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Yorodumi- PDB-5vi0: Pseudomonas fluorescens alkylpurine DNA glycosylase AlkC bound to... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vi0 | ||||||
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Title | Pseudomonas fluorescens alkylpurine DNA glycosylase AlkC bound to DNA containing an abasic site analog | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / DNA alkylation repair enzyme / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Armadillo-type fold / polyethylene glycol / DNA / DNA (> 10) / DNA alkylation repair protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.396 Å | ||||||
Authors | Shi, R. / Eichman, B.F. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: EMBO J. / Year: 2018 Title: Selective base excision repair of DNA damage by the non-base-flipping DNA glycosylase AlkC. Authors: Shi, R. / Mullins, E.A. / Shen, X.X. / Lay, K.T. / Yuen, P.K. / David, S.S. / Rokas, A. / Eichman, B.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vi0.cif.gz | 346.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vi0.ent.gz | 291.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vi0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5vi0_validation.pdf.gz | 725.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5vi0_full_validation.pdf.gz | 731.9 KB | Display | |
Data in XML | 5vi0_validation.xml.gz | 33.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5vi0_validation.cif.gz | 49.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vi0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 41735.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (bacteria) / Gene: PFLU_2162 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C3K795 |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules CFDE
#2: DNA chain | Mass: 3191.073 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | Mass: 3382.236 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 531 molecules
#4: Chemical | ChemComp-P4K / |
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#5: Chemical | ChemComp-NA / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 18% PEG4000, 5% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 294 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 25, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.396→50 Å / Num. obs: 41029 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 25.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.29 / Net I/σ(I): 7.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.396→40.424 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 22.97
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.45 Å2 / Biso mean: 25.8878 Å2 / Biso min: 6.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.396→40.424 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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