PDB-5vsm: Crystal structure of viperin with bound [4Fe-4S] cluster, 5'-deox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vsm

タイトル

Crystal structure of viperin with bound [4Fe-4S] cluster, 5'-deoxyadenosine, and L-methionine

要素

Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / radical / S-adenosylmethionine / iron-sulfur cluster / antiviral response

機能・相同性

機能・相同性情報

CD4-positive, alpha-beta T cell activation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類 / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of viral genome replication / regulation of ossification / negative regulation of protein secretion / lipid droplet ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Fenwick, M.K. / Li, Y. / Cresswell, P. / Modis, Y. / Ealick, S.E.

資金援助

米国,

英国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK067081	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM102869	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103403	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
Wellcome Trust	101908/Z/13/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of viperin, an antiviral radical SAM enzyme.
著者: Fenwick, M.K. / Li, Y. / Cresswell, P. / Modis, Y. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2017年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.6	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vsm.cif.gz	251.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vsm.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vsm_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vsm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5vsm_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	5vsm_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/5vsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/5vsm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vslC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vsl-2 5vsl-1 5d2j-2 5d2i-1 3ewb-d 2gg5-d 6lh7-2 1sv6-3 6ph9-d 6ksg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

ヘテロ分子

75.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.364, 73.264, 141.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Radical S-adenosyl methionine domain-containing protein 2 / Viperin / Virus inhibitory protein / endoplasmic reticulum-associated / interferon-inducible 分子量: 36810.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rsad2, Vig1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo(DE3) / 参照: UniProt: Q8CBB9
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#4: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM HEPES, pH 6.8 - 7.6, 10-30% PEG MME 2000, 5 mM 5'-deoxyadenosine, and 10 mM L-methionine PH範囲: 6.8 - 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 68453 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/av σ(I): 23.2 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6690 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: 000)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	(1.11.1_2575: 000)	位相決定
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: Viperin with bound [4Fe-4S] cluster and S-adenosylhomocysteine

解像度: 1.7→45.534 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1946	3332	4.88 %
R_work	0.1585	-	-
obs	0.1603	68339	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.534 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4142	0	70	570	4782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4498
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.86	6087
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.867	2716
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	646
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	787

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7224	0.3193	123	0.2727	2537	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7224-1.7481	0.2712	139	0.2544	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7481-1.7754	0.2704	119	0.2362	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7754-1.8046	0.2632	115	0.2239	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8046-1.8357	0.2505	135	0.203	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8357-1.8691	0.2314	149	0.1945	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8691-1.905	0.2586	129	0.1947	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.905-1.9439	0.2275	139	0.1887	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9439-1.9862	0.2401	133	0.1855	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9862-2.0324	0.212	148	0.1793	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0324-2.0832	0.1853	144	0.1704	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0832-2.1395	0.2191	151	0.1661	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1395-2.2025	0.1849	149	0.1591	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2025-2.2735	0.2111	152	0.1574	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2735-2.3548	0.2039	117	0.1579	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3548-2.4491	0.1902	129	0.1598	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4491-2.5605	0.1965	137	0.1692	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5605-2.6955	0.189	152	0.1618	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6955-2.8644	0.222	138	0.1581	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8644-3.0855	0.195	143	0.1566	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0855-3.3959	0.176	155	0.1427	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3959-3.8871	0.1847	147	0.133	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8871-4.8964	0.1639	143	0.123	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8964-45.5507	0.1723	146	0.1597	2843	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1652	-2.1753	2.7062	2.2358	-1.6306	4.8504	0.0596	-0.0163	0.0333	-0.1132	-0.3011	-0.4298	0.3814	0.8106	0.193	0.2712	0.0663	0.0588	0.3331	0.1082	0.296	21.6033	25.7992	34.7726
2	5.4028	-0.2425	1.682	1.3246	-0.0516	4.9537	-0.0755	-0.0837	-0.2048	0.0695	-0.1125	-0.1652	0.4467	0.3779	0.1775	0.293	0.0542	0.0207	0.1479	0.0392	0.2195	15.1185	21.4072	43.6811
3	5.1639	-4.6696	4.5044	6.6709	-6.3789	8.0845	0.0196	0.179	-0.1509	0.0008	0.1134	0.3174	-0.1001	-0.2148	-0.1172	0.1934	-0.0271	0.0005	0.1646	0.0149	0.2149	2.0551	33.0245	35.2812
4	3.617	0.4384	-0.7014	3.3774	-3.3684	7.748	-0.1996	0.2853	0.0185	-0.5091	0.3093	0.4171	0.729	-1.0864	-0.1024	0.3122	-0.09	-0.0341	0.2489	-0.0243	0.2873	-0.6605	26.3536	40.6661
5	1.5524	0.3568	0.5381	1.4127	-2.9948	7.4001	-0.1036	0.0875	0.2198	0.0739	0.1014	-0.0287	-0.3162	-0.4136	-0.0081	0.2415	0.0264	-0.0183	0.1458	0.0104	0.1958	3.2435	39.1925	37.0824
6	3.0777	3.8484	-1.8823	7.9714	-5.7047	9.2288	-0.0726	-0.2958	0.0374	0.4691	-0.0564	0.0824	-0.3737	-0.3825	0.1212	0.3082	0.0693	-0.0117	0.1655	-0.0075	0.1665	2.4817	40.2037	43.0559
7	3.1953	-2.3682	-0.4167	7.5117	1.1722	8.1682	0.1058	0.2525	0.1449	-0.5994	-0.227	-0.4888	0.0836	0.5252	0.1107	0.2444	0.001	0.0331	0.2435	0.0911	0.252	14.3081	39.692	21.6509
8	2.6176	-0.7674	-0.0503	4.8899	-1.0312	4.4568	-0.1247	-0.1439	0.3137	0.633	0.111	0.1334	-0.9662	-0.2034	-0.0099	0.4762	0.0787	-0.0237	0.1756	0.0087	0.2746	5.6456	49.052	39.2303
9	5.7311	-4.9787	-1.119	4.2732	1.2996	3.9587	-0.2689	-0.3251	0.4704	0.2239	0.0405	-1.018	-0.0659	0.7917	0.1664	0.2975	-0.0344	0.0044	0.4579	0.1113	0.4488	24.0054	36.1629	34.6833
10	9.3862	-3.9481	0.8065	2.6942	-2.9057	6.5679	-0.3079	0.6478	0.6233	-0.4789	-0.0752	-0.578	-0.4354	1.3777	0.3185	0.4283	-0.058	-0.0241	0.7982	0.1693	0.6896	33.4881	32.5879	34.7623
11	4.2216	1.7183	-0.7269	4.4691	-0.7183	1.3481	-0.2442	0.4616	-0.4471	-0.1157	0.1499	0.0786	0.7385	-0.5089	0.0769	0.403	-0.1387	0.0437	0.3343	-0.0703	0.2196	4.7146	34.5753	-5.3277
12	3.1955	0.5693	-0.9658	3.8277	-0.4027	2.6001	-0.2042	0.1086	-0.4058	-0.0167	0.1282	0.3739	0.8348	-0.5609	-0.0107	0.3943	-0.166	0.0598	0.3303	-0.0207	0.2959	-1.5626	31.9822	7.6825
13	2.8891	-1.2538	0.0228	4.8328	-1.7258	3.3681	-0.1104	-0.2142	-0.048	0.3313	0.1529	0.3506	0.2422	-0.4786	-0.0605	0.181	-0.0828	0.026	0.3168	-0.0105	0.19	-0.4671	41.4134	10.1372
14	2.2429	0.4225	-1.4266	2.6609	-2.0355	6.9902	-0.1012	0.4271	0.2434	-0.1752	0.1879	-0.0269	0.1937	-0.2928	-0.134	0.1296	0.0009	-0.0043	0.2823	0.0346	0.2363	12.0729	49.2487	-1.254
15	3.9321	-1.2081	-4.2083	4.2044	1.8585	6.4204	0.1642	0.4119	0.6555	-0.1684	0.0718	-0.0464	-0.52	-0.43	-0.188	0.1148	0.0298	-0.0126	0.308	0.0521	0.3409	5.2298	53.3097	3.71
16	4.0517	-0.5511	-4.0332	1.4558	0.1864	6.6645	-0.06	0.0385	0.0081	0.0674	-0.0027	-0.1828	0.0389	0.2465	0.0615	0.0891	0.007	-0.0197	0.2363	0.0363	0.1741	18.5434	48.1958	3.582
17	4.943	0.4652	3.1827	1.7254	-0.3022	8.7155	-0.0217	0.5311	-0.5899	-0.2656	0.0721	-0.0235	1.3411	-0.0872	-0.0919	0.4484	-0.017	0.0885	0.3489	-0.0893	0.2712	17.2461	36.3306	-13.6079
18	3.6351	-0.1787	-3.4078	3.4423	-0.5654	4.4316	-0.1009	-0.3515	0.0162	0.2129	0.0071	-0.4006	0.2814	1.112	0.0354	0.1687	0.0543	-0.0328	0.4919	0.0557	0.2741	27.6577	45.1059	3.2983
19	8.0176	6.9776	0.3832	8.8758	0.3227	3.4084	-0.0613	0.1813	-1.1557	-0.3284	-0.1312	-0.7105	1.0037	0.1412	0.133	0.6315	0.0172	0.1053	0.2537	-0.0182	0.3844	12.8528	27.4892	0.0319
20	5.6377	4.031	-0.0704	7.7675	-1.8418	0.666	-0.3388	0.821	-1.0091	-1.0322	0.1307	-0.8288	1.463	-0.2148	0.1924	1.1816	-0.1242	0.165	0.3754	-0.1282	0.6201	7.8571	18.144	1.4963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 74 through 116 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 173 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 192 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 193 through 215 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 216 through 234 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 235 through 250 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 251 through 273 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 274 through 294 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 295 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 312 through 335 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 76 through 102 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 103 through 146 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 147 through 173 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 174 through 192 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 193 through 215 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 216 through 250 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 251 through 273 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 274 through 294 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 295 through 311 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 312 through 333 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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