[日本語] English
万見
- PDB-5vi0: Pseudomonas fluorescens alkylpurine DNA glycosylase AlkC bound to... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vi0
タイトルPseudomonas fluorescens alkylpurine DNA glycosylase AlkC bound to DNA containing an abasic site analog
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
  • alkylpurine DNA glycosylase AlkC
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA alkylation repair enzyme / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Armadillo-type fold / polyethylene glycol / DNA / DNA (> 10) / DNA alkylation repair protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Shi, R. / Eichman, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1517695 米国
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: Selective base excision repair of DNA damage by the non-base-flipping DNA glycosylase AlkC.
著者: Shi, R. / Mullins, E.A. / Shen, X.X. / Lay, K.T. / Yuen, P.K. / David, S.S. / Rokas, A. / Eichman, B.F.
履歴
登録2017年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
B: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3038
ポリマ－96,6176
非ポリマー6862
水9,530529
1
A: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
E: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9724
ポリマ－48,3093
非ポリマー6631
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
2
B: alkylpurine DNA glycosylase AlkC
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3324
ポリマ－48,3093
非ポリマー231
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.636, 94.935, 134.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 alkylpurine DNA glycosylase AlkC


分子量: 41735.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: PFLU_2162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3K795

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CFDE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3191.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3382.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 531分子

#4: 化合物 ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O15
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 18% PEG4000, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月25日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→50 Å / Num. obs: 41029 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 25.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.29 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.499.70.42940320.9540.140.4520.96999.8
2.49-2.599.70.35340360.970.1150.3720.98499.7
2.59-2.79.70.28440580.9780.0930.2991.00699.8
2.7-2.859.80.21340490.9870.070.2251.05599.9
2.85-3.029.90.17540690.9920.0580.1851.069100
3.02-3.269.90.12340950.9950.040.131.134100
3.26-3.58100.140850.9970.0330.1051.21299.8
3.58-4.1100.08841320.9960.0290.0921.2799.7
4.1-5.179.90.06541560.9950.0210.0681.57699.6
5.17-509.40.05343170.9990.0180.0562.58898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.396→40.424 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1973 4.87 %
Rwork0.1679 --
obs0.1707 40519 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.45 Å2 / Biso mean: 25.8878 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.396→40.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5685 870 46 529 7130
Biso mean--38.25 28.43 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086840
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9679425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491045
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8853941
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3963-2.45620.33251330.21942602273595
2.4562-2.52260.31881370.20952682281997
2.5226-2.59680.27941320.20092687281998
2.5968-2.68060.25151390.19362695283498
2.6806-2.77640.2921390.19152710284998
2.7764-2.88750.26371400.18782744288499
2.8875-3.01890.23861410.19452716285799
3.0189-3.1780.2551420.18992777291999
3.178-3.3770.24081420.180227652907100
3.377-3.63760.22591430.160827842927100
3.6376-4.00340.19971430.149327942937100
4.0034-4.5820.15531450.127128072952100
4.582-5.77010.18861450.13932837298299
5.7701-40.42980.18711520.15682946309899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57860.39280.04241.0738-0.07740.44510.1040.01780.194-0.2829-0.08880.34850.1158-0.13410.12070.1652-0.0491-0.04170.1045-0.01730.106256.088256.152342.3707
20.01880.02840.05110.1534-0.0270.11310.0673-0.01920.13-0.1555-0.0363-0.30490.08760.2027-0.00260.2396-0.01670.04970.1813-0.03090.212367.737161.390439.1535
30.1740.2873-0.0090.49290.080.2217-0.0476-0.0166-0.1564-0.04830.0871-0.57860.15850.10390.04650.14970.01210.03340.156-0.01870.308274.975170.082144.2297
40.3139-0.2541-0.35420.46120.65780.98480.23560.0244-0.033-0.1381-0.0213-0.6815-0.25660.1070.21020.1552-0.01990.01710.13810.00630.383278.504284.258446.5725
50.22180.1664-0.21790.20590.03440.6886-0.03-0.1999-0.05720.2358-0.238-0.20160.1271-0.0464-0.54190.1926-0.0711-0.08570.20630.00520.205775.282299.444366.6718
60.17780.0191-0.16130.5209-0.10030.32670.1673-0.19020.0720.1439-0.26860.09990.03210.0831-0.04680.1443-0.0522-0.03930.1875-0.01020.149871.6361104.835167.9765
70.20540.1121-0.04780.12050.10280.2030.1447-0.139-0.03440.3323-0.1025-0.09750.3532-0.13980.15640.3106-0.1627-0.1380.2473-0.01630.122772.00693.924573.3056
80.4984-0.2859-0.1210.92060.02430.146-0.0694-0.00920.00640.21780.01430.283-0.06640.0059-0.08740.18280.0080.03260.15860.01490.124115.808375.990121.4642
90.27820.3073-0.11470.6580.13150.2524-0.0464-0.0583-0.0522-0.04190.0724-0.16870.00980.06050.02660.0830.007-0.00790.13960.02090.116744.837954.650515.4997
100.0936-0.0232-0.02460.0898-0.08480.11750.12740.00340.1229-0.1125-0.07250.17420.11050.08140.00070.22760.0313-0.05270.27560.05320.333430.618668.722914.0317
110.1205-0.04270.06970.092-0.10870.10960.02730.217-0.01050.02-0.1892-0.2230.0964-0.0057-0.02980.1596-0.03180.01070.1742-0.01510.205930.013569.804414.7683
120.01-0.02170.01710.36770.5410.91930.1262-0.0660.19320.3743-0.25230.07610.2684-0.1051-0.00360.1204-0.0318-0.00910.15910.00670.261160.069481.278761.1681
130.4235-0.18750.12390.0932-0.05670.03630.24950.21850.01840.0531-0.3498-0.12840.07410.1638-0.02590.23240.0002-0.00370.17490.01430.150861.845983.798658.8169
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 82 )A5 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 117 )A83 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 118 through 168 )A118 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 169 through 233 )A169 - 233
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 234 through 273 )A234 - 273
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 274 through 331 )A274 - 331
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 332 through 365 )A332 - 365
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 7 through 256 )B7 - 256
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 257 through 365 )B257 - 365
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 11 )C1 - 11
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 1 through 11 )E1 - 11
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 1 through 11 )F1 - 11

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る