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万見
- PDB-5vr9: CH1/Ckappa Fab based on Matuzumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vr9
タイトルCH1/Ckappa Fab based on Matuzumab
要素
  • CH1/Ckappa Fab heavy chain
  • CH1/Ckappa Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / bispecific antibody / computational design / heavy chain/light chain interface / CH1/Ckappa interface
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IGH@ protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hendle, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Computational design of a specific heavy chain/ kappa light chain interface for expressing fully IgG bispecific antibodies.
著者: Froning, K.J. / Leaver-Fay, A. / Wu, X. / Phan, S. / Gao, L. / Huang, F. / Pustilnik, A. / Bacica, M. / Houlihan, K. / Chai, Q. / Fitchett, J.R. / Hendle, J. / Kuhlman, B. / Demarest, S.J.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CH1/Ckappa Fab heavy chain
B: CH1/Ckappa Fab light chain
H: CH1/Ckappa Fab heavy chain
L: CH1/Ckappa Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8534
ポリマ－94,8534
非ポリマー00
水6,575365
1
A: CH1/Ckappa Fab heavy chain
B: CH1/Ckappa Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4272
ポリマ－47,4272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
2
H: CH1/Ckappa Fab heavy chain
L: CH1/Ckappa Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4272
ポリマ－47,4272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.046, 152.046, 220.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-369-

HOH

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要素

#1: 抗体 CH1/Ckappa Fab heavy chain


分子量: 24190.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@ / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q6GMX6
#2: 抗体 CH1/Ckappa Fab light chain


分子量: 23235.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q7Z3Y4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: see publication for details

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月9日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 70553 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.26 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.551 / Num. unique obs: 10174 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3c08

3c08


解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.322 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2439 3533 5 %RANDOM
Rwork0.2098 ---
obs0.2116 66523 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.57 Å2 / Biso mean: 42.763 Å2 / Biso min: 4.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.06 Å2-0 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6462 0 0 370 6832
Biso mean---43.11 -
残基数----868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.026669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2211.9379107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3265875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77424.806258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43115988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8941516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215051
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 256 -
Rwork0.269 4848 -
all-5104 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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