PDB-5v8u: Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v8u

タイトル

Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain

要素

Botulinum neurotoxin type A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / metalloprotease / drug design / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Allen, K.N. / Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: Toxicon / 年: 2017
タイトル: Small molecule metalloprotease inhibitor with in vitro, ex vivo and in vivo efficacy against botulinum neurotoxin serotype A.
著者: Jacobson, A.R. / Adler, M. / Silvaggi, N.R. / Allen, K.N. / Smith, G.M. / Fredenburg, R.A. / Stein, R.L. / Park, J.B. / Feng, X. / Shoemaker, C.B. / Deshpande, S.S. / Goodnough, M.C. / ...

履歴

登録	2017年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v8u.cif.gz	467 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v8u.ent.gz	388.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v8u_validation.pdf.gz	941.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v8u_full_validation.pdf.gz	970.5 KB	表示
XML形式データ	5v8u_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	5v8u_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5v8pC 5v8rC 3bonS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qiy-d 5v8p-2 2imb-1 4job-d 5a5h-3 4hev-2 2fgt-d 4h3p-2 2ilp-2 4aro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

B: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The dimer in the asymmetric unit is an artifact of the N-terminal HIS(6) tag.
51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.095, 67.653, 98.087
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 50817.273 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-424 / 変異: P2Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botA, atx, bna / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-90M / N-[3-(4-fluorophenyl)-4-methyl-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide 分子量: 265.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂FN₃OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Mix equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月28日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 55823 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4395 / % possible all: 76.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11_2567)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BON

3bon

解像度: 2.05→37.563 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2601	2000	3.58 %
R_work	0.2292	-	-
obs	0.2303	55806	95.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6276	0	38	417	6731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6451
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.565	8707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.744	3816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	945
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1013	0.3694	108	0.2953	2906	X-RAY DIFFRACTION	74
2.1013-2.1581	0.3099	126	0.2834	3384	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1581-2.2216	0.2892	137	0.261	3680	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2216-2.2933	0.3202	142	0.2489	3834	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2933-2.3752	0.2762	145	0.2537	3908	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3752-2.4703	0.2696	148	0.2523	3972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4703-2.5827	0.2835	147	0.2461	3960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5827-2.7188	0.2705	149	0.2506	3998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7188-2.8891	0.3079	148	0.2426	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8891-3.1121	0.2751	149	0.2395	4010	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1121-3.4251	0.245	149	0.2271	4013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4251-3.9202	0.245	150	0.2128	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9202-4.9373	0.2	149	0.1849	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9373-37.5691	0.2609	153	0.2254	4111	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2864	-0.2533	0.0363	0.227	-0.039	0.1461	0.0834	-0.0785	-0.1413	0.2143	0.0119	-0.065	0.0795	0.0967	0	0.2322	0.0036	-0.0352	0.1854	0.051	0.1727	-10.626	-6.1521	-15.3199
2	0.4148	-0.0473	0.1039	0.5029	-0.0024	0.3531	0.0375	-0.0278	-0.0964	0.1013	-0.0337	0.0452	0.0444	-0.0417	0.0003	0.1289	-0.007	0.0098	0.12	0.0206	0.0943	-21.92	0.9102	-20.0824
3	0.0577	-0.0693	-0.0185	0.2033	-0.0536	0.1069	-0.0396	0.0019	-0.0346	0.3964	0.2227	0.4646	-0.1669	-0.2585	0.3961	-0.0242	0.1451	0.2898	0.3656	0.0024	0.3834	-35.6783	17.6417	-18.4746
4	0.3671	0.1474	0.3462	0.6366	-0.3688	0.6016	0.0822	0.0914	-0.1088	-0.1099	-0.0383	0.0953	-0.006	-0.0706	-0.0009	0.1333	0.0038	-0.0015	0.1454	-0.0007	0.1575	-19.0102	4.1651	-29.4869
5	0.2046	-0.2203	0.0015	0.2656	-0.0954	0.1109	-0.0199	-0.0458	0.0612	0.0112	-0.047	-0.0263	-0.0733	0.0732	0	0.1702	-0.0093	-0.0126	0.1369	-0.0251	0.1183	-2.9599	30.959	-20.9875
6	0.2705	-0.2638	0.0234	0.5269	-0.2798	0.0206	-0.0059	0.0112	-0.021	0.0378	-0.0293	-0.1616	-0.0535	0.0104	0	0.1511	-0.0193	-0.0155	0.1639	0.0206	0.1837	7.4638	22.712	-22.5793
7	0.0324	0.007	-0.025	0.0121	-0.0394	0.02	0.0526	0.311	0.0615	-0.0181	0.1104	-0.2702	0.0007	0.1177	0	0.2223	-0.0462	0.073	0.3975	0.0091	0.3625	17.9621	20.9277	-37.6039
8	0.1963	0.0439	-0.1067	0.1414	0.0677	0.0605	0.063	-0.1372	-0.4271	0.1505	-0.1123	-0.1949	0.1401	0.2438	0.0168	0.2283	0.0193	-0.026	0.2788	0.0134	0.3403	15.859	5.6395	-21.0551
9	0.5821	0.4225	-0.0283	0.478	-0.0197	0.0567	0.0844	0.1049	-0.0183	-0.2706	-0.0957	-0.0972	0.0491	-0.017	0.0074	0.1654	0.0186	0.015	0.1589	-0.0236	0.1776	3.4688	16.987	-35.3665
10	0.096	0.0832	-0.1941	0.0906	-0.1788	0.3582	-0.0424	0.2499	0.1977	-0.326	0.0726	0.289	0.223	-0.4489	0.0026	0.3118	0.0151	-0.0284	0.2546	0.027	0.2107	-9.174	34.9246	-46.1979

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -9 through 80 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 81 through 275 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 276 through 299 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 300 through 416 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -9 through 100 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 101 through 232 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 233 through 275 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 276 through 321 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 322 through 390 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 391 through 416 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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