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- PDB-5vx0: Bak in complex with Bim-h3Glg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vx0
タイトルBak in complex with Bim-h3Glg
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • Bcl-2-like protein 11
キーワードAPOPTOSIS / Bcl-2 Family / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / Activation and oligomerization of BAK protein / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / BH domain binding / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell negative selection / BAK complex / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / Activation and oligomerization of BAK protein / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / BH domain binding / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell negative selection / BAK complex / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of BIM and translocation to mitochondria / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / developmental pigmentation / response to fungus / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / ear development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / meiosis I / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / B cell apoptotic process / tube formation / mammary gland development / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / cellular response to glucocorticoid stimulus / NRAGE signals death through JNK / porin activity / thymocyte apoptotic process / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / T cell homeostasis / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / spleen development / positive regulation of cell cycle / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of mitochondrial membrane potential / FLT3 Signaling / endomembrane system / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / thymus development / release of cytochrome c from mitochondria / cell-matrix adhesion / epithelial cell proliferation / post-embryonic development / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / kidney development / establishment of localization in cell / response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / positive regulation of neuron apoptotic process / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / microtubule binding / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Brouwer, J.M. / Lan, P. / Lessene, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1079706 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1058331 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1113133 オーストラリア
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Conversion of Bim-BH3 from Activator to Inhibitor of Bak through Structure-Based Design.
著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / ...著者: Brouwer, J.M. / Lan, P. / Cowan, A.D. / Bernardini, J.P. / Birkinshaw, R.W. / van Delft, M.F. / Sleebs, B.E. / Robin, A.Y. / Wardak, A. / Tan, I.K. / Reljic, B. / Lee, E.F. / Fairlie, W.D. / Call, M.J. / Smith, B.J. / Dewson, G. / Lessene, G. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E.
履歴
登録2017年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: Bcl-2-like protein 11
C: Bcl-2 homologous antagonist/killer
D: Bcl-2-like protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,79611
ポリマ－44,5884
非ポリマー2087
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.092, 63.231, 121.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 19037.320 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-186 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-like protein 11 / Bcl2-L-11 / Bcl2-interacting mediator of cell death


分子量: 3256.613 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-166 / 変異: W147R, Y163T / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43521
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 200 mM magnesium chloride, 25 % PEG 3350, and 100 mM bis-tris chloride (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→44.693 Å / Num. obs: 49543 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1559 / Net I/σ(I): 11.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.599→44.693 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 1995 4.03 %
Rwork0.1649 --
obs0.1663 49528 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.599→44.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3041 0 10 434 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8574325
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0461874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.599-1.6390.4091360.3693233X-RAY DIFFRACTION98
1.639-1.68330.37221410.33463362X-RAY DIFFRACTION100
1.6833-1.73280.33761390.31353352X-RAY DIFFRACTION100
1.7328-1.78870.31221420.27623368X-RAY DIFFRACTION100
1.7887-1.85270.28731420.25673371X-RAY DIFFRACTION100
1.8527-1.92690.25131400.21613371X-RAY DIFFRACTION100
1.9269-2.01460.26591410.17883353X-RAY DIFFRACTION100
2.0146-2.12080.21931420.16073364X-RAY DIFFRACTION100
2.1208-2.25360.18991430.14673409X-RAY DIFFRACTION100
2.2536-2.42760.18261430.14683397X-RAY DIFFRACTION100
2.4276-2.67190.20541440.1443419X-RAY DIFFRACTION100
2.6719-3.05850.16641440.13953419X-RAY DIFFRACTION100
3.0585-3.8530.15021450.12753474X-RAY DIFFRACTION100
3.853-44.71080.1571530.13733641X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36670.06020.15611.10870.27251.0480.0102-0.12070.06990.1167-0.00460.0197-0.0302-0.0194-0.00010.15680.00630.00280.17210.00030.17381.434425.293123.6969
24.5848-5.89020.13667.5652-0.3451.2898-0.1889-0.18450.05430.26920.1525-0.08180.0966-0.03730.04830.2544-0.0311-0.00820.23350.00730.17175.123611.858736.074
38.37466.70847.14397.2745.7498.4956-0.13280.0999-0.6585-0.210.1417-0.62260.05710.341-0.04170.17490.04120.04160.16010.04330.245415.33559.083723.5192
44.34841.97861.62541.20721.02191.75330.02420.032-0.10120.02930.0067-0.07030.10970.0375-0.0380.12520.02620.00230.09910.01160.14138.471715.534522.8759
56.3584-2.784-0.51865.93082.88425.4688-0.0582-0.0652-0.28590.13970.08330.09640.16740.02660.0570.1426-0.018-0.00990.09680.01850.1337-4.279714.278714.1239
63.5934-5.16523.16938.2083-3.43445.12950.0982-0.1304-0.19380.0926-0.0321-0.03150.1558-0.0297-0.08870.1713-0.03040.02080.12620.01460.12511.355.530629.0148
73.7237-0.0405-0.88027.18932.51183.53770.0368-0.26840.24630.1320.1055-0.1383-0.04940.2525-0.14420.08450.0041-0.00290.1889-0.00720.123423.243429.723215.5583
84.087-0.4752-1.95790.8044-0.39272.56980.0303-0.08390.22830.0076-0.0134-0.0507-0.16370.0786-0.01320.1551-0.0219-0.02290.1604-0.04050.172324.052734.345719.2691
94.0841-2.94855.04363.0725-3.33016.5081-0.2553-0.08280.55330.04770.02-0.1959-0.32080.04730.33590.22750.00780.03130.135-0.02460.236420.51544.70553.5616
105.2117-5.2332-4.83116.22453.8165.68620.04180.5904-0.24240.0349-0.21490.37110.2669-0.56210.12470.1974-0.0301-0.04760.19070.01980.157113.823830.9971-0.3436
112.4081-1.0617-0.90711.47350.74271.01020.00870.0529-0.0252-0.00040.01540.04980.0059-0.0097-0.02320.13750.0002-0.0170.16760.00370.12718.185529.30147.4354
128.4976-2.28124.68399.29894.74998.1048-0.19470.10490.6493-0.30420.0122-0.433-0.2610.45230.08340.16510.0105-0.01420.1903-0.00920.14735.022226.91110.4398
133.5577-2.21964.48224.5119-1.36946.41920.15280.24590.278-0.3514-0.1024-0.1183-0.08510.0103-0.00610.2307-0.01090.04270.19270.0240.158824.778937.5906-2.2502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 100 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 101 through 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 164 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 165 through 185 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 141 through 165 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 21 through 48 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 49 through 82 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 83 through 100 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 101 through 124 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 125 through 174 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 175 through 185 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 142 through 165 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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