PDB-5vxk: 2.55 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vxk

タイトル

2.55 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JMK-H2

要素

Invasin IpaD
single-domain antibody JMK-H2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / tip protein / VHH / T3SS

機能・相同性

機能・相同性情報

effector-mediated activation of programmed cell death in host / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vicugna pacos (アルパカ)

Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.55 A resolution structure of IpaD from Shigella flexneri in complex with single-domain antibody JMK-H2
著者: Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Picking, W.D. / Picking, W.L.

履歴

登録	2017年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vxk.cif.gz	238.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vxk.ent.gz	194.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vxk_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vxk_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	5vxk_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	5vxk_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j0oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bik-1 6wi8-d 6ffh-d 3sbw-1 3ptf-d 5f7n-1 4iqa-d 5lsu-d 2bwe-2 5f8q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: single-domain antibody JMK-H2

A: Invasin IpaD

48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.641, 107.913, 174.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: 抗体	single-domain antibody JMK-H2 分子量: 16914.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Invasin IpaD / 36 kDa membrane antigen 分子量: 31904.623 Da / 分子数: 1 / Mutation: C322S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 遺伝子: ipaD, CP0126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18013
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→45.88 Å / Num. obs: 17875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 46.92 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 115312 / Scaling rejects: 3
反射シェル	解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.988 / CC_1/2: 0.779 / R_pim(I) all: 0.413 / R_rim(I) all: 1.072 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.27	データスケーリング
PHENIX	dev_2775	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J0O

2j0o

解像度: 2.55→38.122 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 30.04

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2729	1650	4.91 %	Random selection
R_work	0.2021	-	-	-
obs	0.2054	33611	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 222 Å² / B_iso mean: 72.644 Å² / B_iso min: 21.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→38.122 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3117	0	0	17	3134
B_iso mean	-	-	-	45.06	-
残基数	-	-	-	-	407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3166
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.536	4290
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.377	1926

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.55-2.625	0.361	149	0.2811	2641	2790	100
2.625-2.7097	0.3648	123	0.2846	2686	2809	99
2.7097-2.8065	0.3315	147	0.2943	2658	2805	100
2.8065-2.9189	0.4013	122	0.2851	2659	2781	100
2.9189-3.0517	0.3743	162	0.2827	2665	2827	100
3.0517-3.2125	0.3017	135	0.2375	2666	2801	100
3.2125-3.4136	0.3381	134	0.2366	2669	2803	100
3.4136-3.677	0.2866	146	0.2007	2635	2781	100
3.677-4.0467	0.2432	131	0.1743	2702	2833	100
4.0467-4.6314	0.2182	119	0.1546	2660	2779	100
4.6314-5.8317	0.2198	147	0.1668	2659	2806	100
5.8317-38.1262	0.2157	135	0.1671	2661	2796	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0009	0.0172	0.034	0.0217	0.017	0.0116	-0.1133	-0.2039	0.0456	-0.1175	-0.5453	0.1828	-0.0324	0.1306	0	0.2899	0.0371	0.1329	0.6746	-0.0851	-0.627	-5.9128	-21.1372	-2.7435
2	0.0151	0.0028	0.0147	0.0014	0.0006	-0.0059	0.0364	-0.2422	0.334	-0.0337	-0.0185	-0.0362	0.1082	-0.1858	0	0.3033	-0.0527	0.0208	0.5383	-0.0086	0.2175	-16.4913	-27.2195	-4.8514
3	-0.0085	-0.0109	-0.004	0.0005	0.0034	-0.0036	-0.0583	-0.1847	0.2372	-0.137	-0.1	-0.1051	-0.0337	-0.1929	0	0.251	0.0264	0.0178	0.3991	-0.1272	0.3342	-15.9359	-14.7176	-7.8381
4	-0.0024	-0.0021	0.0028	0.036	-0.0072	-0.0003	-0.2854	-0.1349	0.1776	0.0607	-0.4802	-0.6725	-0.1465	-0.2563	-0	-0.4317	0.1123	0.9015	0.5058	-0.3981	-0.7495	-12.4739	-17.6372	0.5432
5	0.0115	0.0603	0.0768	-0.0292	-0.0042	0.0091	0.126	-0.2471	0.1978	-0.1509	-0.3231	0.0886	0.2134	-0.01	-0	0.3023	-0.0072	0.0163	0.3814	-0.0281	0.2751	-11.1265	-25.4892	-10.2888
6	0.1231	0.1058	0.1422	-0.0099	-0.0047	0.0006	0.2017	-0.3628	0.3037	0.1872	-0.0804	0.2981	0.0986	-0.1114	-0	0.5294	-0.1297	0.0282	0.4439	-0.0589	0.4675	-8.6145	22.5132	-26.4954
7	0.0867	-0.1866	0.3528	0.1372	0.1574	0.1492	-0.1388	0.1163	0.0759	-0.15	0.0613	0.0764	-0.0254	0.0638	0	0.3112	0.0365	-0.0543	0.2686	-0.0261	0.3727	-5.4193	17.5247	-35.7459
8	0.0346	0.1171	0.168	0.0565	0.1155	0.0677	-0.1429	-0.001	0.1086	-0.1956	0.1055	0.1267	0.1496	-0.1208	-0	0.3118	-0.027	-0.0796	0.2728	0.0213	0.3699	-18.4242	-8.7412	-37.7515
9	-0.262	0.1801	-0.3432	-0.0578	0.0327	0.26	-0.0696	0.0028	0.0451	0.0278	0.0559	0.0003	0.0298	-0.043	-0	0.2519	-0.0086	-0.0812	0.1244	-0.0097	0.3254	-6.1384	-0.6201	-30.1768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 33 )	B	2 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 34 through 51 )	B	34 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 52 through 73 )	B	52 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 74 through 91 )	B	74 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 92 through 126 )	B	92 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 41 through 102 )	A	41 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 103 through 177 )	A	103 - 177
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 178 through 267 )	A	178 - 267
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 268 through 322 )	A	268 - 322

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