PDB-4bnr: Extremely stable complex of crayfish trypsin with bovine trypsin ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnr

タイトル

Extremely stable complex of crayfish trypsin with bovine trypsin inhibitor

要素

HEPATOPANCREAS TRYPSIN
PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

キーワード

HYDOLASE/INHIBITOR / HYDOLASE-INHIBITOR COMPLEX / PROTEASE / INHIBITION / ARTHROPODA / HEAT STABILITY / COMPLEX FORMATION

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

PONTASTACUS LEPTODACTYLUS (甲殻類)

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Molnar, T. / Voros, J. / Szeder, B. / Takats, K. / Kardos, J. / Katona, G. / Graf, L.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2013
タイトル: Comparison of Complexes Formed by a Crustacean and a Vertebrate Trypsin with Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor - the Key to Achieving Extreme Stability?
著者: Molnar, T. / Voros, J. / Szeder, B. / Takats, K. / Kardos, J. / Katona, G. / Graf, L.

履歴

登録	2013年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月13日	Group: Database references
改定 2.0	2019年5月8日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bnr.cif.gz	337 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bnr.ent.gz	279.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2f91S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g2m-d 3eek-2 3qlx-1 3eek-1 3qlz-2 3qly-2 3cse-2 1x06-d 1p2k-d 3qlz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (8) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: HEPATOPANCREAS TRYPSIN

B: HEPATOPANCREAS TRYPSIN

I: PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

J: PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

ヘテロ分子

72.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: HEPATOPANCREAS TRYPSIN

J: PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: HEPATOPANCREAS TRYPSIN

I: PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.980, 138.980, 93.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.668892, 0.740995, 0.059254), (0.742066, -0.670304, 0.005566), (0.043843, 0.040247, -0.998227)	-37.7844, 87.4027, -18.6793
2	given	(0.632592, 0.772309, 0.058024), (0.773817, -0.633381, -0.005947), (0.032159, 0.048662, -0.998297)	-40.9699, 86.8351, -19.4031

#1: タンパク質	HEPATOPANCREAS TRYPSIN 分子量: 25072.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PONTASTACUS LEPTODACTYLUS (甲殻類) / 器官: STOMACH / 参照: UniProt: Q52V24, trypsin
#2: タンパク質	PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR / BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR / APROTININ / BASIC PROTEASE INHIBITOR / BPI / BPTI 分子量: 10915.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00974
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.4 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 5.6 詳細: 10.6 MG/ML PROTEIN, 33 (W/V)% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1:1 MIXING, 20 C

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月29日 / 詳細: SAGITALLY FOCUSING GE(220) AND A MULTILAYER
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→40.9 Å / Num. obs: 45201 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F91

2f91

解像度: 2→40.896 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	2257	5.1 %
R_work	0.1494	-	-
obs	0.1511	44678	98.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40.896 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4434	0	14	473	4921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.902	6188
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.415	1594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	822

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0435	0.2589	114	0.2268	2288	X-RAY DIFFRACTION	84
2.0435-2.091	0.2304	125	0.2062	2468	X-RAY DIFFRACTION	92
2.091-2.1433	0.2272	136	0.1898	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1433-2.2013	0.2054	134	0.1752	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2013-2.266	0.1959	127	0.1584	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.266-2.3392	0.1801	139	0.1494	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3392-2.4228	0.1918	139	0.1496	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4228-2.5198	0.1767	155	0.1582	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.6344	0.2086	180	0.1597	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6344-2.7733	0.2111	136	0.1622	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7733-2.947	0.2048	151	0.1553	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.947-3.1745	0.2009	137	0.1606	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1745-3.4938	0.1699	159	0.1485	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4938-3.9989	0.1833	128	0.1305	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9989-5.0368	0.1322	148	0.1133	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0368-40.9046	0.1715	149	0.1528	2669	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4077	-0.5629	0.1289	2.0466	-0.5752	1.7672	-0.2093	-0.4183	0.094	0.2022	0.265	0.0503	-0.2134	-0.2065	-0.102	0.2537	0.1008	0.0194	0.2662	0.0304	0.1712	-17.6491	22.8943	3.4483
2	1.6766	-0.4743	-0.0617	2.6597	0.0081	1.7601	-0.0797	-0.163	-0.1353	-0.0542	0.1169	-0.1272	-0.0401	0.0193	0.0062	0.1757	0.0667	0.0271	0.1803	0.0313	0.1969	-11.5032	17.3296	-1.5301
3	1.6879	0.1706	0.7553	0.9398	-0.0351	1.6228	-0.1692	-0.46	-0.4609	0.0974	0.3186	0.4732	0.1981	-0.4602	-0.1033	0.2969	0.0244	0.0933	0.373	0.201	0.3532	-26.9243	10.9026	2.52
4	1.3245	-0.2107	0.3873	1.6962	0.0538	0.6256	0.0098	-0.0959	-0.6582	-0.495	0.1194	0.3682	0.1637	-0.2439	-0.1148	0.3843	-0.0371	-0.0535	0.3126	0.0906	0.4859	-29.1706	6.4199	-8.3358
5	1.2045	0.134	-0.2032	1.8592	-0.1855	1.0858	-0.0936	-0.2083	-0.3997	-0.0657	0.1659	0.2189	0.2688	-0.1026	-0.0578	0.3009	0.0149	0.0103	0.2064	0.1079	0.3302	-20.2874	7.7574	-3.1872
6	2.182	0.528	-0.6322	2.3108	0.265	2.0534	-0.0368	0.0771	0.0683	-0.1542	0.2254	-0.0271	-0.1826	-0.1567	-0.1653	0.2775	0.0423	-0.0238	0.2235	0.0493	0.2632	-33.4262	59.077	-21.2859
7	1.9528	0.3667	-0.7086	1.6745	0.4428	1.1258	0.2431	-0.0936	0.4711	0.0785	0.1501	0.1367	-0.4779	-0.0215	-0.1943	0.3893	0.0963	0.0573	0.1754	0.0537	0.2987	-33.6573	67.1044	-15.9362
8	1.5791	0.2476	-0.3289	1.7145	0.1245	1.8634	-0.0462	0.033	0.2195	0.0412	0.1283	0.6012	-0.3043	-0.6801	-0.0324	0.319	0.1739	-0.0323	0.4525	0.1174	0.4784	-50.9307	61.1837	-15.9569
9	1.6821	0.6978	0.4644	0.8856	0.1391	0.661	-0.1695	-0.0359	0.7675	-0.0986	0.3102	0.6463	-0.6631	-0.2595	-0.1722	0.5911	0.1396	0.0675	0.3324	0.0244	0.538	-41.4445	73.1453	-12.596
10	1.3487	-0.0774	0.1264	1.2247	-0.3121	1.0079	-0.0693	-0.0442	0.0384	-0.0459	0.1027	0.1543	-0.0451	-0.1452	-0.0333	0.2063	0.0055	-0.0137	0.1721	0.0422	0.1866	-31.6056	30.7973	-15.7207
11	2.2729	-0.714	0.3049	2.1327	-0.8377	3.2677	-0.0433	-0.0236	0.1372	-0.1655	0.0287	-0.1733	-0.3186	0.0199	0.0278	0.3067	-0.0136	-0.0062	0.2027	0.015	0.1977	-26.3379	33.5187	-18.9139
12	0.4574	-0.0274	0.27	1.2291	-0.539	1.2302	0.0321	0.0329	-0.0537	-0.0285	0.0513	0.182	0.1054	-0.1043	-0.0686	0.2449	0.0423	0.0163	0.2745	0.0323	0.2199	-37.3513	42.8357	-2.8681
13	0.679	0.4068	0.7645	2.1	-1.3733	3.043	0.1219	-0.0187	0.2115	0.0385	-0.1135	-0.0202	-0.3774	-0.0109	-0.0401	0.2597	0.0547	0.0391	0.2991	0.0272	0.2103	-36.3827	49.4484	-0.6884
14	5.6706	-0.0507	0.6647	3.9487	1.152	4.2206	0.3447	0.2975	-0.6097	-0.033	0.0191	-0.538	0.4472	0.551	-0.0829	0.2745	0.0806	-0.0047	0.3274	-0.0097	0.293	-26.7433	40.2311	2.2159

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 16 THROUGH 80 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 81 THROUGH 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 124 THROUGH 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 165 THROUGH 196 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 197 THROUGH 244 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 16 THROUGH 80 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 81 THROUGH 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 124 THROUGH 225 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 227 THROUGH 244 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN I AND (RESID 1 THROUGH 35 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN I AND (RESID 36 THROUGH 58 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN J AND (RESID 1 THROUGH 35 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN J AND (RESID 36 THROUGH 47 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN J AND (RESID 48 THROUGH 58 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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