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- PDB-5vl3: CD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vl3
タイトルCD22 d1-d3 in complex with therapeutic Fab Epratuzumab
要素
  • (Epratuzumab Fab ...) x 2
  • B-cell receptor CD22
キーワードIMMUNE SYSTEM / therapeutic antibody / Siglec / B cell / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell proliferation / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / IgM binding / sialic acid binding / CD22 mediated BCR regulation / negative regulation of calcium-mediated signaling / CD4 receptor binding / neuronal cell body membrane / regulation of endocytosis ...regulation of B cell proliferation / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / IgM binding / sialic acid binding / CD22 mediated BCR regulation / negative regulation of calcium-mediated signaling / CD4 receptor binding / neuronal cell body membrane / regulation of endocytosis / B cell activation / regulation of immune response / immunoglobulin complex / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / recycling endosome / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / adaptive immune response / early endosome / cell adhesion / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / B-cell receptor CD22-like, first Ig-like / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...: / B-cell receptor CD22-like, first Ig-like / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell receptor CD22 / Ig-like domain-containing protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sicard, T. / Ereno-Orbea, J. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-148811 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)BPF-144483 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)Canada Graduate Scholarship Masters Award カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of human CD22 function and therapeutic targeting.
著者: June Ereño-Orbea / Taylor Sicard / Hong Cui / Mohammad T Mazhab-Jafari / Samir Benlekbir / Alba Guarné / John L Rubinstein / Jean-Philippe Julien /
要旨: CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause ...CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause autoimmune diseases and blood cancers. Here we report the crystal structure of human CD22 at 2.1 Å resolution, which reveals that specificity for α2-6 sialic acid ligands is dictated by a pre-formed β-hairpin as a unique mode of recognition across sialic acid-binding immunoglobulin-type lectins. The CD22 ectodomain adopts an extended conformation that facilitates concomitant CD22 nanocluster formation on B cells and binding to trans ligands to avert autoimmunity in mammals. We structurally delineate the CD22 site targeted by the therapeutic antibody epratuzumab at 3.1 Å resolution and determine a critical role for CD22 N-linked glycosylation in antibody engagement. Our studies provide molecular insights into mechanisms governing B-cell inhibition and valuable clues for the design of immune modulators in B-cell dysfunction.The B-cell-specific co-receptor CD22 is a therapeutic target for depleting dysregulated B cells. Here the authors structurally characterize the ectodomain of CD22 and present its crystal structure with the bound therapeutic antibody epratuzumab, which gives insights into the mechanism of inhibition of B-cell activation.
履歴
登録2017年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: B-cell receptor CD22
R: B-cell receptor CD22
S: B-cell receptor CD22
T: B-cell receptor CD22
A: Epratuzumab Fab Heavy Chain
C: Epratuzumab Fab Heavy Chain
E: Epratuzumab Fab Heavy Chain
H: Epratuzumab Fab Heavy Chain
B: Epratuzumab Fab Light Chain
D: Epratuzumab Fab Light Chain
F: Epratuzumab Fab Light Chain
L: Epratuzumab Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,47321
ポリマ－340,68812
非ポリマー4,7849
水00
1
Q: B-cell receptor CD22
H: Epratuzumab Fab Heavy Chain
L: Epratuzumab Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5075
ポリマ－85,1723
非ポリマー1,3352
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area35190 Å2
手法PISA
2
R: B-cell receptor CD22
A: Epratuzumab Fab Heavy Chain
B: Epratuzumab Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3455
ポリマ－85,1723
非ポリマー1,1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area34560 Å2
手法PISA
3
S: B-cell receptor CD22
C: Epratuzumab Fab Heavy Chain
D: Epratuzumab Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2756
ポリマ－85,1723
非ポリマー1,1033
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area35020 Å2
手法PISA
4
T: B-cell receptor CD22
E: Epratuzumab Fab Heavy Chain
F: Epratuzumab Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3455
ポリマ－85,1723
非ポリマー1,1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area34640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.110, 90.220, 136.632
Angle α, β, γ (deg.)70.83, 80.81, 80.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
抗体 , 2種, 8分子 ACEHBDFL

#2: 抗体
Epratuzumab Fab Heavy Chain


分子量: 24028.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6B291
#3: 抗体
Epratuzumab Fab Light Chain


分子量: 24340.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 5分子 QRST

#1: タンパク質
B-cell receptor CD22 / B-lymphocyte cell adhesion molecule / BL-CAM / Sialic acid-binding Ig-like lectin 2 / Siglec-2 / T- ...B-lymphocyte cell adhesion molecule / BL-CAM / Sialic acid-binding Ig-like lectin 2 / Siglec-2 / T-cell surface antigen Leu-14


分子量: 36802.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD22, SIGLEC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20273
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
糖 , 4種, 8分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0 and 150 mM NaCl, 5mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→39.345 Å / Num. obs: 65863 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 65.68 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.39 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XPREP2015/1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→39.345 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2953 2000 3.04 %
Rwork0.2801 --
obs0.2806 65847 94.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22594 0 318 0 22912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00423512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85332007
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.83414083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0493634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054019
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17750.33851460.35784671X-RAY DIFFRACTION97
3.1775-3.26340.36621470.35034692X-RAY DIFFRACTION97
3.2634-3.35930.29831460.3344660X-RAY DIFFRACTION96
3.3593-3.46770.34141460.32314644X-RAY DIFFRACTION96
3.4677-3.59160.33031440.31844631X-RAY DIFFRACTION96
3.5916-3.73530.29991440.31364586X-RAY DIFFRACTION95
3.7353-3.90510.3581440.30374612X-RAY DIFFRACTION95
3.9051-4.11080.32531420.28844512X-RAY DIFFRACTION93
4.1108-4.3680.32681400.26354498X-RAY DIFFRACTION93
4.368-4.70480.25181400.25264440X-RAY DIFFRACTION92
4.7048-5.17730.27341400.2444480X-RAY DIFFRACTION92
5.1773-5.92430.25521400.25384478X-RAY DIFFRACTION93
5.9243-7.45570.30571430.27614526X-RAY DIFFRACTION93
7.4557-39.34830.22871380.23794417X-RAY DIFFRACTION91

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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