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- PDB-5vat: Haemophilus influenzae LpoA: Monoclinic form (Mon2) with 2 molecu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vat
タイトルHaemophilus influenzae LpoA: Monoclinic form (Mon2) with 2 molecules per a.u.
要素Penicillin-binding protein activator LpoA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / lipoprotein / conformational flexibility / PBP1A / binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic side of cell outer membrane / peptidoglycan biosynthetic process / enzyme regulator activity / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein activator LpoA / LppC putative lipoprotein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein activator LpoA
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Saper, M.A. / Sathiyamoorthy, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI099984 米国
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural analyses of the Haemophilus influenzae peptidoglycan synthase activator LpoA suggest multiple conformations in solution.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Vijayalakshmi, J. / Tirupati, B. / Fan, L. / Saper, M.A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of YraM, a protein essential for growth of Haemophilus influenzae.
著者: Vijayalakshmi, J. / Akerley, B.J. / Saper, M.A.
履歴
登録2017年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein activator LpoA
B: Penicillin-binding protein activator LpoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0522
ポリマ－121,0522
非ポリマー00
水2,468137
1
A: Penicillin-binding protein activator LpoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5261
ポリマ－60,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Penicillin-binding protein activator LpoA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5261
ポリマ－60,5261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.935, 72.695, 120.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 34 through 103 or resid 105...
21(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEILEILE(chain A and (resid 34 through 103 or resid 105...AA34 - 1032 - 71
12ALAALAVALVAL(chain A and (resid 34 through 103 or resid 105...AA105 - 15573 - 123
13ALAALAASPASP(chain A and (resid 34 through 103 or resid 105...AA157 - 176125 - 144
14THRTHRGLYGLY(chain A and (resid 34 through 103 or resid 105...AA178 - 285146 - 253
15SERSERLEULEU(chain A and (resid 34 through 103 or resid 105...AA287 - 355255 - 323
16TYRTYRASNASN(chain A and (resid 34 through 103 or resid 105...AA357 - 575325 - 543
21PHEPHEILEILE(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...BB34 - 1032 - 71
22ALAALAVALVAL(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...BB105 - 15573 - 123
23ALAALAASPASP(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...BB157 - 176125 - 144
24THRTHRGLYGLY(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...BB178 - 285146 - 253
25SERSERLEULEU(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...BB287 - 355255 - 323
26TYRTYRASNASN(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...BB357 - 429325 - 397
27THRTHRASNASN(chain B and (resid 34 through 103 or resid 105...BB433 - 575401 - 543

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein activator LpoA / PBP activator LpoA


分子量: 60525.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-575 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed without His6 tag Four MET modeled as MSE due to difference electron density
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: lpoA, HI_1655 / プラスミド: pETBlue-2 / 詳細 (発現宿主): His6 tag removed / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3)/pLacI / 参照: UniProt: P45299
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: One microliter of concentrated protein (33 mg/ml in 150 mm NaCl, 50 mm Tris-HCl, ph 8.0) and one microliter precipitant (8% polyethylene glycol 4000, 0.1 m sodium acetate trihydrate, ph 4.6) ...詳細: One microliter of concentrated protein (33 mg/ml in 150 mm NaCl, 50 mm Tris-HCl, ph 8.0) and one microliter precipitant (8% polyethylene glycol 4000, 0.1 m sodium acetate trihydrate, ph 4.6) and 0.2 microliter 30% xylitol. Cryoprotectant: precipitant solution containing 15% glycerol.
PH範囲: 5.5-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 125 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07806 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→100 Å / Num. obs: 45736 / % possible obs: 87.09 % / 冗長度: 2.66 % / Biso Wilson estimate: 39.5642078485 Å2 / CC1/2: 0.9 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.107 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible allMean I/σ(I) obs
2.49-2.532.20.51318870.6350.3890.6470.95365.1
2.53-2.592.40.48625300.6640.3610.6091.01686.1
2.59-2.642.50.425380.7450.2970.5011.01788.52.31
2.64-2.72.50.37826150.750.2790.4721.03290.2
2.7-2.772.50.3426450.790.2490.4241.06291.1
2.77-2.852.60.28126100.8640.2030.3481.06790.8
2.85-2.932.60.23526660.930.1690.2911.09591
2.93-3.022.60.20426150.9160.1460.2521.190.6
3.02-3.132.60.17326200.9330.1250.2141.16589.8
3.13-3.262.70.13925950.9540.0990.1721.18589.6
3.26-3.412.70.11225900.970.080.1381.24188.9
3.41-3.592.70.09125480.9780.0650.1131.26288.2
3.59-3.812.70.08125540.9820.0570.0991.2287.6
3.81-4.12.70.07525300.9840.0520.0911.26186.3
4.1-4.522.80.06825250.9870.0470.0831.21785.9
4.52-5.172.90.05925090.990.040.0710.9786
5.17-6.512.90.05225790.9920.0350.0630.82987
6.51-46.42.80.05925800.9880.040.0710.90485.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.41 Å
Translation2.5 Å46.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-20000.98データ削減
HKL-20000.98データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CKM, 4P29

3ckm

4p29


解像度: 2.6→42.341 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 3153 4.36 %
Rwork0.2233 69156 -
obs0.2247 72309 81.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 245.79 Å2 / Biso mean: 73.3186 Å2 / Biso min: 11.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→42.341 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8410 0 0 137 8547
Biso mean---42.56 -
残基数----1082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54211697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1325253
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5948X-RAY DIFFRACTION8.578TORSIONAL
12B5948X-RAY DIFFRACTION8.578TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.63880.35061210.33282933305480
2.6388-2.680.38571390.33453036317582
2.68-2.7240.42311320.33463038317083
2.724-2.77090.34211400.32033047318783
2.7709-2.82130.36081530.30953075322883
2.8213-2.87560.33991220.30173047316983
2.8756-2.93420.35311440.29483067321183
2.9342-2.9980.32321410.30193065320683
2.998-3.06770.30321470.28473013316083
3.0677-3.14440.2731380.26493024316282
3.1444-3.22940.24641330.26632999313282
3.2294-3.32440.28251260.24563047317382
3.3244-3.43170.29731580.23062959311781
3.4317-3.55430.25041400.23722985312581
3.5543-3.69650.24381400.2222987312781
3.6965-3.86460.22921420.20232922306480
3.8646-4.06820.22651300.20072950308080
4.0682-4.32290.19861390.18492966310580
4.3229-4.65630.21311260.18362952307880
4.6563-5.12410.20991410.18922947308881
5.1241-5.86390.31781290.1953000312982
5.8639-7.38160.2381400.19273077321783
7.3816-42.3470.18741320.16613020315282
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2374-4.0451-0.62265.08160.2790.4276-0.0119-0.12770.23170.03320.10510.1937-0.2563-0.0889-0.06490.4242-0.005-0.01930.3749-0.02860.384413.4751-15.31542.6725
20.51090.3355-0.17641.2644-0.44473.714-0.0201-0.1479-0.08660.2365-0.0918-0.3221-0.00020.07270.10580.4362-0.0383-0.07280.41850.06490.625854.1418-17.906421.012
33.4139-1.86310.27822.6721-0.24790.3463-0.0918-0.1285-0.22590.24110.10750.02670.16060.0267-0.020.38580.0023-0.01330.26190.00130.307732.3413-15.6471-57.8367
44.1102-2.26410.66484.59751.74963.7447-0.1321-0.30410.05390.1062-0.02250.3316-0.1636-0.3220.21670.3478-0.03640.00260.31740.02740.4316-14.2758-17.6882-53.6671
50.9809-1.09811.35221.28-0.92758.4499-0.046-0.2877-0.08440.38740.078-0.20720.1170.0915-0.03010.5277-0.1301-0.10920.4725-0.02630.6012-0.6926-16.0159-31.2058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 33 through 246 )B33 - 246
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 247 through 575 )B247 - 575
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 257 )A33 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 258 through 354 )A258 - 354
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 355 through 575 )A355 - 575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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