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- PDB-5vaf: Crystal structure of accessory secretion protein 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vaf
タイトルCrystal structure of accessory secretion protein 1
要素Accessory Sec system protein Asp1
キーワードCELL ADHESION / O-glycosylation / bacterial adhesin / accessory secretion
機能・相同性Accessory secretory system protein Asp1 / Accessory Sec system protein Asp1 / protein transport / Accessory Sec system protein Asp1
機能・相同性情報
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.771 Å
データ登録者Chen, Y. / Rapoport, T.A. / Jeffrey, P.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM052586 米国
Helen Hay Whitney Foundation 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Unraveling the sequence of cytosolic reactions in the export of GspB adhesin fromStreptococcus gordonii.
著者: Chen, Y. / Bensing, B.A. / Seepersaud, R. / Mi, W. / Liao, M. / Jeffrey, P.D. / Shajahan, A. / Sonon, R.N. / Azadi, P. / Sullam, P.M. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2017年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Accessory Sec system protein Asp1
B: Accessory Sec system protein Asp1
C: Accessory Sec system protein Asp1
D: Accessory Sec system protein Asp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,1974
ポリマ－253,1974
非ポリマー00
水543
1
A: Accessory Sec system protein Asp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2991
ポリマ－63,2991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Accessory Sec system protein Asp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2991
ポリマ－63,2991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Accessory Sec system protein Asp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2991
ポリマ－63,2991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Accessory Sec system protein Asp1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2991
ポリマ－63,2991
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.502, 99.897, 179.069
Angle α, β, γ (deg.)100.660, 90.070, 95.780
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Accessory Sec system protein Asp1 / Accessory secretory protein Asp1 / Orf1


分子量: 63299.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
遺伝子: asp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AET9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris Propane pH 9.2 28% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→97.654 Å / Num. obs: 66446 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 46.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 13.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VAE

5vae


解像度: 2.771→97.654 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 3344 5.05 %
Rwork0.2083 --
obs0.212 66159 92.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.5 Å2 / Biso mean: 50.5684 Å2 / Biso min: 15.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.771→97.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17257 0 0 3 17260
Biso mean---33.14 -
残基数----2052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00917690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06923971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.50210491
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7712-2.81080.41911230.33662558268192
2.8108-2.85280.41351360.31372575271192
2.8528-2.89730.38691450.28522542268790
2.8973-2.94480.3721350.2562621275690
2.9448-2.99560.36211290.24952482261189
2.9956-3.05010.33171170.24722411252886
3.0501-3.10880.30171400.2522532267289
3.1088-3.17220.36351590.25682679283894
3.1722-3.24120.3341310.2652718284996
3.2412-3.31660.40981390.24872665280496
3.3166-3.39960.33411510.2342682283395
3.3996-3.49150.30351420.2312709285195
3.4915-3.59420.29161460.21142616276294
3.5942-3.71020.2981530.21082614276792
3.7102-3.84280.29251190.1952588270791
3.8428-3.99670.28071740.17782650282496
3.9967-4.17860.21481310.17192748287995
4.1786-4.39890.21481410.16382645278696
4.3989-4.67450.2291160.1612673278993
4.6745-5.03540.24631320.1662496262889
5.0354-5.54210.22371470.18132705285296
5.5421-6.34390.27011380.20082680281895
6.3439-7.99210.2491590.20562571273091
7.9921-97.71510.23261410.20012655279694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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