PDB-5vyf: Structure of single chain Fel d 1 bound to a neutralizing antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vyf

タイトル

Structure of single chain Fel d 1 bound to a neutralizing antibody

要素

Antibody Fab heavy chain
Antibody light chain
Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / allergen / therapeutic

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Felis catus (イエネコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Franklin, M.C.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Treating cat allergy with monoclonal IgG antibodies that bind allergen and prevent IgE engagement.
著者: Orengo, J.M. / Radin, A.R. / Kamat, V. / Badithe, A. / Ben, L.H. / Bennett, B.L. / Zhong, S. / Birchard, D. / Limnander, A. / Rafique, A. / Bautista, J. / Kostic, A. / Newell, D. / Duan, X. / ...

履歴

登録	2017年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vyf.cif.gz	437.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vyf.ent.gz	359 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vyf_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vyf_full_validation.pdf.gz	482 KB	表示
XML形式データ	5vyf_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	5vyf_validation.cif.gz	52.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/5vyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/5vyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1puoS 2r8sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ggt-d 1lk3-2 5t85-d 5t5b-2 5t80-d 6mtq-d 5w1m-3 3u9p-1 1fsk-3 5mev-d 7jtg-d 5w1m-4 6oy4-d 5t6l-2 7jtf-1 5w1m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Antibody light chain

H: Antibody Fab heavy chain

F: Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

A: Antibody light chain

B: Antibody Fab heavy chain

C: Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

ヘテロ分子

138 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Antibody light chain

H: Antibody Fab heavy chain

F: Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Antibody light chain

B: Antibody Fab heavy chain

C: Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.985, 131.480, 148.357
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	A
1	2	H
2	2	B
1	3	F
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	L	A	1 - 210	1 - 210
2	1	ASP	ASP	ASN	ASN	A	D	1 - 210	1 - 210
1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	H	B	2 - 213	2 - 213
2	2	VAL	VAL	VAL	VAL	B	E	2 - 213	2 - 213
1	3	CYS	CYS	LEU	LEU	F	C	7 - 161	7 - 161
2	3	CYS	CYS	LEU	LEU	C	F	7 - 161	7 - 161

NCSアンサンブル:

ID
3
1
2

#1: 抗体	Antibody light chain 分子量: 23400.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Antibody Fab heavy chain 分子量: 23473.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Chimera of Major allergen I polypeptide chain 2,Major allergen I polypeptide chain 1 / AG4 / Allergen Cat-1 / Allergen Fel d I-B / Allergen FdI / AG4 / Allergen Cat-1 / Allergen Fel d I- ...AG4 / Allergen Cat-1 / Allergen Fel d I-B / Allergen FdI / AG4 / Allergen Cat-1 / Allergen Fel d I-A / Allergen Fel dI 分子量: 21919.871 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP P30440 residues 18-109, UNP P30438 23-92 / Mutation: N50A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: CH2, CH1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30440, UniProt: P30438
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: calcium acetate, sodium cacodylate, PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→98.4 Å / Num. obs: 33144 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.132 / R_pim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.853 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1596 / CC_1/2: 0.753 / R_pim(I) all: 0.446 / Χ²: 0.59 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PUO, 2R8S

1puo

2r8s

解像度: 2.9→98.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 39.219 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25942	1643	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22538	-	-	-
obs	0.22711	30883	98.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.128 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→98.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8460	0	2	101	8563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	8642
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.174	1.962	11736
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3	18662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.155	5	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.472	24.556	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.367	15	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.57	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.558	3.437	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.558	3.436	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.006	5.15	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.006	5.151	5511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.53	3.48	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.53	3.48	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.947	5.199	6227
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.865	26.661	8940
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.861	26.657	8936
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	L	23978	0.01
1	2	A	23978	0.01
2	1	H	22492	0.03
2	2	B	22492	0.03
3	1	F	16778	0
3	2	C	16778	0

LS精密化シェル

解像度: 2.903→2.978 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	110	-
R_work	0.303	1919	-
obs	-	-	84.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6067	-1.2342	-0.3366	5.0458	0.5938	1.4074	-0.0887	-0.1618	-0.1651	0.3941	0.1326	0.118	0.2793	-0.0589	-0.0439	0.1584	0.0696	-0.0166	0.0818	-0.0012	0.0451	-12.1019	-1.1901	47.1377
2	1.6296	-0.8524	1.4096	2.3594	-1.3519	8.863	0.0373	0.124	0.0857	-0.258	-0.0264	-0.4271	0.0639	0.3273	-0.011	0.126	0.0353	0.0151	0.09	-0.1225	0.2771	-11.0433	-17.0486	14.8621
3	1.4986	0.0163	0.636	2.7618	1.8959	4.1886	-0.0705	-0.0843	-0.1016	0.1939	0.0769	0.3228	0.1533	0.051	-0.0063	0.0246	0.0031	0.0289	0.0173	-0.0064	0.1371	-28.9581	10.9615	36.8559
4	4.96	-2.3499	0.1966	6.1719	-0.3126	2.3353	0.0298	0.0021	-0.6213	0.1978	0.1467	0.2335	0.5604	0.0012	-0.1765	0.2106	-0.0001	-0.0565	0.0831	-0.0615	0.1385	-27.2781	-18.3418	18.3741
5	3.1755	0.3659	0.2178	5.1981	-0.8994	3.249	-0.1194	-0.3017	-0.091	0.5589	0.0771	-0.293	-0.0383	0.2565	0.0423	0.1713	0.099	0.0175	0.15	0.0037	0.0577	-18.7796	31.9756	61.2608
6	3.1116	-1.2899	-0.6358	4.0292	-0.4536	1.2087	-0.1252	-0.3452	0.4377	0.2667	0.0982	-0.1187	0.0174	0.0879	0.027	0.1646	0.1288	-0.0808	0.1339	-0.1065	0.1162	9.8015	-3.7482	47.317
7	2.0139	-0.9612	-3.4812	2.422	1.3747	9.654	0.2427	1.0935	0.5085	-0.4307	-0.0603	0.1911	0.106	-1.3146	-0.1825	0.2759	0.1715	-0.0589	0.8873	0.408	0.6047	8.586	12.962	15.7389
8	1.7942	0.4717	-0.7329	3.2279	-1.5102	3.1049	-0.1931	-0.1852	0.1498	0.1722	0.1266	-0.3751	-0.1085	0.1453	0.0665	0.0846	0.0476	-0.0957	0.0488	-0.0721	0.1866	27.0223	-15.1134	37.0301
9	6.4693	-3.6292	-0.7223	3.3443	-0.3444	3.3025	0.2775	0.4619	1.5777	-0.1652	0.2039	-0.3891	-0.6234	-0.3138	-0.4814	0.3043	0.0275	0.0792	0.344	0.1956	0.766	24.9377	14.2969	18.5459
10	2.5405	0.3306	0.1567	5.1461	-0.1069	4.1986	-0.0738	-0.5648	0.012	0.6186	-0.0414	0.1136	-0.1634	-0.7762	0.1152	0.2197	0.1404	-0.0074	0.3434	-0.0255	0.0119	18.0646	-37.0114	61.3114

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	109 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	121 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	6 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	109 - 211
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	121 - 214
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	7 - 162

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新型コロナ情報

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