulation through a brainstem-restricted receptor for GDF15. 著者: Hsu, J.Y. / Crawley, S. / Chen, M. / Ayupova, D.A. / Lindhout, D.A. / Higbee, J. / Kutach, A. / Joo, W. / Gao, Z. / Fu, D. / To, C. / Mondal, K. / Li, B. / Kekatpure, A. / Wang, M. / Laird, T. ...著者: Hsu, J.Y. / Crawley, S. / Chen, M. / Ayupova, D.A. / Lindhout, D.A. / Higbee, J. / Kutach, A. / Joo, W. / Gao, Z. / Fu, D. / To, C. / Mondal, K. / Li, B. / Kekatpure, A. / Wang, M. / Laird, T. / Horner, G. / Chan, J. / McEntee, M. / Lopez, M. / Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Wang, S.P. / Yao, J. / Yie, J. / Matern, H. / Solloway, M. / Haldankar, R. / Parsons, T. / Tang, J. / Shen, W.D. / Alice Chen, Y. / Tian, H. / Allan, B.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vz4.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vz4.ent.gz | 56.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vz4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vz4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 12303.248 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 197-308 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF15, MIC1, PDF, PLAB, PTGFB / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99988 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27665.693 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 115-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GFRAL, C6orf144, UNQ9356/PRO34128 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6UXV0 |
-非ポリマー , 4種, 151分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 1.5 M ammonium sulfate, 10% w/v ethylene glycol, 30-minute soak in 0.5 M sodium bromide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→71.63 Å / Num. obs: 20379 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.033 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 118710 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5VZ3 & 2GH0 解像度: 2.2→71.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2704 / WRfactor Rwork: 0.1981 / FOM work R set: 0.7398 / SU B: 8.06 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.2206 / SU Rfree: 0.2055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 139.24 Å2 / Biso mean: 56.934 Å2 / Biso min: 29.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→71.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.203→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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