PDB-6whj: Structure of Ribokinase from Giardia lamblia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6whj

タイトル

Structure of Ribokinase from Giardia lamblia

要素

Ribokinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Giardia lamblia / Giardia intestinalis / Ribokinase / GL50803_15297 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Giardia lamblia (真核生物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of Ribokinase from Giardia lamblia
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6whj.ent.gz	403.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6whj_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6whj_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6whj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6whj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1rkdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tz3-d 5byd-d 6znx-2 4bnr-d 7c1x-d 5vug-1 1o0d-2 1t8l-d 4wjm-1 6ogm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: GilaA.01141.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribokinase

B: Ribokinase

C: Ribokinase

D: Ribokinase

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribokinase

B: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ribokinase

D: Ribokinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.620, 169.920, 84.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and ((resid 4 through 6 and (name N...
2	1	(chain B and ((resid 4 through 6 and (name N...
3	1	(chain C and ((resid 4 through 6 and (name N...
4	1	(chain D and (resid 4 through 28 or (resid 29...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LYS	LYS	(chain A and ((resid 4 through 6 and (name N...	A	A	4 - 6	6 - 8
1	2	THR	THR	EDO	EDO	(chain A and ((resid 4 through 6 and (name N...	A	A - E	4 - 401	6
1	3	THR	THR	EDO	EDO	(chain A and ((resid 4 through 6 and (name N...	A	A - E	4 - 401	6
1	4	THR	THR	EDO	EDO	(chain A and ((resid 4 through 6 and (name N...	A	A - E	4 - 401	6
1	5	THR	THR	EDO	EDO	(chain A and ((resid 4 through 6 and (name N...	A	A - E	4 - 401	6
2	1	THR	THR	LYS	LYS	(chain B and ((resid 4 through 6 and (name N...	B	B	4 - 6	6 - 8
2	2	SER	SER	EDO	EDO	(chain B and ((resid 4 through 6 and (name N...	B	B - F	3 - 401	5
2	3	SER	SER	EDO	EDO	(chain B and ((resid 4 through 6 and (name N...	B	B - F	3 - 401	5
2	4	SER	SER	EDO	EDO	(chain B and ((resid 4 through 6 and (name N...	B	B - F	3 - 401	5
2	5	SER	SER	EDO	EDO	(chain B and ((resid 4 through 6 and (name N...	B	B - F	3 - 401	5
3	1	THR	THR	LYS	LYS	(chain C and ((resid 4 through 6 and (name N...	C	C	4 - 6	6 - 8
3	2	THR	THR	PHE	PHE	(chain C and ((resid 4 through 6 and (name N...	C	C	4 - 339	6 - 341
3	3	THR	THR	PHE	PHE	(chain C and ((resid 4 through 6 and (name N...	C	C	4 - 339	6 - 341
3	4	THR	THR	PHE	PHE	(chain C and ((resid 4 through 6 and (name N...	C	C	4 - 339	6 - 341
3	5	THR	THR	PHE	PHE	(chain C and ((resid 4 through 6 and (name N...	C	C	4 - 339	6 - 341
4	1	THR	THR	GLY	GLY	(chain D and (resid 4 through 28 or (resid 29...	D	D	4 - 28	6 - 30
4	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain D and (resid 4 through 28 or (resid 29...	D	D	29	31
4	3	THR	THR	SER	SER	(chain D and (resid 4 through 28 or (resid 29...	D	D	4 - 337	6 - 339
4	4	THR	THR	SER	SER	(chain D and (resid 4 through 28 or (resid 29...	D	D	4 - 337	6 - 339
4	5	THR	THR	SER	SER	(chain D and (resid 4 through 28 or (resid 29...	D	D	4 - 337	6 - 339

#1: タンパク質	Ribokinase / RK 分子量: 37547.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Giardia lamblia (真核生物) / 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 遺伝子: GL50803_15297 / プラスミド: GilaA.01141.a.AE1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8B6Y7, ribokinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition A9: 200mM Magnesium chloride, 22.5% (w/V) PEG 3350, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 6.75: GilaA.01141.a.AE1.PS38632 at 34.66mg/ml: tray: 315276a9, cryo: 15% ...詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition A9: 200mM Magnesium chloride, 22.5% (w/V) PEG 3350, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 6.75: GilaA.01141.a.AE1.PS38632 at 34.66mg/ml: tray: 315276a9, cryo: 15% EG in 2 steps: puck vdk2-4

結晶

マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition A9: 200mM Magnesium chloride, 22.5% (w/V) PEG 3350, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 6.75: GilaA.01141.a.AE1.PS38632 at 34.66mg/ml: tray: 315276a9, cryo: 15% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月27日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→46.83 Å / Num. obs: 35700 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.18 % / B_iso Wilson estimate: 43.921 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.979 / Net I/σ(I): 15.47 / Num. measured all: 220642 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.65-2.72	5.298	0.529	3.05	13521	2612	2552	0.814	0.588	97.7
2.72-2.79	5.905	0.449	3.84	15460	2646	2618	0.882	0.493	98.9
2.79-2.87	6.426	0.396	4.44	15659	2453	2437	0.925	0.431	99.3
2.87-2.96	6.362	0.317	5.54	15656	2483	2461	0.944	0.345	99.1
2.96-3.06	6.381	0.274	6.45	14739	2332	2310	0.961	0.298	99.1
3.06-3.17	6.365	0.23	7.66	14583	2299	2291	0.971	0.251	99.7
3.17-3.29	6.388	0.169	10.29	13869	2186	2171	0.983	0.185	99.3
3.29-3.42	6.343	0.138	12.6	13676	2161	2156	0.987	0.151	99.8
3.42-3.57	6.367	0.118	14.99	12784	2015	2008	0.991	0.129	99.7
3.57-3.75	6.279	0.091	19.28	12331	1974	1964	0.995	0.099	99.5
3.75-3.95	6.283	0.079	22.09	11460	1827	1824	0.996	0.086	99.8
3.95-4.19	6.148	0.068	24.27	10974	1787	1785	0.997	0.075	99.9
4.19-4.48	6.044	0.058	28.37	10063	1666	1665	0.997	0.063	99.9
4.48-4.84	6.192	0.052	30.01	9275	1496	1498	0.998	0.057	100
4.84-5.3	6.214	0.06	26.88	8948	1442	1440	0.997	0.065	99.9
5.3-5.93	6.278	0.072	22.63	7986	1271	1272	0.996	0.079	100
5.93-6.84	6.251	0.062	25.2	7064	1131	1130	0.998	0.068	99.9
6.84-8.38	6.049	0.045	33.75	5837	969	965	0.999	0.049	99.6
8.38-11.85	5.854	0.029	47.08	4379	749	748	0.999	0.032	99.9
11.85-46.83	5.872	0.025	51.15	2378	418	405	0.999	0.028	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc4	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MR-rosetta starting from hhpred hit 1rkd

1rkd

解像度: 2.65→46.83 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2239	1954	5.47 %	0
R_work	0.1789	-	-	-
obs	0.1814	35692	99.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.31 Å² / B_iso mean: 46.9772 Å² / B_iso min: 18.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→46.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9527	0	12	169	9708
B_iso mean	-	-	36.24	37.37	-
残基数	-	-	-	-	1304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.776	13185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.727	3463
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1719

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5385	X-RAY DIFFRACTION	11.288	TORSIONAL
1	2	B	5385	X-RAY DIFFRACTION	11.288	TORSIONAL
1	3	C	5385	X-RAY DIFFRACTION	11.288	TORSIONAL
1	4	D	5385	X-RAY DIFFRACTION	11.288	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.65-2.72	0.2709	131	0.2179	2330	2461	97
2.72-2.79	0.3002	141	0.2326	2447	2588	99
2.79-2.87	0.3168	147	0.2226	2333	2480	99
2.87-2.96	0.3011	142	0.2329	2434	2576	99
2.96-3.07	0.2293	127	0.2139	2365	2492	99
3.07-3.19	0.2636	147	0.2034	2454	2601	100
3.19-3.34	0.2398	124	0.1985	2388	2512	100
3.34-3.51	0.2307	129	0.2004	2437	2566	100
3.51-3.73	0.242	137	0.1883	2445	2582	100
3.73-4.02	0.2029	125	0.1607	2409	2534	100
4.02-4.43	0.1678	149	0.1449	2435	2584	100
4.43-5.07	0.2061	140	0.137	2410	2550	100
5.07-6.38	0.2236	166	0.1782	2426	2592	100
6.38-46.83	0.1841	149	0.1533	2425	2574	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8278	1.8487	0.3376	4.1781	0.499	1.1236	-0.1257	-0.0922	-0.0153	-0.0473	0.1377	-0.0805	-0.1457	-0.0116	0.0852	0.1886	0.051	0.028	0.2877	0.0263	0.2967	10.9126	33.9674	3.8629
2	1.1073	1.377	0.1993	3.4182	0.9555	1.2562	0.0516	0.0571	-0.2365	-0.1766	-0.1822	-0.6521	0.2907	0.2175	0.0379	0.1839	0.0731	0.0201	0.3027	0.0823	0.4198	15.4321	18.7737	1.5783
3	1.8323	0.4212	-0.7409	3.5124	0.0944	0.4356	0.1689	0.1778	0.0504	-0.5484	-0.1654	-1.0433	0.0009	0.49	0.0224	0.3229	0.0278	0.1936	0.4421	0.069	0.5862	18.2682	21.5051	-7.3322
4	1.3948	0.2773	-0.4601	4.6011	0.2456	1.2992	0.0716	0.1266	0.1167	-0.1767	0.1159	-0.1265	0.1095	-0.0179	-0.1288	0.1556	-0.0102	-0.0424	0.3294	0.1119	0.3088	7.1285	28.7983	-2.1443
5	2.9684	1.0511	0.0105	3.6119	0.1301	4.3002	-0.144	0.2449	-0.0005	-0.2491	0.2233	-0.1012	0.1396	-0.1309	0.0134	0.1951	0.0053	0.0091	0.2412	0.011	0.2753	-0.0684	12.8056	-2.9559
6	3.1577	0.8599	-0.4449	1.2503	-1.5732	2.4059	0.1069	-0.1766	0.4617	-0.1438	0.0308	0.4011	-0.4258	-0.4027	0.0081	0.2671	0.0379	0.0337	0.3282	-0.0345	0.4662	-7.7635	19.8533	8.2158
7	2.8517	0.9795	-0.5439	3.6049	0.7483	3.8023	0.0939	-0.4455	0.272	0.433	-0.3456	0.6016	0.1026	-0.6036	0.0931	0.2467	-0.0348	0.0358	0.3704	-0.0824	0.3367	-8.2833	13.4782	15.0952
8	3.7087	0.8795	-0.0549	3.3947	-0.0754	4.5455	0.101	-0.4549	-0.3033	0.6828	0.0771	-0.939	0.1057	0.4827	-0.0485	0.2597	0.02	-0.0749	0.4033	0.0245	0.4056	8.3245	12.1284	15.5279
9	2.6785	-0.3664	-1.4804	0.8851	1.4543	2.6837	0.2633	-0.773	0.3313	0.1994	0.2192	-1.0676	0.0305	1.2864	-0.3255	0.4104	0.0333	-0.1915	0.8105	-0.0899	1.1056	18.8237	17.1777	16.4831
10	1.7205	0.2372	-0.0524	2.8195	0.0636	1.1193	0.0446	-0.0258	-0.0813	-0.0692	-0.0337	-0.1945	-0.0637	0.0879	-0.0379	0.1527	0.0109	-0.0143	0.224	0.022	0.2106	21.2572	56.3938	-3.4458
11	2.1419	-0.3092	-0.3157	2.7071	0.3087	3.666	-0.0382	0.1157	0.0306	-0.2402	0.0028	0.2579	-0.0249	-0.1831	0.05	0.2248	0.0055	-0.0435	0.2283	0.051	0.3138	10.2196	70.8797	-7.5047
12	2.5167	-0.7941	0.0652	2.404	0.0021	3.4575	-0.1705	-0.123	0.126	0.0667	0.1975	-0.3016	0.3348	0.2243	0.0258	0.4037	-0.1358	0.0016	0.3466	-0.0112	0.2029	20.3272	76.1777	38.5447
13	2.7704	-1.0857	-0.8126	2.7199	-0.7838	3.4308	-0.0363	-0.271	-0.0102	0.4807	0.1169	0.2101	0.0609	-0.3009	-0.1297	0.368	-0.0861	0.0281	0.3318	0.0183	0.2381	10.0287	78.7711	43.3563
14	2.6645	-0.3949	-0.5591	1.8859	-0.2727	6.7755	0.1793	0.2167	-0.1691	0.0018	-0.0181	0.0193	0.982	-0.8557	-0.2001	0.3399	-0.0471	-0.0217	0.4103	0.0749	0.3919	0.5267	78.132	28.6635
15	2.9596	-0.1015	0.0451	3.3804	0.2009	4.0129	0.0114	0.095	0.1013	-0.1548	-0.0093	0.393	-0.0254	-0.5155	-0.0274	0.2498	-0.0179	-0.0123	0.3596	0.0213	0.2555	7.408	84.9559	24.0147
16	4.593	-1.3617	-0.5243	5.3473	2.2752	5.1207	0.314	0.2133	0.5511	-0.0118	-0.1871	-0.5756	-0.6446	0.2967	-0.1637	0.3976	-0.0583	0.0519	0.292	0.0943	0.4548	18.0846	91.3759	27.2424
17	1.5292	-1.3242	0.1596	2.258	-1.1385	0.8286	-0.412	-0.0934	0.1243	0.4571	0.2312	-0.0129	0.0382	-0.2726	0.0401	1.0454	-0.0823	-0.0689	0.4206	-0.0567	0.3208	23.9722	52.6253	43.0352
18	4.6949	0.1218	-0.7748	0.0022	0.0007	1.1835	-0.1076	-1.2221	0.6332	0.485	0.0943	-0.0743	0.0255	0.3398	0.1684	1.2667	-0.0247	-0.1398	0.6277	-0.165	0.3577	35.9708	45.5914	54.6312
19	1.7886	-1.4108	0.2907	1.2089	-0.4457	0.6193	-0.2445	-0.5812	0.809	0.4658	0.0479	-0.7159	-0.1402	-0.1477	-0.072	1.2738	-0.1678	-0.0832	0.4347	-0.1931	0.5288	32.1843	55.2345	44.9909
20	3.1372	-1.3039	-0.8346	2.9922	0.0581	3.2973	-0.1871	0.1485	-0.1142	0.3074	-0.0786	-0.119	-0.2459	0.1552	0.2928	0.5055	-0.1079	-0.0087	0.34	-0.0247	0.2889	39.2785	35.2868	36.6944
21	4.4922	-0.3468	-1.8219	3.3873	2.0285	4.2527	-0.3704	-0.7466	-0.7457	0.7025	-0.0433	0.1128	0.8495	0.0861	0.3669	0.73	-0.0349	0.1626	0.367	0.0975	0.4656	31.0429	28.096	46.666
22	1.5002	0.1751	0.5765	1.7364	-1.0492	0.9473	-0.267	-0.5534	-0.3689	1.3857	0.0066	0.3661	0.4858	-0.5889	0.3494	1.0897	0.0712	0.3459	0.7578	0.137	0.6992	20.5225	35.1489	55.2796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 33 )	A	4 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 69 )	A	34 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 97 )	A	70 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 128 )	A	98 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 129 through 181 )	A	129 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 182 through 213 )	A	182 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 214 through 256 )	A	214 - 256
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 257 through 318 )	A	257 - 318
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 319 through 336 )	A	319 - 336
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 195 )	B	3 - 195
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 196 through 340 )	B	196 - 340
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 4 through 69 )	C	4 - 69
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 70 through 181 )	C	70 - 181
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 182 through 213 )	C	182 - 213
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 214 through 285 )	C	214 - 285
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 286 through 339 )	C	286 - 339
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 4 through 53 )	D	4 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 54 through 69 )	D	54 - 69
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 70 through 126 )	D	70 - 126
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 127 through 247 )	D	127 - 247
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 248 through 315 )	D	248 - 315
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 316 through 337 )	D	316 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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