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万見
- PDB-5vf6: Crystal structure of single chain variable fragment (scFv45). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vf6
タイトルCrystal structure of single chain variable fragment (scFv45).
要素single chain variable fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / single chain variable fragment / scFv / conformation-sensor antibodies / intrabodies
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.635 Å
データ登録者Shrestha, O.K. / Tocilj, A. / Joshua-Tor, L. / Tonks, N.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM55989 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Harnessing insulin- and leptin-induced oxidation of PTP1B for therapeutic development.
著者: Krishnan, N. / Bonham, C.A. / Rus, I.A. / Shrestha, O.K. / Gauss, C.M. / Haque, A. / Tocilj, A. / Joshua-Tor, L. / Tonks, N.K.
履歴
登録2017年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: single chain variable fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5601
ポリマ－25,5601
非ポリマー00
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.232, 97.232, 61.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-573-

HOH

21A-620-

HOH

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要素

#1: 抗体 single chain variable fragment / scFv45


分子量: 25559.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M CAPS pH 10.0, 0.1M Ammonium Chloride, 40% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.635→42.103 Å / Num. obs: 37409 / % possible obs: 89.93 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.33
反射 シェル解像度: 1.64→1.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / % possible all: 83.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P49

4p49


解像度: 1.635→42.103 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 1803 4.82 %
Rwork0.1723 --
obs0.1735 37403 89.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.635→42.103 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 0 353 1993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.812273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.947968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6351-1.67930.26441130.2322530X-RAY DIFFRACTION83
1.6793-1.72880.25391220.22272573X-RAY DIFFRACTION85
1.7288-1.78460.23341500.20452617X-RAY DIFFRACTION88
1.7846-1.84830.22111450.18382711X-RAY DIFFRACTION90
1.8483-1.92240.21871230.18372779X-RAY DIFFRACTION92
1.9224-2.00980.19851780.1742813X-RAY DIFFRACTION94
2.0098-2.11580.1743840.16261477X-RAY DIFFRACTION49
2.1158-2.24840.20351560.15932940X-RAY DIFFRACTION98
2.2484-2.42190.19821340.17183024X-RAY DIFFRACTION99
2.4219-2.66560.18991360.17443043X-RAY DIFFRACTION99
2.6656-3.05130.21231450.16813050X-RAY DIFFRACTION100
3.0513-3.84380.1681510.16132881X-RAY DIFFRACTION93
3.8438-42.11660.17991660.16143162X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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