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Yorodumi- PDB-5viu: Crystal Structure of Acetylornithine Aminotransferase from Elizab... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5viu | ||||||
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Title | Crystal Structure of Acetylornithine Aminotransferase from Elizabethkingia anophelis | ||||||
Components | Acetylornithine aminotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Acetylornithine aminotransferase / Elizabethkingia anophelis / argD / L-arginine biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Elizabethkingia anophelis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Acetylornithine Aminotransferase from Elizabethkingia anophelis Authors: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5viu.cif.gz | 332.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5viu.ent.gz | 267.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5viu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5viu_validation.pdf.gz | 477 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5viu_full_validation.pdf.gz | 484.3 KB | Display | |
Data in XML | 5viu_validation.xml.gz | 37.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5viu_validation.cif.gz | 56.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5viu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5viu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2oatS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46099.469 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Elizabethkingia anophelis (bacteria) / Gene: argD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A077E919, acetylornithine transaminase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: ElanA.01026.a.B1.PW37983 at 19.6 mg/ml, incubated with 3 mM ornithine and alpha-ketoglutaric acid and mixed 1:1 with an equal volume JCSG+(a3): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM ammonium citrate ...Details: ElanA.01026.a.B1.PW37983 at 19.6 mg/ml, incubated with 3 mM ornithine and alpha-ketoglutaric acid and mixed 1:1 with an equal volume JCSG+(a3): 20% (w/v) PEG-3350, 200 mM ammonium citrate dibasic, cryoprotected with 20% ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 22, 2017 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→42.354 Å / Num. obs: 101355 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.792 % / Biso Wilson estimate: 20.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 20.68 / Num. measured all: 384308 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OAT Resolution: 1.65→42.354 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.99
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.67 Å2 / Biso mean: 30.2083 Å2 / Biso min: 11.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→42.354 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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