PDB-1r3o: Crystal structure of the first RNA duplex in L-conformation at 1....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1r3o

タイトル

Crystal structure of the first RNA duplex in L-conformation at 1.9A resolution

要素

(L-RNA) x 2

キーワード

RNA / L-RNA

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Vallazza, M. / Perbandt, M. / Klussmann, S. / Rypniewski, W. / Erdmann, V.A. / Betzel, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: First look at RNA in L-configuration.
著者: Vallazza, M. / Perbandt, M. / Klussmann, S. / Rypniewski, W. / Einspahr, H.M. / Erdmann, V.A. / Betzel, C.h.

履歴

登録	2003年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1r3o.cif.gz	27.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1r3o.ent.gz	25.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1r3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/1r3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5vh7-d 1a67-d 2klj-d 6c8n-d 5vh8-d 6ymj-6 1hk0-d 2fo7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-RNA

B: L-RNA

C: L-RNA

D: L-RNA

10.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.109, 46.109, 263.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-8- HOH
2	1	A-12- HOH
3	1	A-64- HOH
4	1	C-92- HOH
5	1	C-102- HOH

#1: RNA鎖	L-RNA 分子量: 2597.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖	L-RNA 分子量: 2517.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %

結晶化

pH: 7 / 詳細: pH 7.0, temperature 100K

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細 (eV)
1	10 %(v/v)	MPD	1	drop
2	80 mM		1	drop	KCl
3	20 mM		1	drop	BaCl2
4	12 mM	spermine tetrahydrochloride	1	drop
5	40 mM	sodium cacodylate	1	drop		pH6.0
6	0.25 mM	RNA	1	drop
7	30 %(v/v)	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20.54 Å / Num. obs: 8385 / Observed criterion σ(F): 0 / R_merge(I) obs: 0.065
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 8949 / % possible obs: 98.7 % / R_merge(I) obs*: 0.064
反射シェル	PLUS % possible obs: 98.9 % / Num. unique obs: 511 / R_merge(I) obs*: 0.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→20.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.399 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28563	388	4.6 %	RANDOM
R_work	0.23855	-	-	-
obs	0.24082	7996	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.841 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.78 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	676	0	129	805

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.766	3	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.343	3	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	5.108	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.098	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.055	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.053	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.12	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.22	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.746	3	752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.33	4.5	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.413	33
R_work	0.292	511

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.286 / R_factor R_work: 0.238

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)