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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vod | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of HCMV Pentamer in complex with neutralizing antibody 9I6 | |||||||||
要素 |
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キーワード | Viral Protein/Immune System / HCMV / neutralizing epitope / immunogen / viral entry / Pentamer / vaccine / IMMUNE SYSTEM / Viral Protein-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / complement activation, classical pathway / antigen binding / HCMV Early Events / antibacterial humoral response / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / host cell endosome membrane / HCMV Late Events / complement activation, classical pathway / antigen binding / HCMV Early Events / antibacterial humoral response / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / blood microparticle / symbiont entry into host cell / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Malito, E. / Chandramouli, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2017 タイトル: Structural basis for potent antibody-mediated neutralization of human cytomegalovirus. 著者: Chandramouli, S. / Malito, E. / Nguyen, T. / Luisi, K. / Donnarumma, D. / Xing, Y. / Norais, N. / Yu, D. / Carfi, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vod.cif.gz | 368.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vod.ent.gz | 289.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vod_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vod_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vod_validation.xml.gz | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vod_validation.cif.gz | 59 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vod | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 82415.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) 株: Merlin / 遺伝子: gH, UL75 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6SW67 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30846.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain 5508) (ヘルペスウイルス) 株: 5508 / 遺伝子: gL, UL115 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q68674 |
#3: タンパク質 | 分子量: 19777.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 遺伝子: UL128 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16837 |
#4: タンパク質 | 分子量: 28664.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス) 株: Merlin / 遺伝子: UL130 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5HCP3 |
#5: タンパク質 | 分子量: 15011.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain Merlin) (ヘルペスウイルス) 株: Merlin / 遺伝子: UL131A / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F5HET4 |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#6: 抗体 | 分子量: 30610.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291 |
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#7: 抗体 | 分子量: 26621.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0 |
-糖 , 3種, 6分子
#8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10% (wt/vol) PEG methyl ether 500 0.1 M MES pH 6.2 0.00001 M phenol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.9→45.71 Å / Num. obs: 11302 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 332.37 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 5.9→6.1 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3153 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VOB 解像度: 5.9→45.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.691 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.608 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 1.921
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原子変位パラメータ | Biso mean: 75.52 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 5.9→45.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 5.9→6.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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