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万見
- PDB-5vh7: Structure and dynamics of RNA repeat expansions that cause Huntin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vh7
タイトルStructure and dynamics of RNA repeat expansions that cause Huntington's Disease and myotonic dystrophy type 1
要素RNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3')
キーワードRNA / CAG repeat / triplet repeat / Huntington's Disease / repeat expansion / AA pair
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, J.L. / VanEtten, D.M. / Fountain, M.A. / Yildirim, I. / Disney, M.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)DP1NS096898 米国
Muscular Dystrophy Association380467 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structure and Dynamics of RNA Repeat Expansions That Cause Huntington's Disease and Myotonic Dystrophy Type 1.
著者: Chen, J.L. / VanEtten, D.M. / Fountain, M.A. / Yildirim, I. / Disney, M.D.
履歴
登録2017年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6602
ポリマ－9,6602
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 4829.970 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
232isotropic22D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM NA Adenosine, Cytidine,Guanosine, Uridine RNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3'), 5.0 mM potassium phosphate, 0.25 mM EDTA, 100% D2O0.5 mM ribonucleic acid, 5 mM KH2PO4/K2HPO4, 0.25 mM EDTASample 100% D2O100% D2O
solution20.5 mM NA Adenosine, Cytidine,Guanosine, Uridine RNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3'), 5.0 mM potassium phosphate, 0.25 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O0.5 mM ribonucleic acid, 5 mM KH2PO4/K2HPO4, 0.25 mM EDTASample 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMRNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3')NA Adenosine, Cytidine,Guanosine, Uridine1
5.0 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.25 mMEDTAnatural abundance1
0.5 mMRNA (5'-R(*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*G)-3')NA Adenosine, Cytidine,Guanosine, Uridine2
5.0 mMpotassium phosphatenatural abundance2
0.25 mMEDTAnatural abundance2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.5 mM ribonucleic acid, 5 mM KH2PO4/K2HPO4, 0.25 mM EDTA0.0112 MCondition 100% D2O61 atm298 K
20.5 mM ribonucleic acid, 5 mM KH2PO4/K2HPO4, 0.25 mM EDTA0.0112 MCondition 95% H2O/5% D2O61 atm278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance III HD UltraShieldBrukerAvance III HD UltraShield7001
Bruker Avance III HD AscendBrukerAvance III HD Ascend8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
Amber16Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Sparky3Goddardchemical shift assignment
Sparky3Goddardpeak picking
Amber16Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanデータ解析
NMRPipe8.9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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