PDB-5vgc: Crystal structure of the NleG5-1 effector (C200A) from Escherichi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vgc

タイトル

Crystal structure of the NleG5-1 effector (C200A) from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai

要素

NleG5-1 effector

キーワード

PROTEIN BINDING / ubiquitination / effectors / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in symbiotic interaction / ubiquitin-protein transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage YYZ-2008 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Borek, D. / Valleau, D. / Skarina, T. / Jobin, M.C. / Wawrzak, Z. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the NleG5-1 effector (C200A) from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
著者: Valleau, D. / Little, D. / Borek, D. / Skarina, T. / Quaile, A.T. / Di Leo, R. / Houliston, S. / Lemak, A. / Arrowsmith, C. / Combes, B. / Savchenko, A.

履歴

登録	2017年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vgc.cif.gz	190.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vgc.ent.gz	153.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vgc_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vgc_full_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示
XML形式データ	5vgc_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	5vgc_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/5vgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kkyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zvm-d 6h9o-d 4mj3-d 3gt0-2 3v6b-1 6qf6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NleG5-1 effector

B: NleG5-1 effector

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: NleG5-1 effector

B: NleG5-1 effector

ヘテロ分子

A: NleG5-1 effector

B: NleG5-1 effector

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
97.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.376, 151.376, 87.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-464- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 213 / Label seq-ID: 4 - 214

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	NleG5-1 effector 分子量: 24140.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage YYZ-2008 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: B6DZC0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 20% P3350, 0.2 M CaCl2, 2% Hexanediol, 20 mM Tris pH 9.0, 0.2 M NaCl, 0.3 M KCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Rayonix MX-300
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50.01 Å / Num. obs: 19632 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.021 / R_sym value: 0.046 / Χ²: 0.875 / Net I/σ(I): 36.38
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 962 / CC_1/2: 0.494 / R_pim(I) all: 0.638 / Χ²: 0.887 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2KKY

2kky

解像度: 2.6→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.859 / SU B: 24.938 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.88 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29704	1739	10 %	RANDOM
R_work	0.24474	-	-	-
obs	0.25015	15593	92.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.011 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3276	0	26	68	3370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.344	1.979	4555
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3	7292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.711	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.248	24.848	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.745	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.436	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	15.88	3.042	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	15.883	3.043	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	23.896	4.499	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	23.89	4.499	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.19	2.974	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.148	2.975	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	18.386	4.378	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	29.174	36.315	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	29.171	36.336	3841
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11632 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	52	-
R_work	0.295	445	-
obs	-	-	36.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7843	-1.8722	-3.994	4.6194	9.8252	21.1877	0.4188	0.2445	0.0824	-0.5888	-0.6759	-0.052	-1.158	-1.9219	0.2571	1.4594	-0.4334	0.6914	1.0457	-0.6116	1.222	-60.2039	52.943	30.6661
2	9.685	8.4514	-5.5687	26.7566	-24.8559	37.1215	-0.0482	-0.954	0.0734	0.8803	0.2166	0.4601	-0.1796	-0.8264	-0.1684	0.233	0.0341	0.0597	0.3812	-0.2238	0.3446	-53.8782	50.1412	29.4848
3	1.2239	-1.6435	0.8301	9.9911	-3.7837	1.5102	0.1626	0.3587	-0.4502	1.3023	0.1075	0.4409	-0.358	-0.1267	-0.2701	0.6422	-0.1321	0.0207	1.0941	-0.1703	0.5266	-63.0564	38.692	33.1876
4	10.7984	10.8771	4.2358	64.6738	7.6805	1.8897	0.3623	-0.5554	-0.76	2.1591	-0.0519	-0.2646	0.259	-0.2124	-0.3104	0.3967	-0.0341	0.1415	0.4089	-0.0154	0.3875	-68.3364	41.1168	27.7604
5	6.6951	-0.4157	3.4506	111.4203	10.1694	9.0921	-0.2273	-0.0198	0.7144	-4.0322	-0.0572	1.7585	-1.351	-0.7765	0.2845	0.3744	0.0898	0.1342	0.477	0.0203	0.4635	-66.9761	45.9118	23.4282
6	2.5934	0.1877	-3.1635	7.8512	6.2892	9.3102	-0.5297	-0.0172	0.1591	-0.192	-0.2861	1.3764	0.5679	-0.2539	0.8158	0.3156	-0.2472	-0.1994	0.4277	-0.0133	0.8029	-62.2958	35.2234	20.9917
7	28.4321	23.2586	-9.266	19.6646	-8.7814	5.2882	0.4187	-0.209	0.2479	0.152	-0.745	-0.0138	0.2936	1.1363	0.3263	0.8646	0.0593	-0.0287	0.7357	-0.0556	0.8366	-67.7805	54.9164	14.3486
8	13.7129	-8.7089	4.8412	14.7301	-3.6161	22.6091	-0.0827	0.3644	0.9906	-0.6512	0.1271	1.0899	-1.2166	-1.3373	-0.0444	0.2055	-0.0374	-0.0587	0.2938	0.0124	0.4585	-58.6115	48.2977	19.0554
9	15.9112	3.8112	1.638	11.1838	-0.2497	2.4823	0.2531	-0.5791	0.0227	0.5955	-0.4259	0.2133	0.1044	-0.6416	0.1728	0.0751	-0.0652	0.0212	0.1912	-0.0596	0.0803	-53.7874	37.9793	21.7095
10	1.5232	-2.7089	0.0709	21.3648	9.1896	5.2705	-0.1336	-0.198	-0.3558	0.3254	0.2255	0.5169	0.1236	-0.0954	-0.0919	0.3511	-0.1038	0.0844	0.1188	-0.0544	0.2302	-54.6217	30.5473	12.341
11	6.4401	2.0243	4.9119	4.2625	4.9111	6.9569	0.1433	0.0912	-0.3997	0.199	-0.5529	0.5143	0.149	-0.4552	0.4096	0.2315	-0.0844	-0.0883	0.1144	-0.0875	0.2934	-52.7598	19.3472	3.425
12	15.6797	10.9291	10.4018	12.2984	14.4322	18.9028	-0.6593	0.5879	0.287	-0.8587	0.3934	-0.1159	-0.9093	0.6951	0.2659	0.1425	-0.0507	0.1116	0.2258	0.1799	0.35	-53.4231	15.6244	-13.0266
13	10.739	2.9871	5.1058	2.9802	0.8997	9.9767	-0.4506	0.7505	-0.5788	-0.8926	0.3774	-0.203	0.392	0.6953	0.0732	0.3269	-0.0476	0.0288	0.1345	-0.0913	0.1325	-65.4335	3.4487	-22.9077
14	7.6368	1.5533	-0.0924	37.3854	16.6709	7.5179	0.3438	0.3435	-0.7996	0.0572	-0.7198	0.6804	-0.0128	-0.3509	0.3761	0.2251	-0.0539	-0.0508	0.193	-0.0361	0.1985	-72.2633	-2.3569	-14.0968
15	1.327	-2.3228	3.0052	7.3408	-1.7646	10.5409	-0.0591	0.1989	0.1381	-0.0472	-0.2529	-0.2393	-0.2759	0.5529	0.312	0.0271	-0.0172	-0.0078	0.0338	0.0212	0.0145	-64.3472	3.5213	-10.471
16	3.8621	2.2291	-1.0427	12.9749	2.6465	9.3769	-0.0403	-0.1491	-0.0068	-0.5569	-0.2647	-0.2713	-0.1125	-0.1843	0.3051	0.0705	-0.0402	-0.0121	0.0657	0.0239	0.0378	-64.9666	10.3908	-11.0778
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20	19.2183	10.148	-0.02	21.9174	-5.6916	20.893	-0.2939	0.2408	-1.6774	-1.0935	-0.2222	-1.3016	1.47	0.3695	0.5162	0.4018	0.0917	-0.0811	0.027	-0.041	0.2492	-61.5933	-9.4914	-12.9893
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25	27.0992	29.1906	6.7638	31.4901	7.3325	1.7387	0.5765	-0.8844	0.8666	0.7642	-0.7198	0.8437	0.341	-0.012	0.1434	1.2378	0.4847	0.1336	1.7092	-0.0446	1.0061	-23.3547	6.9131	-9.0244
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27	15.7707	26.9935	-9.7914	49.2486	-17.4237	6.2437	-0.4525	0.0727	-0.7999	-1.074	-0.1764	-1.3318	0.3155	0.0634	0.6288	0.8646	-0.0818	-0.0924	0.8612	0.0285	1.1545	-16.8128	13.0908	-1.413
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36	5.5532	-2.9992	1.4585	7.2633	5.7471	7.963	-0.3441	-0.075	-0.8466	0.8357	0.3817	0.5426	0.6431	0.3421	-0.0375	1.0702	-0.1745	-0.0244	0.9222	0.3413	1.1229	-38.7223	13.654	37.4814
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38	5.8212	-10.6441	18.3194	102.8111	-36.3056	60.0971	0.1233	0.8811	-0.797	-2.7666	1.3231	4.2052	1.9701	0.9541	-1.4464	1.6176	-0.9059	0.8441	1.7087	-0.5399	1.4032	-49.3157	10.4282	30.0566
39	15.6005	6.3295	-4.6607	11.9959	2.8483	3.7772	0.0128	-2.3882	-1.168	1.4118	-0.5344	-0.1752	0.7375	0.9406	0.5216	1.1509	0.1719	-0.1028	0.8482	0.1998	0.7424	-48.7958	14.9175	45.4134
40	21.6196	-2.0972	-1.3022	21.1651	-0.066	11.0154	-0.8643	-0.4205	0.2407	0.1793	0.239	-0.3651	0.2352	-0.4762	0.6252	1.4543	0.1918	0.2045	0.9834	0.1725	0.9172	-50.507	6.3657	49.6039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	23 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	31 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	41 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	50 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	61 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	70 - 81
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	82 - 92
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	93 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	101 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	111 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	123 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	134 - 142
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	143 - 163
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	164 - 175
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	176 - 184
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	185 - 192
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	193 - 201
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	202 - 213
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	3 - 10
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	11 - 19
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	20 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	28 - 36
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	37 - 45
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	46 - 60
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	61 - 69
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	70 - 78
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	79 - 106
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	107 - 115
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	116 - 123
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	124 - 138
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	139 - 146
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	173 - 182
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	183 - 190
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	191 - 203
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	204 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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