PDB-5vec: Crystal Structure of the R515L missense variant of human PGM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vec

タイトル

Crystal Structure of the R515L missense variant of human PGM1

要素

Phosphoglucomutase-1

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase-1 / PGM1 / phosphoryl transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective PGM1 causes PGM1-CDG / Galactose catabolism / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Glycogen synthesis / gluconeogenesis / glycolytic process / glucose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.20001616144 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: A Hotspot for Disease-Associated Variants of Human PGM1 Is Associated with Impaired Ligand Binding and Loop Dynamics.
著者: Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2017年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vec.cif.gz	549.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vec.ent.gz	377.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vec_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vec_full_validation.pdf.gz	478 KB	表示
XML形式データ	5vec_validation.xml.gz	47.8 KB	表示
CIF形式データ	5vec_validation.cif.gz	69.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5vec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/5vec	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5vbiC 5vg7C 5vinC 6uiqC 5epcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i1o-2 6uiq-2 5vg7-1 4i8c-3 4oev-1 3e3k-2 2grv-3 6y8x-d 5dlk-2 2qa2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase-1

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
64.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphoglucomutase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	171.324, 171.324, 99.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1095- HOH

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase-1 / PGM 1 / Glucose phosphomutase 1 分子量: 64147.695 Da / 分子数: 2 / 変異: R515L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36871, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.01 M Cobalt (II) chloride hexahydrate, O.1 M MES monohydrate pH 6.5, Ammonium Sulfate 1.8-1.9M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→60.68 Å / Num. obs: 75286 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.0652578257 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.279 / R_pim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 2.141 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4379 / CC_1/2: 0.693 / R_pim(I) all: 0.72 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
PHENIX	1.11.1_2575	位相決定
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EPC

5epc

解像度: 2.20001616144→60.6791870077 Å / SU ML: 0.294676044455 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34865261235 / 位相誤差: 28.0591353504

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.250655699293	3814	5.07417015898 %
R_work	0.18972110479	-	-
obs	0.192775380156	75165	99.9096141321 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.1669117066 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.20001616144→60.6791870077 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8546	0	68	635	9249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00657718110399	8848
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852976312586	11997
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0547675145638	1351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00600463447509	1557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.22008672908	7219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2279	0.369933448054	146	0.307417716824	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.7086671522
2.2279-2.2572	0.398225847997	141	0.294027091375	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.891422367
2.2572-2.2881	0.319495638301	153	0.287948483195	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2881-2.3208	0.351862130181	146	0.275416439056	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.8549673677
2.3208-2.3554	0.354635619965	119	0.273344887194	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.9638074557
2.3554-2.3922	0.32094804478	126	0.252531433126	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.8528329654
2.3922-2.4315	0.326644580546	134	0.245236913596	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.8552821997
2.4315-2.4734	0.312037788517	177	0.234408716632	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.8191027496
2.4734-2.5184	0.306836500109	121	0.233807814748	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.7807017544
2.5184-2.5668	0.302003390327	131	0.233854784329	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.8563734291
2.5668-2.6192	0.295710544129	142	0.235370048024	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.9635169646
2.6192-2.6762	0.315876649059	163	0.222594252423	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.8919697515
2.6762-2.7384	0.296011277102	155	0.221504747639	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.8543335761
2.7384-2.8069	0.293590654017	120	0.220062364243	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8069-2.8828	0.320277198507	138	0.225846553562	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.8200143988
2.8828-2.9676	0.273119241136	137	0.228893434577	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9676-3.0634	0.306482142627	152	0.206886944609	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0634-3.1729	0.272097124365	125	0.202597414081	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.9639379733
3.1729-3.2999	0.287157981371	148	0.194592247691	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.9643112063
3.2999-3.4501	0.250785680674	138	0.188236897525	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.9279538905
3.4501-3.6319	0.228732533243	140	0.161447483448	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6319-3.8595	0.207524949545	154	0.147723330991	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8595-4.1574	0.1944819217	125	0.141331499675	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.9289267946
4.1574-4.5756	0.167290150005	138	0.125903074616	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.8936170213
4.5756-5.2374	0.194197957491	158	0.132746096892	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2374-6.5973	0.215937683412	132	0.177668587101	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5973-60.7022	0.201230240011	155	0.180785301517	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.8681173755

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.970454291555	-0.1865031972	-0.0909323079245	0.502371857843	-0.467306191916	0.957507422457	0.0226085464578	-0.105504780058	-0.0306395606244	0.0364239350833	0.0192808046245	0.00344658121	-0.221316651902	0.532305792084	0.00861740966446	0.168092496338	-0.0292103062202	0.0307438587629	0.39847521605	-0.0416768885287	0.193919501366	69.576302096	35.4259137424	-21.5858911172
2	0.631498659764	0.0656534035938	-0.101272646399	0.297483699623	0.109348140863	0.27223259855	0.121346436713	-0.143188025768	-0.100735705932	0.0143450829079	0.045850909764	-0.0937780330789	-0.106950490786	0.465829304139	0.0175441437914	0.226976633506	-0.0413439059545	0.0470570030858	0.539938564947	-0.03356615602	0.244464119221	74.6701279777	33.6041523066	-23.160582506
3	0.553034554464	0.343344820332	-0.46003555411	-0.0172088434314	-0.102098922671	1.0081328957	0.0252340343074	0.296613255367	0.138932861114	-0.109556198749	0.0590532686911	0.0535995659357	0.0272785010001	-0.0653919939869	0.0177477379956	0.136648005823	0.072718887148	0.0185021526355	0.23727491456	0.0347725756392	0.23727498182	44.1159664197	30.6706399603	-28.8239551001
4	0.815367494547	-0.116585667513	-0.137591561719	0.575187608809	0.0115613920778	1.11939280311	0.0528747017653	0.1699789707	-0.0536789853954	-0.012794331268	-0.105130835874	0.00861571274672	0.314745115025	0.0626093566603	-0.0259140240006	0.169974646253	0.0282770612029	0.00696624935297	0.13975468005	-0.0357254805072	0.223612458067	44.5132367802	17.2407766921	-18.1327359522
5	0.365692783406	-0.13379936509	-0.12533659458	0.164284991076	0.270541907394	0.762608328665	-0.268074488579	-0.424483104085	0.0244115439119	0.539085089351	0.198560556684	0.0758003127082	0.793974870334	0.589091305426	0.00673848856069	0.512148485067	0.0477674980779	0.0192025835791	0.266059944082	-0.00385984043761	0.301587118512	45.743595864	15.4106108993	5.59146332491
6	0.198526969199	-0.737297619403	-0.329931977428	0.336969934826	0.297936458011	0.906258553464	-0.0800020932216	-0.000287847962499	0.0932518823526	0.337672264897	0.072784912247	-0.00887733498986	0.345406746099	0.00443256792649	-0.00460713268247	0.206037170948	-0.0440813896523	0.0379037366411	0.0591959597399	-0.0201972820159	0.241783520009	39.7966428772	23.4043301439	0.0439366494506
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 125 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 126 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 319 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 320 through 434 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 435 through 483 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 484 through 562 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -1 through 81 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 82 through 405 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 406 through 562 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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