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- PDB-5vjq: Complex between HyHEL10 Fab fragment heavy chain mutant (I29F, S5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vjq
タイトルComplex between HyHEL10 Fab fragment heavy chain mutant (I29F, S52T, Y53F) and Pekin duck egg lysozyme isoform I (DEL-I)
要素
  • HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
  • HyHEL10 light chain Fab fragment
  • Lysozyme
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / lysozyme / hydrolase / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Lysozyme - #10 / Lysozyme / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Anas platyrhynchos (アヒル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
Model detailsPekin duck lysozyme isoform I (DEL-I)
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Germinal center antibody mutation trajectories are determined by rapid self/foreign discrimination.
著者: Burnett, D.L. / Langley, D.B. / Schofield, P. / Hermes, J.R. / Chan, T.D. / Jackson, J. / Bourne, K. / Reed, J.H. / Patterson, K. / Porebski, B.T. / Brink, R. / Christ, D. / Goodnow, C.C.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
B: HyHEL10 light chain Fab fragment
I: Lysozyme
C: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
D: HyHEL10 light chain Fab fragment
J: Lysozyme
E: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
F: HyHEL10 light chain Fab fragment
K: Lysozyme
G: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
H: HyHEL10 light chain Fab fragment
L: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,88522
ポリマ－244,19112
非ポリマー69410
水17,907994
1
A: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
B: HyHEL10 light chain Fab fragment
I: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0834
ポリマ－61,0483
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
D: HyHEL10 light chain Fab fragment
J: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4528
ポリマ－61,0483
非ポリマー4045
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
F: HyHEL10 light chain Fab fragment
K: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1755
ポリマ－61,0483
非ポリマー1282
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F
H: HyHEL10 light chain Fab fragment
L: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1755
ポリマ－61,0483
非ポリマー1282
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.650, 132.660, 199.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 IJKL

#3: タンパク質
Lysozyme


分子量: 14428.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Anas platyrhynchos (アヒル) / 組織: egg white / 参照: UniProt: U3J0P1

-
抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: 抗体
HyHEL10 heavy chain Fab fragment carrying three mutations; I29F, S52T, Y53F


分子量: 23169.688 Da / 分子数: 4 / 断片: DEL-I / 変異: I29F, S52T, Y53F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: IgG heavy chain / Cell (発現宿主): HEK / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: exo-alpha-sialidase
#2: 抗体
HyHEL10 light chain Fab fragment


分子量: 23449.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HEK / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 1004分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 994 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 % / 解説: rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.75 / 詳細: 100 mM sodium citrate (pH 4.75), 17 % (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.78 Å / Num. obs: 180881 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.938.10.7830.6420.2860.83894.6
10.41-49.788.60.0450.9980.0170.04896.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.79 Å49.32 Å
Translation6.79 Å49.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V8G, 3D9A

5v8g

3d9a


解像度: 1.9→49.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.315 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.1585 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.148
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 9009 5 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1946 171765 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74 Å2 / Biso mean: 28.408 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→49.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16683 0 40 994 17717
Biso mean--41.39 30.2 -
残基数----2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0217363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.93123708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.979334887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81252212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41323.908714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.03152631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6561591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02119479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023628
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 644 -
Rwork0.249 12115 -
all-12759 -
obs--94.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06960.59010.62650.40770.37330.5217-0.0392-0.1620.1487-0.0464-0.06370.075-0.0377-0.09780.1030.0657-0.0087-0.01310.0942-0.0480.1016-46.9843-15.7312-28.9367
20.95860.00640.49410.12740.05520.3271-0.0040.02970.0566-0.0823-0.00360.0161-0.03910.00180.00760.0794-0.02460.00210.1038-0.02330.0652-42.5942-28.5121-40.8373
32.6157-0.1589-0.45241.55410.08021.8551-0.1247-0.2411-0.07970.28510.0784-0.42760.16510.27810.04630.0810.0191-0.08430.1187-0.02030.1782-7.0646-17.5457-14.4934
40.83310.5018-0.56490.6605-0.44560.6325-0.0546-0.0754-0.1175-0.0775-0.0328-0.10810.07070.07740.08740.1108-0.01330.01550.0732-0.00310.05151.25713.6614-29.3779
50.9173-0.0013-0.44110.3345-0.0920.3610.00660.05260.0083-0.1290.0024-0.03680.0314-0.012-0.00910.1349-0.0231-0.0010.08590.00410.0157-4.409327.0265-40.1337
61.6897-0.3101-0.08571.41440.12591.4645-0.1307-0.025-0.06010.14680.06230.2586-0.1288-0.14860.06840.07910.00610.04250.06270.00540.0769-37.139613.7706-11.6501
70.3749-0.0774-0.20450.8088-0.2610.6190.0161-0.03310.03410.0346-0.0642-0.11310.06550.18070.04810.04320.04320.00450.16290.01760.0276-27.661928.64618.7957
80.49510.3201-0.28941.4163-0.17880.9116-0.02750.11980.0207-0.1621-0.0120.01370.0945-0.06720.03950.06780.05290.00050.15750.00560.0052-41.533229.8486.6293
91.81891.28230.022.55620.07960.06440.1365-0.1258-0.25790.1175-0.1174-0.12150.1388-0.0057-0.01910.406-0.01050.00250.17560.02520.0805-45.6546-6.681833.5372
100.6909-0.3352-0.0791.49470.35690.56260.06240.2309-0.02570.0246-0.07580.18830.0391-0.13590.01330.02840.0033-0.03160.26570.00810.0927-18.1417-26.707218.3834
110.40670.10390.34241.03210.31790.64040.07550.2670.01-0.1469-0.0283-0.04550.02020.1277-0.04720.04270.07530.00810.27390.01850.0541-3.3956-27.33017.2552
122.14370.39430.17832.2633-0.01981.54280.0484-0.27750.37890.3531-0.1074-0.2768-0.18390.09780.0590.0886-0.0188-0.07330.10880.00080.2426-3.65929.373835.3429
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3I1 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6J1 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7E1 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8F1 - 212
9X-RAY DIFFRACTION9K1 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10G1 - 212
11X-RAY DIFFRACTION11H1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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