+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dh0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the siderophore periplasmic binding protein from the fuscachelin gene cluster of Thermobifida fusca in P41 | ||||||
![]() | siderophore periplasmic binding protein | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Siderophore / Periplasmic Binding Protein / fuscachelin | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, K. / Bruner, S.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and functional analysis of the siderophore periplasmic binding protein from the fuscachelin gene cluster of Thermobifida fusca. 著者: Li, K. / Bruner, S.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 91.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33735.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: YX / 遺伝子: Tfu_1864 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 % / 解説: rod-shaped |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16 M ammonium acetate 32% w/v PEG 4,000 0.1 M MES pH 6.5 PH範囲: 4.6-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→38.36 Å / Num. obs: 26118 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.54 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 97.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.444→38.359 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|