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- PDB-5vug: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vug
タイトルCrystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase Domain of Uncharacterized Protein Rv2277c from Mycobacterium tuberculosis
要素Uncharacterized protein Rv2277c
キーワードStructural genomics / Unknown function / alpha-beta fold / TIM barrel / glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / MCSG / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / Uncharacterized protein Rv2277c
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kim, Y. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase Domain of Uncharacterized Protein Rv2277c from Mycobacterium tuberculosis
著者: Kim, Y. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv2277c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6623
ポリマ－30,5301
非ポリマー1322
水5,477304
1
A: Uncharacterized protein Rv2277c
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein Rv2277c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3256
ポリマ－61,0602
非ポリマー2644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.269, 43.878, 68.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-430-

HOH

21A-506-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv2277c


分子量: 30530.209 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 24-301 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2277c, MTCY339.33 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) gold / 参照: UniProt: P9WLF1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Imidazole:HCl pH 8.0, 10% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 55320 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1974 / CC1/2: 0.69 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 71.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→26.275 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.45
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1955 2414 4.96 %random
Rwork0.1629 ---
obs0.1645 48689 87.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2034 0 7 304 2345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8382858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.384752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4968-1.52730.2133350.1783582X-RAY DIFFRACTION19
1.5273-1.56050.169640.18181156X-RAY DIFFRACTION38
1.5605-1.59680.23181050.17852017X-RAY DIFFRACTION66
1.5968-1.63670.22791420.17642604X-RAY DIFFRACTION85
1.6367-1.6810.24931660.16872834X-RAY DIFFRACTION93
1.681-1.73040.23761670.16442981X-RAY DIFFRACTION98
1.7304-1.78630.19121570.15793026X-RAY DIFFRACTION99
1.7863-1.85010.19131420.15743090X-RAY DIFFRACTION99
1.8501-1.92420.21861590.16113049X-RAY DIFFRACTION99
1.9242-2.01170.1851700.15463044X-RAY DIFFRACTION100
2.0117-2.11770.17671490.15053078X-RAY DIFFRACTION99
2.1177-2.25040.17231770.14633043X-RAY DIFFRACTION99
2.2504-2.4240.18311470.15073108X-RAY DIFFRACTION99
2.424-2.66770.18571450.16583115X-RAY DIFFRACTION99
2.6677-3.05320.21241580.16973133X-RAY DIFFRACTION100
3.0532-3.84480.19821570.17013171X-RAY DIFFRACTION99
3.8448-26.27930.18631740.16713244X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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