PDB-5vq5: Crystal Structure of the Lectin Domain From the F17-like Adhesin, UclD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vq5

タイトル

Crystal Structure of the Lectin Domain From the F17-like Adhesin, UclD

要素

Adhesin

キーワード

CELL ADHESION / F17-like / UclD / Lectin / Adhesin

機能・相同性

機能・相同性情報

cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / RNA-directed DNA polymerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Klein, R.D. / Spaulding, C.N. / Dodson, K.W. / Pinkner, J.S. / Hultgren, S.J. / Fremont, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Selective depletion of uropathogenic E. coli from the gut by a FimH antagonist.
著者: Spaulding, C.N. / Klein, R.D. / Ruer, S. / Kau, A.L. / Schreiber, H.L. / Cusumano, Z.T. / Dodson, K.W. / Pinkner, J.S. / Fremont, D.H. / Janetka, J.W. / Remaut, H. / Gordon, J.I. / Hultgren, S.J.

履歴

登録	2017年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vq5.cif.gz	174.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vq5.ent.gz	138.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vq5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vq5_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vq5_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	5vq5_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	5vq5_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/5vq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/5vq5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nwpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lg6-d 5l74-d 4liw-d 2q5y-1 2zkz-3 6ao3-4 6mew-1 6fp9-1 5zrt-1 6bph-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adhesin

B: Adhesin

ヘテロ分子

44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adhesin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The presence of two different crystal packing forms suggest the protein is likely a monomer in solution.
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adhesin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.010, 58.600, 175.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adhesin / F17 fimbril adhesin subunit / Putative F17-like fimbril adhesin subunit 分子量: 21628.879 Da / 分子数: 2 / 変異: UNP residues 21-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: OK10_24545, WM48_23800 / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q8GA71
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M KH2PO4, 0.2 M KI

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→55.57 Å / Num. obs: 108142 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.68
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / CC_1/2: 0.659 / % possible all: 99.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→55.57 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2181	5117	5 %
R_work	0.1716	-	-
obs	0.1739	102253	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→55.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2804	0	6	479	3289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.582	3914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.762	1680
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	510

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3528	168	0.288	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6182-1.6372	0.3061	163	0.2731	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6372-1.6572	0.3383	173	0.2762	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.6782	0.3359	187	0.2517	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7003	0.3065	171	0.2455	3263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7003-1.7236	0.2906	160	0.2387	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7236-1.7482	0.3049	172	0.2356	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7482-1.7743	0.2962	167	0.2204	3292	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.802	0.2766	181	0.2024	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8316	0.2355	153	0.1951	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8316-1.8631	0.2263	158	0.1872	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.897	0.2777	181	0.1883	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.9335	0.2302	171	0.1696	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.973	0.2053	168	0.1617	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.0159	0.232	150	0.1662	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0159-2.0628	0.218	201	0.1658	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0628-2.1144	0.2156	163	0.162	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1144-2.1715	0.2299	195	0.1501	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.2354	0.1923	167	0.1353	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3076	0.1959	174	0.1426	3272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3076-2.3901	0.1796	140	0.1447	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3901-2.4858	0.2061	169	0.1496	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5989	0.2031	191	0.148	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5989-2.7359	0.2125	166	0.1482	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7359-2.9073	0.204	152	0.1649	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9073-3.1318	0.1786	179	0.1603	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1318-3.4469	0.2242	165	0.1579	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4469-3.9456	0.1624	161	0.1503	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9456-4.9705	0.1669	199	0.1505	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9705-55.6031	0.241	172	0.2016	3207	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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