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- PDB-1r3o: Crystal structure of the first RNA duplex in L-conformation at 1.... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1r3o | ||||||
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Title | Crystal structure of the first RNA duplex in L-conformation at 1.9A resolution | ||||||
![]() | (L-RNA) x 2 | ||||||
![]() | RNA / L-RNA | ||||||
Function / homology | RNA![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vallazza, M. / Perbandt, M. / Klussmann, S. / Rypniewski, W. / Erdmann, V.A. / Betzel, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: First look at RNA in L-configuration. Authors: Vallazza, M. / Perbandt, M. / Klussmann, S. / Rypniewski, W. / Einspahr, H.M. / Erdmann, V.A. / Betzel, C.h. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 27.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 25.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 404.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 408.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 5.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 2597.601 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #2: RNA chain | Mass: 2517.553 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | pH: 7 / Details: pH 7.0, temperature 100K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 6 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→20.54 Å / Num. obs: 8385 / Observed criterion σ(F): 0 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 20 Å / Num. obs: 8949 / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 98.9 % / Num. unique obs: 511 / Rmerge(I) obs: 0.47 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.841 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→20.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.9 Å / Lowest resolution: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.286 / Rfactor Rwork: 0.238 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS |