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- PDB-5vfx: Structure of an accessory protein of the pCW3 relaxosome in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vfx
タイトルStructure of an accessory protein of the pCW3 relaxosome in complex with the origin of transfer (oriT) DNA
要素
  • (oriT) x 2
  • TcpK
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / conjugation / winged helix-turn-helix / oriT / clostridium perfringens / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Cch, helix turn helix domain / Cch helix turn helix domain / DNA / DNA (> 10) / Cch helix turn helix domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Traore, D.A.K. / Wisniewski, J.A. / Flanigan, S.F. / Conroy, P.J. / Panjikar, S. / Mok, Y.-F. / Lao, C. / Griffin, M.D.W. / Adams, V. / Rood, J.I. / Whisstock, J.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of TcpK in complex with oriT DNA of the antibiotic resistance plasmid pCW3.
著者: Traore, D.A.K. / Wisniewski, J.A. / Flanigan, S.F. / Conroy, P.J. / Panjikar, S. / Mok, Y.F. / Lao, C. / Griffin, M.D.W. / Adams, V. / Rood, J.I. / Whisstock, J.C.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TcpK
B: TcpK
C: TcpK
D: TcpK
E: TcpK
F: TcpK
G: TcpK
H: TcpK
I: oriT
J: oriT
K: oriT
L: oriT
M: oriT
N: oriT
O: oriT
P: oriT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,51316
ポリマ－160,51316
非ポリマー00
水48627
1
A: TcpK
B: TcpK
C: TcpK
D: TcpK
I: oriT
J: oriT
K: oriT
L: oriT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2578
ポリマ－80,2578
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14570 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
2
E: TcpK
F: TcpK
G: TcpK
H: TcpK
M: oriT
N: oriT
O: oriT
P: oriT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2578
ポリマ－80,2578
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13770 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area32500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.503, 109.894, 122.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
TcpK


分子量: 13005.041 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: ERS852446_03033, pBeta2_00022, pCpb2-CP1_20, pCW3_0028, pNetB-NE10_20, pNetB_00021, pTet_021
プラスミド: pGL12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q1PLI2
#2: DNA鎖
oriT


分子量: 7112.636 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
#3: DNA鎖
oriT


分子量: 7005.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M imidazole, 50% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→47.2 Å / Num. obs: 44405 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 81.15 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 166112 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.81-2.913.62.11585244310.2171.2642.4580.793.6
10.5-47.23.70.03431448480.9980.020.042594.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VFY

5vfy


解像度: 2.81→43.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.97 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.867 / SU Rfree Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.313
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2236 5.04 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 44345 98.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.84 Å2 / Biso mean: 67.63 Å2 / Biso min: 23.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3356 Å20 Å219.3939 Å2
2--5.9744 Å20 Å2
3----2.6387 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→43.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6472 3752 0 27 10251
Biso mean---41.98 -
残基数----983
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3229SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1125HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10794HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11024SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10794HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15379HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.94
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 184 5.7 %
Rwork0.245 3046 -
all0.247 3230 -
obs--96.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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