PDB-5vin: Crystal Structure of the R515Q missense variant of human PGM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vin

タイトル

Crystal Structure of the R515Q missense variant of human PGM1

要素

Phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase-1 / PGM1 / phosphoryl transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / gluconeogenesis / glycolytic process / glucose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.60004291837 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: A Hotspot for Disease-Associated Variants of Human PGM1 Is Associated with Impaired Ligand Binding and Loop Dynamics.
著者: Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2017年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vin.cif.gz	506.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vin.ent.gz	348.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vin.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vin	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vbiC 5vecC 5vg7C 6uiqC 5epcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vkl-1 1lxt-1 6uiq-1 5vec-2 5jn5-1 6uo6-1 1lxt-2 2r0p-d 3pmg-1 5ehp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Dynamic Light Scattering predicts a monomer.
65.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.960, 173.960, 99.483
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 64162.664 Da / 分子数: 2 / 変異: R515Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.01 M Cobalt (II) chloride hexahydrate, O.1 M MES monohydrate pH 6.5, Ammonium Sulfate 1.8-2.1M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→61.51 Å / Num. obs: 47453 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.495264229 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.185 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 1.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4566 / CC_1/2: 0.796 / R_pim(I) all: 0.518 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PHENIX	1.11.1_2575	位相決定
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EPC

5epc

解像度: 2.60004291837→61.5041478276 Å / SU ML: 0.453748262717 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34691743164 / 位相誤差: 34.5518017215

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295418439253	2385	5.08952006999 %
R_work	0.238582434806	-	-
obs	0.241435170817	46861	98.850356495 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.2698705059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.60004291837→61.5041478276 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8044	0	103	91	8238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00981668964204	8340
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.38353144341	11362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0820161923074	1274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105387175394	1505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.20634396884	6454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6531	0.404917103323	137	0.330873601235	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.7427416391
2.6531-2.7108	0.380455094099	170	0.320510367578	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.7455470738
2.7108-2.7739	0.368798406856	152	0.306613789462	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.7435897436
2.7739-2.8432	0.432816719633	114	0.305934492101	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.4207096307
2.8432-2.9201	0.35574495011	134	0.302228294496	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.8185117967
2.9201-3.006	0.404864294138	142	0.289337004875	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.8549673677
3.006-3.1031	0.3318749902	146	0.270392238527	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.8183139535
3.1031-3.214	0.329420272037	124	0.26634574065	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.7103548154
3.214-3.3426	0.331190413324	150	0.281842076488	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.7834716709
3.3426-3.4947	0.257780195151	133	0.243593935255	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4947-3.679	0.392740062097	130	0.307617669309	2430	X-RAY DIFFRACTION	91.6249105225
3.679-3.9094	0.294692088162	153	0.232618993689	2384	X-RAY DIFFRACTION	91.7872648336
3.9094-4.2112	0.219091312293	120	0.202530835278	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.679144385
4.2112-4.6349	0.232966491204	142	0.177267051945	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.857448325
4.6349-5.3052	0.27258306536	150	0.185961861565	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3052-6.6827	0.284509283112	133	0.237821806099	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6827-61.5213	0.237403900787	155	0.209273452516	2856	X-RAY DIFFRACTION	99.8342175066

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.143307716913	-0.00278899760946	-0.0814467812192	0.264681546107	-0.101745027725	0.087040673616	0.102948057603	-0.353039050124	-0.0379641603899	0.185884365392	-0.0417914519375	0.079628952944	-0.0692758792561	0.578449078367	0.0299938219815	0.165071773999	-0.0314458076184	-0.00336260126975	0.522813353156	-0.0450571143076	0.245733225445	71.149611884	35.13997859	-20.9499367958
2	0.0396877615168	-0.0188531542208	-0.0465628411684	0.0243950125862	0.076636482446	0.181532619262	-0.18650584745	0.177668151272	0.116620423992	0.00877156878636	0.0153991976672	0.01737399115	0.116192856001	0.328664539129	-0.289247387028	0.144789618687	0.271435774558	0.0319135108218	-0.25533583255	0.0138829635488	0.330534599734	47.0463697199	25.219277367	-24.2413622954
3	0.118334633592	0.00864347531653	-0.0121336945776	0.0861874425603	0.061276678225	0.0486837837295	-0.112947259194	-0.27763320218	-0.0401305396081	0.312270023161	0.0251330571353	0.121162323455	0.242820094878	0.101226425438	0.000801134950645	0.469805886622	0.0913792586153	0.00343892124755	0.264092711187	0.0028828149492	0.327584393001	42.4857402345	20.9904534109	2.29668815091
4	0.0352774964248	0.0257019140761	-0.0144629022224	0.033242544686	-0.0201853845413	0.0178175837833	0.105222161605	-0.053323139057	0.0453639911132	0.167292326477	0.0368435431728	0.130276306881	0.156871245728	-0.160026309675	-0.000820830413626	1.22536217373	-0.401942696986	-0.127912014454	1.09360151288	0.183390701789	0.488990506095	20.5849997156	55.5953547363	-31.8418990381
5	0.38388645227	-0.140443424889	-0.247778508152	0.218732849582	0.0508199239049	0.208782242655	0.325663192898	-0.032510776558	-0.0119410895288	0.25932270277	-0.102032494717	-0.214890910077	0.121201805695	-0.34202181967	0.117736599733	0.667121937489	-0.100561705872	-0.0675833132184	0.33485343369	0.0356847303183	0.246029489724	26.1378717592	60.0707662406	-41.200318731
6	0.01172421181	-0.0334656485134	0.0228324218965	0.145130997777	-0.128136803991	0.367322213065	0.322186877634	0.0435709663248	-0.0720514182616	0.112585569793	0.203218756191	-0.0814075910648	0.0540989546625	0.122082429204	0.231664453914	0.565124941221	0.19721213189	-0.132242939581	0.222578672306	-0.128329722979	0.543884990125	50.5800844964	65.6272109988	-43.986674037
7	0.0597302425165	-0.0490443828165	-0.0498394220611	0.166797321595	0.0105207224234	0.156457934407	0.111941100349	-0.124113498928	0.145646709413	0.427199684601	0.0600997232092	0.054878099037	-0.125598918395	0.0399029908387	0.245776262299	0.938992669254	0.0218770180727	0.0337302064457	0.254051951062	-0.0151072685511	0.340613816724	44.3919211379	81.2884191476	-27.4742158451
8	0.0386171270776	-0.0382755697816	0.0446443326851	0.0452913029963	-0.0477356159787	0.0550363827991	0.067258922284	-0.0413466382202	-0.0948872776061	0.0301734779223	0.224967086229	0.0984762646473	-0.04930212229	0.114696241489	0.00276830295376	1.05892053772	-0.0571752645051	-0.0886160352673	0.385410685225	-0.0299669245435	0.410304930413	52.0131546783	75.76831646	-14.833118761

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 170 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 171 through 434 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 435 through 562 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 56 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 57 through 202 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 203 through 293 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 294 through 494 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 495 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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