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- PDB-5vsx: Structure of the Ubl domain of Sacsin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vsx
タイトルStructure of the Ubl domain of Sacsin
要素Sacsin
キーワードCHAPERONE / ubiquitin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inclusion body assembly / cell body fiber / low-density lipoprotein particle receptor binding / proteasome binding / Hsp70 protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / axon / dendrite / mitochondrion ...negative regulation of inclusion body assembly / cell body fiber / low-density lipoprotein particle receptor binding / proteasome binding / Hsp70 protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / axon / dendrite / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HEPN domain profile. / Higher Eukarytoes and Prokaryotes Nucleotide-binding domain / HEPN domain / HEPN domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ubiquitin family ...: / HEPN domain profile. / Higher Eukarytoes and Prokaryotes Nucleotide-binding domain / HEPN domain / HEPN domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Trempe, J.-F. / Pande, H. / Shenker, S. / Gehring, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
ARSACS Foundation カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structures of ubiquitin-like (Ubl) and Hsp90-like domains of sacsin provide insight into pathological mutations.
著者: Menade, M. / Kozlov, G. / Trempe, J.F. / Pande, H. / Shenker, S. / Wickremasinghe, S. / Li, X. / Hojjat, H. / Dicaire, M.J. / Brais, B. / McPherson, P.S. / Wong, M.J.H. / Young, J.C. / Gehring, K.
履歴
登録2017年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sacsin
B: Sacsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7372
ポリマ－19,7372
非ポリマー00
水1,06359
1
A: Sacsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8681
ポリマ－9,8681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sacsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8681
ポリマ－9,8681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.901, 62.606, 90.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Sacsin / DnaJ homolog subfamily C member 29 / DNAJC29


分子量: 9868.347 Da / 分子数: 2 / 断片: Ubl domain (UNP residues 2-85) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SACS, KIAA0730 / プラスミド: pGEX-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NZJ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 8.7, 0.2 M NaCl, 20% sucrose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 8861 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 20.7 / Num. measured all: 92223
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.148.10.2890.917182.1
2.14-2.189.10.2720.892197.3
2.18-2.2210.40.260.9011100
2.22-2.2610.30.2410.9391100
2.26-2.3110.80.1960.9941100
2.31-2.3710.50.1811.0531100
2.37-2.4210.60.1531.0791100
2.42-2.4910.90.1431.0841100
2.49-2.5610.50.1291.0681100
2.56-2.6510.80.1030.9981100
2.65-2.7410.70.0951.0811100
2.74-2.8510.70.0860.9691100
2.85-2.9810.70.0750.981100
2.98-3.1410.70.0691.0121100
3.14-3.3310.80.0611.0311100
3.33-3.5910.80.0550.9411100
3.59-3.9510.60.0490.9681100
3.95-4.5210.50.0440.941100
4.52-5.710.50.0450.881100
5.7-509.70.0421.009196.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VSZ, SeMet-L78M mutant

5vsz


解像度: 2.1→25.951 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 421 4.76 %
Rwork0.1866 --
obs0.1895 8842 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 94.97 Å2 / Biso mean: 41.168 Å2 / Biso min: 18.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→25.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1175 0 0 59 1234
Biso mean---45.22 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.271730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0997-2.40340.28921290.20092711284097
2.4034-3.02730.30911460.224227982944100
3.0273-25.95250.21711460.169729123058100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0249-0.5591-0.12395.15111.26724.40480.2620.4752-0.51410.4304-0.26730.1150.61120.0173-0.04150.22660.02120.01570.2177-0.0570.302729.18923.562231.7676
23.3458-0.6979-0.24336.00143.50864.81320.06880.27380.0955-0.29640.06270.0584-0.54740.0008-0.1130.25260.00080.03990.16880.03860.229723.60677.658410.7383
32.4649-1.27461.02117.48430.7595.1116-0.1070.01910.0654-0.5419-0.12450.04780.1129-0.29130.19590.2235-0.01250.02590.24730.02240.192827.019314.30734.9527
43.47731.3306-0.61886.04860.54835.29650.0251-0.0609-0.88620.0142-0.3351-0.89310.54010.97370.24080.25580.07020.010.31710.08480.377135.32185.080411.4163
57.72061.2325-1.99578.4504-1.02417.5998-0.05640.1301-1.12080.8168-0.0055-0.75540.85980.385-0.02790.36820.034-0.08090.2898-0.00390.291627.68825.772917.5007
65.5185-3.5108-2.59767.3358-0.25731.8327-0.6069-0.1545-0.6570.36230.68080.5815-0.1828-0.2971-0.10020.2309-0.02020.04730.1685-0.0110.23890.44034.4101-9.212
75.38250.0092-4.24321.1684-0.6393.89840.1169-0.55150.13530.05730.0225-0.0044-0.1690.5294-0.12980.2885-0.0162-0.0030.3178-0.02830.16844.325-3.028811.9183
89.3406-1.60871.18134.23730.36315.60380.2876-1.0432-0.13050.61290.0795-0.00330.35590.2433-0.32610.30030.0216-0.00490.29290.00840.127210.27521.455217.685
97.11180.3994-0.58662.1135-1.11174.2303-0.03940.13981.8070.43450.31250.6796-0.7555-0.7512-0.1380.38970.07950.10670.31270.01950.4404-0.01697.769110.9174
105.9944-1.66830.35684.18851.89765.4508-0.20111.22470.0729-0.14840.38420.7459-0.0261-0.3341-0.25210.31240.01340.03120.49040.15460.30682.7711.35554.8579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 16 )A6 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 32 )A17 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 49 )A33 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 66 )A50 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 67 through 79 )A67 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 5 through 16 )B5 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 17 through 32 )B17 - 32
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 33 through 49 )B33 - 49
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 50 through 66 )B50 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 67 through 79 )B67 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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