PDB-5viu: Crystal Structure of Acetylornithine Aminotransferase from Elizab...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5viu

タイトル

Crystal Structure of Acetylornithine Aminotransferase from Elizabethkingia anophelis

要素

Acetylornithine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Acetylornithine aminotransferase / Elizabethkingia anophelis / argD / L-arginine biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia anophelis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Acetylornithine Aminotransferase from Elizabethkingia anophelis
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5viu.cif.gz	332.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5viu.ent.gz	267.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5viu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5viu_validation.pdf.gz	477 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5viu_full_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示
XML形式データ	5viu_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	5viu_validation.cif.gz	56.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5viu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5viu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oatS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jex-d 6us5-1 3tqx-d 6oia-1 6ueu-2 4ez9-2 4f4k-1 3qn3-3 5i92-2 1z6t-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ElanA.01026.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylornithine aminotransferase

B: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, appears as a monomer by gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.600, 77.470, 104.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 129.460, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Acetylornithine aminotransferase / ACOAT 分子量: 46099.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis (バクテリア) 遺伝子: argD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077E919, acetylornithine transaminase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: ElanA.01026.a.B1.PW37983 at 19.6 mg/ml, incubated with 3 mM ornithine and alpha-ketoglutaric acid and mixed 1:1 with an equal volume JCSG+(a3): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM ammonium citrate ...詳細: ElanA.01026.a.B1.PW37983 at 19.6 mg/ml, incubated with 3 mM ornithine and alpha-ketoglutaric acid and mixed 1:1 with an equal volume JCSG+(a3): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM ammonium citrate dibasic, cryoprotected with 20% ethylene glycol

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ElanA.01026.a.B1.PW37983 at 19.6 mg/ml, incubated with 3 mM ornithine and alpha-ketoglutaric acid and mixed 1:1 with an equal volume JCSG+(a3): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM ammonium citrate ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→42.354 Å / Num. obs: 101355 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.792 % / B_iso Wilson estimate: 20.69 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 20.68 / Num. measured all: 384308 / Scaling rejects: 6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	3.761	0.514	2.52	7472	0.862	0.601	99.5
1.69-1.74	3.768	0.401	3.23	7263	0.905	0.468	99.8
1.74-1.79	3.779	0.313	4.17	7101	0.942	0.366	99.6
1.79-1.84	3.781	0.233	5.55	6884	0.965	0.273	99.6
1.84-1.91	3.791	0.185	6.97	6670	0.976	0.216	99.6
1.91-1.97	3.798	0.146	8.88	6422	0.984	0.171	99.5
1.97-2.05	3.793	0.108	11.71	6254	0.991	0.126	99.7
2.05-2.13	3.8	0.083	15.08	6015	0.994	0.097	99.6
2.13-2.22	3.806	0.065	18.76	5732	0.996	0.075	99.5
2.22-2.33	3.806	0.054	22.12	5513	0.997	0.063	99.5
2.33-2.46	3.81	0.047	25.29	5234	0.998	0.055	99.4
2.46-2.61	3.813	0.04	29.12	4972	0.998	0.047	99.6
2.61-2.79	3.813	0.035	33.3	4662	0.998	0.04	99.3
2.79-3.01	3.815	0.028	38.77	4332	0.999	0.033	99.4
3.01-3.3	3.825	0.024	44.47	3998	0.999	0.028	99.4
3.3-3.69	3.821	0.022	50.87	3627	0.999	0.025	99.2
3.69-4.26	3.811	0.019	55.87	3201	0.999	0.022	99.2
4.26-5.22	3.795	0.018	57.98	2728	0.999	0.021	98.8
5.22-7.38	3.752	0.019	56.8	2099	0.999	0.022	98.8
7.38-42.354	3.51	0.018	59.5	1176	0.999	0.022	96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OAT

2oat

解像度: 1.65→42.354 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1801	1923	1.9 %
R_work	0.1553	-	-
obs	0.1558	101344	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.67 Å² / B_iso mean: 30.2083 Å² / B_iso min: 11.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→42.354 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5911	0	67	723	6701
B_iso mean	-	-	45.96	40.74	-
残基数	-	-	-	-	784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	8531
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	990
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1108
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.21	3844

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6499-1.6912	0.2682	138	0.2365	7053	7191	100
1.6912-1.7369	0.2815	137	0.2163	7070	7207	100
1.7369-1.788	0.2297	153	0.1971	7051	7204	100
1.788-1.8458	0.2119	134	0.18	7098	7232	100
1.8458-1.9117	0.1877	148	0.1739	7075	7223	100
1.9117-1.9883	0.1926	119	0.1743	7056	7175	100
1.9883-2.0788	0.1807	137	0.1568	7115	7252	100
2.0788-2.1883	0.1824	129	0.1519	7126	7255	100
2.1883-2.3254	0.1934	120	0.1495	7113	7233	100
2.3254-2.505	0.1791	124	0.1543	7083	7207	100
2.505-2.757	0.1637	116	0.1597	7138	7254	100
2.757-3.1559	0.186	151	0.1529	7109	7260	100
3.1559-3.9756	0.1612	160	0.1362	7109	7269	100
3.9756-42.3678	0.1655	157	0.1452	7225	7382	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4083	-1.8033	-1.4007	1.3028	0.5605	2.3112	-0.2286	-0.0858	-0.4977	-0.0254	0.0346	0.2662	0.4243	0.0305	0.1479	0.3112	-0.0119	0.0915	0.1478	0.0214	0.2772	2.4034	-27.4022	27.1726
2	1.5839	0.1006	-0.8903	0.3772	0.0047	1.3208	-0.0171	0.1992	-0.0294	-0.1303	0.0084	-0.0119	-0.0331	-0.1563	0.0072	0.1772	-0.0023	-0.0201	0.1493	-0.0042	0.1374	3.1302	-4.6665	15.1339
3	1.5724	0.1404	0.3432	1.2161	0.8283	3.7269	0.0445	-0.1344	-0.1136	-0.0752	0.1677	-0.5289	0.2697	0.624	-0.1144	0.1911	0.0168	0.0504	0.2821	-0.0613	0.3571	27.1507	2.7359	28.0365
4	1.1226	-0.6722	-0.0099	1.6069	-0.5389	0.5967	0.0003	-0.2389	-0.6903	-0.0252	0.041	-0.1263	0.7811	0.2861	-0.0942	0.3986	0.0819	-0.0999	0.4191	-0.0177	0.4627	25.4851	-5.8606	35.8252
5	3.7847	0.2862	0.1737	1.8827	0.3559	2.8692	0.0171	-0.3578	-0.005	0.1622	0.1077	-0.3077	-0.0495	0.2719	-0.0877	0.1257	0.002	-0.0336	0.178	-0.0342	0.1882	18.9597	9.2614	37.1172
6	1.4668	0.3137	-0.0747	1.3553	0.6399	2.1033	0.0365	0.05	0.0445	-0.1475	0.0843	-0.1498	-0.1264	0.1027	-0.0978	0.1569	-0.0176	0.0111	0.0895	0.0104	0.141	10.7987	3.7242	19.5391
7	2.767	1.1991	-2.6091	4.5027	-2.6989	3.0015	0.2763	-0.0657	0.2416	0.408	0.1087	0.4571	-0.4482	-0.1872	-0.449	0.1678	0.0068	0.0261	0.1315	-0.0219	0.2074	-8.7909	3.6443	37.4908
8	1.1824	-0.0417	-0.3328	3.6364	-1.5348	3.7396	-0.0089	-0.1103	-0.0701	0.2759	-0.0272	0.0079	0.0235	0.1421	0.0228	0.1215	0.006	0.0071	0.1342	-0.0062	0.1182	-5.6204	-8.6009	39.6933
9	1.0785	-0.0211	-0.7592	0.5834	0.4006	2.6217	0.077	0.1558	0.0988	-0.1792	-0.0019	-0.039	-0.2616	-0.1205	-0.0586	0.1872	0.0301	0.0001	0.1606	0.0154	0.1299	14.6983	-5.116	-0.3532
10	1.8812	-0.6866	-0.6499	0.9344	0.1577	0.983	-0.1771	-0.2137	0.0021	0.0759	0.1272	-0.1644	0.14	0.1649	0.0488	0.2441	-0.0023	0.0078	0.1536	-0.0125	0.1985	22.9389	-24.9004	19.0064
11	1.2153	0.5609	-0.3837	2.5634	-0.7294	1.958	-0.0104	0.0629	-0.1825	-0.412	-0.2073	-0.6569	0.2246	0.2086	0.168	0.2609	0.0488	0.1053	0.1793	0.0236	0.3081	30.9783	-14.689	-7.4682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 28 )	A	4 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 108 )	A	29 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 109 through 144 )	A	109 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 145 through 178 )	A	145 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 233 )	A	179 - 233
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 234 through 313 )	A	234 - 313
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 314 through 335 )	A	314 - 335
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 336 through 411 )	A	336 - 411
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 4 through 72 )	B	4 - 72
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 73 through 313 )	B	73 - 313
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 314 through 411 )	B	314 - 411

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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