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万見
- PDB-5vz1: Crystal structure of the Apo Antibody fragment (Fab) raised again... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vz1
タイトルCrystal structure of the Apo Antibody fragment (Fab) raised against C-terminal domain of Ebola nucleoprotein (EBOV, TAFV, BDBV strains)
要素
  • Apo Antibody Fab Heavy Chain
  • Apo Antibody Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ebola virus / Nucleoprotein / Fab / Antibody fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.112 Å
データ登録者Radwanska, M.J. / Derewenda, U. / Kossiakoff, A. / Derewenda, Z.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Apo Antibody fragment (Fab) raised against C-terminal domain of Ebola nucleoprotein (EBOV, TAFV, BDBV strains)
著者: Radwanska, M.J. / Derewenda, U. / Kossiakoff, A. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2017年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apo Antibody Fab Light Chain
B: Apo Antibody Fab Heavy Chain
C: Apo Antibody Fab Light Chain
D: Apo Antibody Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3956
ポリマ－97,2644
非ポリマー1312
水9,440524
1
A: Apo Antibody Fab Light Chain
B: Apo Antibody Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6973
ポリマ－48,6322
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19680 Å2
手法PISA
2
C: Apo Antibody Fab Light Chain
D: Apo Antibody Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6973
ポリマ－48,6322
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.621, 74.621, 323.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-507-

HOH

21B-304-

HOH

31D-381-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Apo Antibody Fab Light Chain


分子量: 23396.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Apo Antibody Fab Heavy Chain


分子量: 25235.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 90 mM imidazole, pH 8.0, 180 mM Zinc Acetate, 27% PEG 3000, 10 mM Chromium (III) chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→47.4 Å / Num. obs: 50593 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Net I/σ(I): 4.23

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000data processing
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VKD

5vkd


解像度: 2.112→37.31 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.59
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 1999 3.96 %random selection
Rwork0.2183 ---
obs0.2203 50500 93.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.112→37.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6278 0 2 524 6804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6818754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7652274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031107
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1117-2.16450.30981440.23253509X-RAY DIFFRACTION98
2.1645-2.22310.31051490.23313616X-RAY DIFFRACTION100
2.2231-2.28850.30451500.22653610X-RAY DIFFRACTION99
2.2885-2.36230.27641480.22713592X-RAY DIFFRACTION99
2.3623-2.44670.25351480.22273595X-RAY DIFFRACTION99
2.4467-2.54470.31971480.22013586X-RAY DIFFRACTION99
2.5447-2.66050.2751470.21833577X-RAY DIFFRACTION97
2.6605-2.80070.26241430.23563477X-RAY DIFFRACTION95
2.8007-2.97610.26471440.24093468X-RAY DIFFRACTION94
2.9761-3.20580.28051400.23063420X-RAY DIFFRACTION93
3.2058-3.52810.30381380.22433352X-RAY DIFFRACTION90
3.5281-4.03810.23891300.20843128X-RAY DIFFRACTION84
4.0381-5.08560.20811180.18232869X-RAY DIFFRACTION75
5.0856-37.31630.26771520.21473702X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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