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- PDB-5vtw: Crystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vtw
タイトルCrystal structure of the A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) influenza virus hemagglutinin G225M/L226T/S228A mutant in complex with 6'-SLN
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza A virus / hemagglutinin / mutant / receptor binding
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wu, N.C. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI117675 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI114730 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2017
タイトル: Diversity of Functionally Permissive Sequences in the Receptor-Binding Site of Influenza Hemagglutinin.
著者: Wu, N.C. / Xie, J. / Zheng, T. / Nycholat, C.M. / Grande, G. / Paulson, J.C. / Lerner, R.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2017年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,88222
ポリマ－166,7826
非ポリマー6,10016
水8,665481
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7227
ポリマ－55,5942
非ポリマー2,1285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8010 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25340 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5197
ポリマ－55,5942
非ポリマー1,9255
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6418
ポリマ－55,5942
非ポリマー2,0476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area24550 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40410 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area58280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.650, 131.530, 72.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13B
23D
14B
24F
15C
25E
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPROAA9 - 3243 - 318
21PROPROPROPROCC9 - 3243 - 318
12PROPROPROPROAA9 - 3243 - 318
22PROPROPROPROEE9 - 3243 - 318
13GLYGLYARGARGBB1 - 1701 - 170
23GLYGLYARGARGDD1 - 1701 - 170
14GLYGLYARGARGBB1 - 1701 - 170
24GLYGLYARGARGFF1 - 1701 - 170
15PROPROGLUGLUCC9 - 3253 - 319
25PROPROGLUGLUEE9 - 3253 - 319
16GLYGLYPHEPHEDD1 - 1711 - 171
26GLYGLYPHEPHEFF1 - 1711 - 171

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 35553.035 Da / 分子数: 3 / 変異: G225M/L226T/S228A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20041.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7

-
糖 , 6種, 15分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 482分子

#9: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 38% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 79362 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7097 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.38 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000712データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FNK

4fnk


解像度: 2.35→110.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 15.287 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 3928 5 %RANDOM
Rwork0.19313 ---
obs0.19411 75414 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å2-0 Å20.07 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→110.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11526 0 403 481 12410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0211201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.97416599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.181325847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84251463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94224.757576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.631151977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0591570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7652.4355871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7652.4345869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3293.6487327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3293.6487328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3972.8246342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3972.8246342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2864.1849273
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.79523.98849417
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.7623.92449169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A366960.06
12C366960.06
21A362980.07
22E362980.07
31B176000.08
32D176000.08
41B175880.07
42F175880.07
51C364000.08
52E364000.08
61D180080.06
62F180080.06
LS精密化 シェル解像度: 2.353→2.414 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 286 -
Rwork0.287 5248 -
obs--92.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54410.05620.07053.24990.20650.1659-0.0413-0.33710.09630.3540.0268-0.23810.076-0.0580.01450.07130.0002-0.03330.3508-0.03270.0465-18.4959-37.615936.3851
23.1931-0.5864-0.87621.88691.01491.7569-0.03390.0243-0.7489-0.0526-0.17780.22030.2371-0.32040.21160.1237-0.1108-0.00480.23130.04560.205-31.2306-77.48318.2006
31.95350.69160.37152.58670.45140.6457-0.0049-0.2871-0.03470.0908-0.06360.04980.0456-0.2580.06850.0248-0.04120.01020.39110.01520.0184-26.2216-54.85829.0584
49.68340.06910.53380.1211-0.56912.8337-0.2137-0.44230.83040.1072-0.0772-0.0598-0.42280.30830.29090.24770.0144-0.16820.4026-0.18230.448-10.025-13.447339.7261
53.26422.06021.06273.60162.41422.4636-0.0587-0.33090.29910.57140.1369-0.17990.14980.0296-0.07810.26840.1381-0.14430.4581-0.23290.2631-21.2367-11.276846.5401
610.0288-1.9736-5.84931.69782.394212.14-0.2057-0.3945-0.05650.05210.04830.02130.0029-0.01980.15730.062-0.0325-0.04830.12910.05120.0461-25.638-51.419321.6983
70.46850.19870.17566.10384.17963.2547-0.1057-0.23350.26610.14680.0730.0017-0.02630.01150.03270.06670.058-0.07070.3065-0.14190.1716-24.3176-13.286936.8305
89.1571-1.8295-0.33759.3308-1.80295.5633-0.0348-0.6980.6610.63650.12840.0916-0.6498-0.1541-0.09360.35920.1022-0.07220.359-0.3540.3624-27.899114.111555.0205
90.3080.50520.25952.46141.76961.6662-0.0928-0.06640.0672-0.0294-0.1190.42870.0544-0.32190.21180.0436-0.0063-0.03690.45140.01030.2508-53.0616-47.07027.3164
101.7140.39130.33342.6391-0.70214.3731-0.0530.04640.0472-0.0404-0.3489-0.28490.35490.43610.40190.0439-0.0220.01680.34540.09760.1229-44.2355-67.7664-8.875
110.89560.57010.4543.07482.30472.2062-0.066-0.08260.08-0.0979-0.09880.4886-0.13-0.31970.16480.02080.02260.00090.38840.00880.2017-49.8093-33.721717.5091
121.4463-0.3089-0.73992.61161.69953.6042-0.0791-0.30330.32060.0227-0.00650.221-0.2913-0.20390.08560.09470.1523-0.01090.375-0.15630.2745-46.4758-2.316833.776
130.0935-1.6505-1.254231.794924.101618.2717-0.0356-0.01480.059-0.35670.4754-0.5444-0.25760.3584-0.43980.4676-0.0002-0.0580.4406-0.01440.4213-44.3979-26.155512.1171
140.4068-0.5933-0.14333.11050.9660.6273-0.1094-0.18790.05110.10830.16420.2773-0.0012-0.1111-0.05480.04330.01170.00220.365-0.02610.1486-37.7328-32.424522.0805
154.37681.27620.59134.2005-1.34124.3277-0.1407-0.4920.63140.34060.14150.0899-0.4392-0.3151-0.00080.24760.2008-0.04890.3118-0.31570.5252-40.779913.439939.9971
168.53375.41013.04366.89164.92888.2949-0.0554-0.09410.5792-0.06460.16150.26-0.37980.064-0.10610.41180.2433-0.04610.2107-0.19880.558-40.894920.3937.5505
170.8459-1.1626-0.72893.74452.56732.21240.05890.06920.2389-0.40640.0934-0.2017-0.272-0.0284-0.15240.0561-0.01330.00630.16870.08070.1319-19.6006-24.67631.7196
181.4237-0.12390.0361.29110.36411.1657-0.0420.0978-0.22280.0145-0.01040.00330.2762-0.06510.05240.087-0.07340.0210.2037-0.01310.0389-15.5633-65.5796-8.3447
195.04360.3012-1.0453.4756-0.96640.45420.03990.3265-0.0094-0.1891-0.00320.16350.0556-0.0744-0.03670.1844-0.08160.08460.2414-0.02070.2162-27.0865-69.5226-6.3581
202.98530.53370.83270.59220.42962.0875-0.1597-0.0521-0.08590.0025-0.03450.02320.28030.03180.19420.0843-0.04160.04410.16380.0020.0283-15.5987-64.6957-3.2696
211.1414-1.4638-0.74713.42522.18151.59070.01030.06890.2585-0.220.0816-0.1545-0.2234-0.0186-0.09190.05370.00080.01180.18770.0520.1216-21.209-25.84073.0442
221.6889-0.9196-0.16774.20830.27481.1964-0.0251-0.12190.6241-0.45760.2279-0.4999-0.34260.0863-0.20280.1574-0.02760.00890.1622-0.12450.4287-20.35842.849219.8036
230.20742.41251.003535.676314.45935.9862-0.1069-0.03240.13030.9998-0.18141.12910.22990.1410.28830.7597-0.0699-0.03760.6679-0.21130.7165-15.3801-30.901612.5458
240.82750.33270.14672.52430.82750.5382-0.01380.05390.18380.01360.06380.0562-0.0333-0.1592-0.050.02910.00280.00280.28710.02030.0812-29.9497-32.362610.7062
253.8462.22711.56736.53972.41485.567-0.112-0.26310.75160.2190.2038-0.1707-0.6065-0.0278-0.09190.20150.07920.02040.129-0.19040.4957-23.068512.731331.8943
263.80030.29441.3333.91370.93312.52520.3078-0.50980.5951-0.3460.2712-0.4799-0.75190.4137-0.5790.6399-0.20610.05680.2888-0.38910.8452-16.02520.205134.6913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2A76 - 243
3X-RAY DIFFRACTION3A244 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4A315 - 329
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 58
6X-RAY DIFFRACTION6B59 - 75
7X-RAY DIFFRACTION7B76 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8B154 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9C9 - 158
10X-RAY DIFFRACTION10C159 - 258
11X-RAY DIFFRACTION11C259 - 325
12X-RAY DIFFRACTION12D1 - 55
13X-RAY DIFFRACTION13D56 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14D62 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15D120 - 149
16X-RAY DIFFRACTION16D150 - 171
17X-RAY DIFFRACTION17E9 - 82
18X-RAY DIFFRACTION18E83 - 207
19X-RAY DIFFRACTION19E208 - 222
20X-RAY DIFFRACTION20E223 - 264
21X-RAY DIFFRACTION21E265 - 325
22X-RAY DIFFRACTION22F1 - 56
23X-RAY DIFFRACTION23F57 - 62
24X-RAY DIFFRACTION24F63 - 112
25X-RAY DIFFRACTION25F113 - 144
26X-RAY DIFFRACTION26F145 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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