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- PDB-5v8f: Structural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v8f
タイトルStructural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1
要素
  • (Cell division ...) x 2
  • (DNA (39-MER)) x 2
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • (Origin recognition complex subunit ...) x 6
  • Minichromosome maintenance protein 5
キーワードREPLICATION / DNA replication / Cryo-EM / OCCM
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear DNA replication ...MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / nucleosome organization / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / silent mating-type cassette heterochromatin formation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / DNA unwinding involved in DNA replication / Orc1 removal from chromatin / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / nucleosome binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / G1/S transition of mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / chromosome / DNA helicase / chromosome, telomeric region / cell division / GTPase activity / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Origin recognition complex, subunit 6, fungi / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Cell division protein Cdc6/18 / : ...mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Origin recognition complex, subunit 6, fungi / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Cdc6, C-terminal / : / CDC6, C terminal winged helix domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 / AAA domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / : / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Cell division control protein 6 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 ...PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / Cell division control protein 6 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Cell division cycle protein CDT1 / Origin recognition complex subunit 5 / DNA replication licensing factor MCM6 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yuan, Z. / Riera, A. / Bai, L. / Sun, J. / Spanos, C. / Chen, Z.A. / Barbon, M. / Rappsilber, J. / Stillman, B. / Speck, C. / Li, H.
資金援助 米国, 英国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111742 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM45436 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)P56061 英国
Wellcome TrustP56628 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structural basis of Mcm2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1.
著者: Zuanning Yuan / Alberto Riera / Lin Bai / Jingchuan Sun / Saikat Nandi / Christos Spanos / Zhuo Angel Chen / Marta Barbon / Juri Rappsilber / Bruce Stillman / Christian Speck / Huilin Li /
要旨: To initiate DNA replication, the origin recognition complex (ORC) and Cdc6 load an Mcm2-7 double hexamer onto DNA. Without ATP hydrolysis, ORC-Cdc6 recruits one Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer, thus ...To initiate DNA replication, the origin recognition complex (ORC) and Cdc6 load an Mcm2-7 double hexamer onto DNA. Without ATP hydrolysis, ORC-Cdc6 recruits one Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer, thus forming an ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 (OCCM) helicase-loading intermediate. Here we report a 3.9-Å structure of Saccharomyces cerevisiae OCCM on DNA. Flexible Mcm2-7 winged-helix domains (WHDs) engage ORC-Cdc6. A three-domain Cdt1 configuration embraces Mcm2, Mcm4, and Mcm6, thus comprising nearly half of the hexamer. The Cdt1 C-terminal domain extends to the Mcm6 WHD, which binds the Orc4 WHD. DNA passes through the ORC-Cdc6 and Mcm2-7 rings. Origin DNA interaction is mediated by an α-helix within Orc4 and positively charged loops within Orc2 and Cdc6. The Mcm2-7 C-tier AAA+ ring is topologically closed by an Mcm5 loop that embraces Mcm2, but the N-tier-ring Mcm2-Mcm5 interface remains open. This structure suggests a loading mechanism of the first Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer by ORC-Cdc6.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年5月10日ID: 5UDB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_image_scans / pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年11月8日Group: Derived calculations / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / pdbx_struct_assembly
Item: _em_sample_support.grid_type / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年4月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine_ls_restr / software / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _em_software.category / _em_software.fitting_id ..._em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.imaging_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_poly_seq.num / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_num_residues
解説: Chirality error / 詳細: fix all cis-peptides / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8540
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: Minichromosome maintenance protein 5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
8: Cell division cycle protein CDT1
9: Cell division control protein 6
A: Origin recognition complex subunit 1
B: Origin recognition complex subunit 2
C: Origin recognition complex subunit 3
E: Origin recognition complex subunit 5
D: Origin recognition complex subunit 4
F: Origin recognition complex subunit 6
M: DNA (39-MER)
N: DNA (39-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,170,84424
ポリマ－1,166,65816
非ポリマー4,1868
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 90310.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

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Cell division ... , 2種, 2分子 89

#7: タンパク質 Cell division cycle protein CDT1 / SIC1 indispensable protein 2 / Topoisomerase-A hypersensitive protein 11


分子量: 68486.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TAH11, CDT1, SID2, YJR046W, J1641 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47112
#8: タンパク質 Cell division control protein 6


分子量: 58112.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC6, YJL194W, J0347 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P09119

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Origin recognition complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCEDF

#9: タンパク質 Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex 120 kDa subunit


分子量: 104433.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC1, YML065W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54784
#10: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex 71 kDa subunit


分子量: 71342.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC2, RRR1, SIR5, YBR060C, YBR0523 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32833
#11: タンパク質 Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex 62 kDa subunit


分子量: 72161.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC3, OAF1, OIF1, YLL004W, L1365 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54790
#12: タンパク質 Origin recognition complex subunit 5 / Origin recognition complex 53 kDa subunit


分子量: 55347.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC5, YNL261W, N0834 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P50874
#13: タンパク質 Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex 56 kDa subunit


分子量: 60772.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC4, YPR162C, P9325.5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54791
#14: タンパク質 Origin recognition complex subunit 6 / ACS-associated protein 1 / Origin recognition complex 50 kDa subunit


分子量: 50369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC6, AAP1, YHR118C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38826

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DNA鎖 , 2種, 2分子 MN

#15: DNA鎖 DNA (39-MER)


分子量: 11967.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 DNA (39-MER)


分子量: 12035.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 5

#17: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: タンパク質 Minichromosome maintenance protein 5 / Cell division control protein 46


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: OCCM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 10 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 304288 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00660762
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72382469
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.848679
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0459544
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00410190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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