PDB-5vcn: THE CRYSTAL STRUCTURE OF DER P 1 ALLERGEN COMPLEXED WITH FAB FRAG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vcn

タイトル

THE CRYSTAL STRUCTURE OF DER P 1 ALLERGEN COMPLEXED WITH FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

要素

HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8
LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8
PEPTIDASE 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ALLERGEN / ANTIBODY

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase 1 (mite) / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Osinski, T. / Majorek, K.A. / Pomes, A. / Offermann, L.R. / Osinski, S. / Glesner, J. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Minor, W. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI077653	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM53163	米国

引用

ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2015
タイトル: Structural Analysis of Der p 1-Antibody Complexes and Comparison with Complexes of Proteins or Peptides with Monoclonal Antibodies.
著者: Osinski, T. / Pomes, A. / Majorek, K.A. / Glesner, J. / Offermann, L.R. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Minor, W. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2017年4月26日	ID: 4PP1
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2022年4月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.7	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vcn.cif.gz	495.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vcn.ent.gz	405.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5vcn_validation.pdf.gz	504.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vcn_full_validation.pdf.gz	526.5 KB	表示
XML形式データ	5vcn_validation.xml.gz	47.1 KB	表示
CIF形式データ	5vcn_validation.cif.gz	64.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/5vcn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pozC 5vcoC 3f5vS 3rvtS 5vpg 5vph 5vpl C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pp1-2 4pp1-1 3qa3-2 3qa3-3 3q3g-3 6iuv-2 3q3g-1 3rvx-d 5vph-d 3qa3-1 5vpl-d 2r0k-d 6mlk-d 3q3g-2 5dh0-d 5ush-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: PEPTIDASE 1

B: PEPTIDASE 1

C: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

D: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

E: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

F: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

ヘテロ分子

153 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PEPTIDASE 1

E: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

F: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Two copies of an antibody (CD and EF) bound to an antigen (A and B)
76.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PEPTIDASE 1

C: LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

D: HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
76.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.743, 73.263, 200.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	E
1	3	D
2	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LEU	LEU	A	A	1 - 222	1 - 222
2	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	1 - 222	1 - 222
1	2	ASP	ASP	ARG	ARG	C	C	1 - 210	1 - 210
2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	E	E	1 - 210	1 - 210
1	3	GLU	GLU	ARG	ARG	D	D	1 - 220	1 - 220
2	3	GLU	GLU	ARG	ARG	F	F	1 - 220	1 - 220

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
抗体 , 2種, 4分子 CEDF

#2: 抗体	LIGHT CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8 分子量: 23232.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体	HEAVY CHAIN OF FAB FRAGMENT OF MAB 5H8 分子量: 28000.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

PEPTIDASE 1 / ALLERGEN DER P I / MAJOR MITE FECAL ALLERGEN DER P 1

分子量: 25014.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ) / 参照: UniProt: Q3HWZ5, UniProt: P08176*PLUS

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 80分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 MM MES, 10% W/V PEG 6000, 5% MPD, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 28001 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.165 / R_sym value: 0.165 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.653 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F5V, 3RVT

3f5v

3rvt

解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 50.017 / SU ML: 0.432 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.492 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	1404	5 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.221	26581	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.22 Å²	-0 Å²	-1.27 Å²
2-	-	-3.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9748	0	48	74	9870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	10036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.941	13728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.364	3	20312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.676	5	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.042	24.178	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.636	15	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.922	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.547	1.519	5156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.547	1.519	5155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.696	2.27	6431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.913	1.599	6432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.704	1.606	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.397	1.139	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.154	1.68	7298
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.26	8.367	11254
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.26	8.373	11255
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12425	0.08
1	2	B	12425	0.08
2	1	C	10892	0.07
2	2	E	10892	0.07
3	1	D	11106	0.09
3	2	F	11106	0.09

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	115	-
R_work	0.304	1913	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8864	1.2314	-0.6723	0.7863	-1.0538	2.4515	0.0234	0.0253	0.0609	0.1019	-0.0422	0.0134	-0.2492	0.318	0.0188	0.3341	0.0132	0.035	0.3788	-0.0027	0.3394	14.8298	3.2737	26.4705
2	1.1998	-0.0403	0.4255	0.4006	-0.5505	0.8809	0.1383	0.0136	0.0116	0.0362	0.0001	0.0599	-0.0209	0.0093	-0.1383	0.4041	0.0013	0.0562	0.4093	0.01	0.3879	-0.5567	-0.8523	20.471
3	0.172	0.4019	0.0199	1.0441	0.5861	3.6749	0.1687	-0.0891	-0.0421	0.3438	-0.2626	-0.1187	-0	0.1809	0.0939	0.5281	0.0249	-0.022	0.4406	0.0246	0.1894	6.7684	1.0772	38.0452
4	0.2694	0.6334	-0.3284	2.6868	-1.6771	1.1532	-0.1585	0.0681	0.1459	0.3689	0.0327	0.0514	-0.2532	-0.103	0.1258	0.6706	-0.0361	0.0189	0.3088	-0.0077	0.4099	7.5086	-1.5093	39.4156
5	0.5923	-0.1518	0.4712	1.7462	0.8168	0.8951	0.0176	-0.0862	-0.0159	-0.0247	-0.0649	0.1524	-0.0044	-0.071	0.0473	0.45	0.028	0.0484	0.4339	0.0261	0.3086	7.0522	0.5696	34.2861
6	0.6078	0.0569	-0.449	0.0145	-0.0372	1.3937	-0.0974	0.0085	-0.0319	0.0373	-0.0524	0.0255	0.0137	0.0349	0.1499	0.4688	-0.0091	-0.0271	0.3449	-0.0414	0.4385	15.1796	27.2	126.985
7	2.5727	0.7648	-0.3235	1.2667	0.8969	1.0099	0.0109	-0.0292	0.0526	-0.0074	0.0202	-0.0177	0.0789	0.0325	-0.0311	0.4126	0.0397	-0.0673	0.415	0.0315	0.3289	24.6057	29.3978	118.4072
8	0.5147	-0.0364	0.1303	0.7485	-0.3171	0.5252	-0.1743	0.0565	0.0806	0.1487	0.1445	0.0727	0.1255	-0.0331	0.0298	0.3872	0.0565	-0.0282	0.3942	-0.0304	0.3734	18.0697	32.7141	125.5804
9	2.0887	2.6213	-2.1117	3.2961	-2.658	2.1559	-0.0323	-0.2381	0.0222	-0.1725	-0.1137	0.0144	0.1817	0.1671	0.1459	0.7502	0.1194	-0.0718	0.5132	-0.0846	0.0938	19.3645	27.5942	145.963
10	1.9676	-0.9352	0.5408	1.744	-0.8003	0.4977	-0.0193	-0.0561	0.1369	0.1256	-0.0146	0.1104	0.0981	0.1625	0.0339	0.5089	0.0611	-0.0224	0.3595	-0.0227	0.3094	15.1666	29.1844	135.7994
11	3.5768	-0.8104	-0.8477	3.2762	-1.7934	1.4897	-0.0378	0.0931	0.1601	0.71	0.5661	0.6926	-0.5238	-0.3915	-0.5284	0.5867	0.0789	-0.0578	0.2773	0.0398	0.4508	1.2232	39.3001	91.321
12	0.5199	0.3765	0.5528	0.2948	0.3211	1.0128	-0.0982	0.0159	0.1034	-0.0502	0.0485	0.0561	-0.0845	0.0281	0.0497	0.4483	0.0085	-0.0899	0.3833	0.0169	0.3992	3.8951	34.0742	86.1921
13	0.9719	1.2831	0.58	3.4902	0.4575	0.5924	-0.0914	-0.2094	0.0351	-0.0233	-0.0655	0.0904	0.0181	-0.1636	0.1569	0.4614	0.0485	-0.0991	0.396	0.0611	0.3128	-15.9173	26.6122	68.1811
14	0.0152	0.1061	0.0964	1.4724	1.3467	1.2652	-0.0297	0.0477	0.0254	0.0734	0.0258	0.0536	0.183	0.0867	0.004	0.4773	0.0274	-0.0628	0.3998	-0.0241	0.3496	15.1652	16.8586	93.8019
15	1.4845	0.1414	1.3215	0.1588	0.1662	1.1934	0.0045	0.0241	-0.0392	0.009	0.0407	0.036	0.0547	0.0631	-0.0451	0.5031	-0.012	-0.0147	0.3933	-0.0198	0.3169	12.6078	16.0911	90.2783
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19	1.373	0.7907	0.3716	0.5474	0.3029	0.2033	-0.2422	-0.0269	-0.2611	-0.1409	0.1589	-0.092	-0.046	0.0975	0.0834	0.503	0.0617	0.1896	0.3475	-0.0601	0.4133	39.1829	4.0178	-35.7396
20	0.0177	-0.1044	0.0939	1.1292	-1.0419	0.9917	0.0054	0.0429	-0.0398	0.0559	0.0094	0.0101	-0.1618	-0.02	-0.0148	0.4038	0.0337	0.0256	0.4525	0.0012	0.4115	6.5926	12.5697	-6.5323
21	0.4707	0.0409	-0.5282	0.1708	-0.0425	0.6149	-0.0157	0.0116	-0.0215	-0.0572	0.027	-0.0442	0.0432	-0.1004	-0.0114	0.441	0.0013	0.0151	0.435	0.0256	0.3499	13.3103	11.4267	-19.9416
22	1.581	-1.4019	-1.6055	1.2522	1.4122	2.5241	0.0508	0.0859	-0.0192	-0.1206	-0.0651	0.003	-0.1163	-0.0572	0.0143	0.5498	-0.0678	0.0766	0.3805	-0.0264	0.26	22.033	9.1381	-41.4405

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	131 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	162 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	186 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	44 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	97 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	150 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	167 - 222
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 19
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	20 - 138
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	139 - 210
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	1 - 62
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	63 - 129
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	130 - 220
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 18
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	19 - 169
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	170 - 210
20	X-RAY DIFFRACTION	20	F	1 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	63 - 171
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	172 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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