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- PDB-5vkf: RHCC in complex with Naphthalene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vkf
タイトルRHCC in complex with Naphthalene
要素Tetrabrachion
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nanotube / Polycyclic aromatic hydrocarbons / passive sample device / surface layer
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetrabrachion / Tetrabrachion / Tetrabrachion, parallel right-handed coiled coil domain / Tetrabrachion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NAPHTHALENE / Tetrabrachion
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylothermus marinus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.752 Å
データ登録者McDougall, M. / Stetefeld, J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada- Discovery GrantsRGPIN-342077-2012 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada- Strategic Partnership GrantsSTGP-479210-2015 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Proteinaceous Nano container Encapsulate Polycyclic Aromatic Hydrocarbons.
著者: McDougall, M. / Francisco, O. / Harder-Viddal, C. / Roshko, R. / Heide, F. / Sidhu, S. / Khajehpour, M. / Leslie, J. / Palace, V. / Tomy, G.T. / Stetefeld, J.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrabrachion
B: Tetrabrachion
C: Tetrabrachion
D: Tetrabrachion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1399
ポリマ－23,5954
非ポリマー5455
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.359, 110.359, 70.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Tetrabrachion


分子量: 5898.720 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1238-1287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Staphylothermus marinus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54436
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NPY / NAPHTHALENE / ナフタレン


分子量: 128.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.69 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→19.12 Å / Num. obs: 13074 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1821 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.421 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FE6

1fe6


解像度: 2.752→19.115 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 1348 10.34 %
Rwork0.1989 --
obs0.2032 13041 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.752→19.115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1648 0 35 126 1809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3552379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0931080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7521-2.85020.30991350.26521087X-RAY DIFFRACTION93
2.8502-2.96390.3251170.25151155X-RAY DIFFRACTION100
2.9639-3.09820.27391280.24371177X-RAY DIFFRACTION100
3.0982-3.26080.29881350.22511165X-RAY DIFFRACTION100
3.2608-3.4640.24561380.20561163X-RAY DIFFRACTION100
3.464-3.72960.2271340.17391194X-RAY DIFFRACTION100
3.7296-4.10160.21851540.17251151X-RAY DIFFRACTION100
4.1016-4.68740.17791300.15351184X-RAY DIFFRACTION99
4.6874-5.87710.20411350.18651187X-RAY DIFFRACTION100
5.8771-19.11520.25771420.21441230X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41790.4098-0.33312.8691-1.15620.5426-0.18010.0698-0.0502-0.55970.1851-0.41010.08690.1211-0.05630.2348-0.0099-0.02150.30570.00630.255252.41621.73467.8532
23.01163.84830.62396.59020.24410.7942-0.18260.07810.1481-0.84630.29520.88160.0014-0.175-0.19330.27620.0055-0.04930.34030.04280.191841.956924.29147.5772
30.53750.354-0.45227.7396-0.51781.27640.0585-0.20860.08970.7282-0.0770.70510.0447-0.0441-0.02330.21220.0552-0.03110.2878-0.00740.252141.825424.608818.2528
41.40452.21110.08827.6146-0.72471.38710.0811-0.0338-0.04070.57910.0201-0.1985-0.03910.2375-0.08420.20820.0537-0.04290.26850.01960.229551.878221.161518.4427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 52)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 52)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 52)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 52)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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